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噻吩并[3,2-d]嘧啶-6-甲酰胺类SIRT1~3抑制剂的3D-QSAR模型建立及初步分析被引量：1: 2016年; 目的选取33个噻吩并[3,2-d]嘧啶-6-甲酰胺类SIRT1~3抑制剂,进行三维定量构效关系（3D-QSAR）研究,为筛选高活性SIRT1~3抑制剂的研究奠定基础。方法通过2种经典的比较分子力场分析（Co MFA）法和比较分子相似性指数分析（Co MSIA）法,针对SIRT1~3抑制剂依次建立3组3D-QSAR模型,进行构效关系研究。结果 Co MFA模型交叉验证系数q2分别为0.814、0.833、0.726,相关系数r2分别为0.999、1.000、0.981;Co MSIA模型q2分别为0.716、0.785、0.608,r2分别为0.924、0.990、0.962。结论 3组3D-QSAR模型均具有较好预测能力和较强稳定性,可为SIRT1~3抑制剂的设计和筛选提供可靠的理论依据。; 丁雪垒常自超刘蒙蒙林治华; 关键词：比较分子力场分析

Tipranavir抗肝癌机制初步研究: 背景：肝癌是最常见且死亡率很高的恶性肿瘤之一，高居全球恶性肿瘤发病率第五位，中国癌症发病顺位第二位，严重威胁人类健康和生命。射频消融、化疗、手术切除、肝移植等是目前肝癌常用的治疗方法，然而，这些常用的治疗方法虽然可以治疗...; 刘蒙蒙; 关键词：TIPRANAVIR 沉默信息调节因子计算机辅助药物设计细胞增殖抑制; 文献传递

趋化因子CCR2的同源模建、分子对接和3D-QSAR研究被引量：1: 2016年; 趋化因子CCR2参与炎症反应、免疫移植排斥和肿瘤的发生,已成为新的研究热点。本文以CCR5的晶体结构为模板,同源模建CCR2的结构,并用CCR2小分子抑制剂与其进行分子对接以得到小分子的最优构象。在对接叠合的基础上建立了QSAR模型,采用比较分子场分析(Co MFA)以及比较分子相似性分析(Co MSIA)研究得到Co MFA和Co MSIA模型最佳评价参数分别为q2=0.743,r2=0.968和q2=0.68,r2=0.978。3D-QSAR模型的等势图分析表明,改造配体R3基团可提高化合物活性。所建模型稳定性好、预测性强,对基于CCR2的小分子抑制剂的设计、优化和改造提供了参考。; 刘蒙蒙丁雪垒周朋朋舒茂林治华; 关键词：CCR2 同源模建分子对接 3D-QSAR

嘧啶衍生物类PI3K/mTOR双重抑制剂的3D-QSAR及分子对接研究被引量：6: 2017年; PI3K/Akt/mTOR信号通路在癌细胞的生长和增殖中异常激活,对PI3K和mTOR位点的抑制可有效阻断信号通路的传导,是药物设计的理想靶点.本文选择38个嘧啶类小分子抑制剂进行3D-QSAR和分子对接研究.采用比较分子力场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法,建立了三维定量构效关系模型,结果表明,该模型具有良好的稳定性和预测能力,可运用分子对接研究小分子抑制剂与PI3K和mTOR蛋白受体的作用模式.通过对QSAR模型的三维等势图以及受体与配体的相互作用模式分析后,优化出10个小分子化合物并预测其活性,发现一些小分子化合物活性提高,这为PI3K/mTOR双重抑制剂的设计筛选提供了借鉴.; 汪斌刘蒙蒙周朋朋林治华; 关键词：PI3K MTOR 3D-QSAR 分子对接

EB病毒表位肽三维定量构效关系的建模与初步分析: 2015年; 目的建立EBV抗原表位的三维定量构效关系模型,为表位的设计与改造提供理论基础。方法从表位数据库中收集67条EBV表位抗原,采用比较分子场分析(Co MFA)和比较分子相似性指数分析(Co MSIA)方法研究EBV抗原表位平衡解离常数(KD)和半数抑制浓度(IC50)的三维定量构效关系(3D-QSAR),并建立了相应的3D-QSAR模型。结果使用Co MFA与Co MSIA方法针对KD和IC50所建立的3D-QSAR模型均有良好的预测能力,定量预测模型的复相关系数:KD(Co MFA:Q2=0.731,R2=0.996;Co MSIA:Q2=0.723,R2=0.979),IC50(Co MFA:Q2=0.463,R2=0.992;Co MSIA:Q2=0.485,R2=0.998)。结论 3D-QSAR建模方法具有较强的稳定性和较好的预测能力,而且能够通过等值面图为EBV表位的设计提供可视化信息,为进一步的抗肿瘤多肽疫苗开发提供指导。; 周朋朋唐光辉刘蒙蒙汪斌王远强林治华; 关键词：抗原表位三维定量构效关系

丙型肝炎病毒NS5A抑制剂的3D-QSAR研究: 2015年; 丙型病毒性肝炎感染是输血后肝炎的主要病因之一。NS5A蛋白的小分子抑制剂显示出很强的体外抑制病毒生长的活性,并且初步的临床评价也证实了NS5A抑制剂能很好地抑制体内丙型肝炎病毒的生长。因此,研发高效的NS5A小分子抑制剂为治疗丙型肝炎提供了新的策略。进行了daclatasvir丙型肝炎病毒NS5A复制抑制剂的三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,通过SYBYL-X 2.1.1分子模拟软件系统搜寻方法搜寻出化合物的最低能量构象,然后在Triops力场中用共轭梯度最小化进行优化。应用比较分子力场分析(Co MFA)和比较分子相似性指数分析(Co MSIA)进行分子活性构象的选择、分子叠合、建立空间场范围以及数据统计。用22个衍生物作为训练集建立模型,用6个衍生物作为测试集来验证模型的优劣。结果表明:Co MFA模的交叉相互验证系数q2=0.578,回归系数r2=0.939,Co MSIA模型的q2=0.584,r2=0.968。这些结论为丙型肝炎病毒NS5A复合体抑制剂的药物设计和筛选提供了理论依据。; 孟令鑫刘蒙蒙王远强林治华; 关键词：三维定量构效关系

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刘蒙蒙