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利用SNP标记估计西门塔尔牛亲缘关系系数的准确性被引量：5: 2016年; 本研究旨在利用SNP标记估计西门塔尔牛亲缘关系系数,以期准确确定估计个体间亲缘关系系数所需的SNPs数量。研究以1 059头出生于2008-2012年的西门塔尔牛为试验群体,利用Illumina bovineHD(770k)芯片,根据最小等位基因频率(MAF)区间,分别选择100、500、1 000、1 500、2 000、2 500和3 000个SNPs用于个体间亲缘关系系数的估计。结果显示,随着标记数目的增多,估计的亲缘关系系数准确性逐渐增加。且当SNP标记数目达到2 500时,所估计的亲缘关系系数与利用所有标记估计的个体间亲缘关系系数差异不显著,二者相关系数达到0.89以上。同时,利用不同等位基因频率区间内标记估计的个体间亲缘关系系数差异不显著。由此可以看出,当所选标记数目达到2 500以上时,可以得到较高的亲缘关系系数估计准确性。本研究为基于SNP标记信息估计亲缘关系系数的进一步研究提供了理论基础,同时为西门塔尔牛群体个体间亲缘关系的研究提供依据。; 张静静高会江吴洋朱波齐欣高雪张路培陈燕; 关键词：SNP

西门塔尔牛饱和脂肪酸含量的低密度芯片基因组预测: 2016年; 旨在探索低密度芯片标记的筛选方法并评估不同低密度芯片的准确性。本研究采用BovineHD高密度芯片,检测西门塔尔牛基因组的SNP位点及其与饱和脂肪酸含量的关联性,根据P值或效应值筛选标记构成低密度芯片,使用IBS聚类分组和随机分组进行交叉验证,估计基因组育种值并评估其准确性。结果表明,在14号染色体的MYC基因附近有5个位点与饱和脂肪酸性状显著相关,可考虑作为西门塔尔牛脂肪酸含量的候选基因进行后续研究。根据P值筛选标记并使用IBS聚类分组进行交叉验证时,估计基因组育种值准确性最高,芯片密度达到7K时准确性趋于稳定。因此,本研究发现的标记位点可能对西门塔尔牛的脂肪酸含量存在一定影响,并且为低密度芯片标记位点的筛选提供参考资料。; 齐欣张静静樊惠中李娟胡鑫刘飞朱波高雪陈燕张路培高会江李俊雅; 关键词：全基因组关联分析 SNP

利用混合线性模型和BayesCPi进行QTL-MAS2011公共数据集的全基因组关联分析被引量：1: 2014年; 本研究利用MTDFREML对QTL-MAS2011公共数据集的模拟性状进行方差组分估计,遗传力估计约为0.29。主成分分析显示,群体内不存在显著的群体分层现象,然后用2种模型进行全基因组关联分析研究。利用GAPIT程序包中的混合线性模型对QTL-MAS2011公共数据进行全基因组关联分析,共得到10个显著的单核苷酸(SNP)位点(P<0.05),其中,4个显著的SNPs在1号染色体上,4个显著的SNPs在3号染色体上,2个显著的SNPs在5号染色体上。使用HAPLOVIEW软件对1~3号染色体上88个SNPs进行连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD)分析,确定2个QTLs(QTL1和QTL5)分别在1号和3号染色体上,2、4、5号染色体没有检测到QTL。利用BayesCPi模型进行全基因组关联分析研究,通过基因组窗口效应方差图谱确定1个QTL在1号染色体上,2个QTL在2号染色体上,1个QTL在3号染色体上。; 朱波吴洋齐欣牛红张静静王延晖陈燕张路培高会江高雪李俊雅孙少华; 关键词：混合线性模型贝叶斯模型全基因组关联分析单核苷酸多态性

一步法进行表型缺失数据的基因组育种值估计研究: 随着大数据时代的到来,基因组选择作为一种取代传统动物育种工作的新兴育种技术,引起全世界动物育种界的广泛关注。相对于奶牛基因组选择,由于我国奶牛DHI报告的实施以及中国荷斯坦青年公牛联合后裔测定规程的发布,奶牛表型数据的采...; 朱波吴洋牛红张静静陈燕张路培高雪高会江李俊雅; 关键词：肉牛基因组育种值估计一步法; 文献传递

利用SNP标记估计西门塔尔牛亲缘关系系数的准确性: 本研究旨在利用SNP标记估计西门塔尔牛亲缘关系系数,以期准确确定估计个体间亲缘关系系数所需的SNPs数量。研究以1 059头出生于2008至2012年的西门塔尔牛为研究群体,利用Illumina 770k SNP芯片,根...; 张静静高会江吴洋朱波齐欣高雪张路培陈燕; 关键词：SNP; 文献传递

基于牛低密度SNP芯片分析我国黄牛品种种间关系和遗传进化: 本研究利用Illumina Bovine(26K)和Illumina Bovine(19K)低密度基因分型芯片,检测了6个本地黄牛品种、6个杂交品种和2个培育品种共计848个样本。通过主成分分析(PCA),研究样本大致分...; 张文刚吴洋张静静牛红高雪张路培高会江陈燕李俊雅; 关键词：遗传进化本地黄牛; 文献传递

一种智能配对基因序列生成的肉牛遗传评估小芯片: 本实用新型涉及一种智能配对基因序列生成的肉牛遗传评估小芯片，包括Illumina770k？SNP芯片、基因识别体、核酸探针膜、探针移动轨道，3个为一组的所述Illumina770k？SNP芯片的前方依次是宰前活重优良基因...; 李俊雅朱波张静静; 文献传递

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张静静