郝彤
- 作品数：14 被引量：20H指数：3
- 供职机构：天津师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学自动化与计算机技术更多>>
- 基于基因组尺度代谢网络模型的代谢工程设计预测方法
- 一种基于基因组尺度代谢网络模型的代谢工程设计预测方法：分别获取目的菌湿实验数据和高质量基因组尺度代谢网络模型；根据湿实验数据进行模拟条件设定；模拟实验菌的生长状态获得代谢通量分布，模拟优化工程菌的生长状态获得代谢通量分布...
- 郝彤赵学明
- 文献传递
- 基于基因组尺度代谢网络模型的代谢工程设计预测方法
- 一种基于基因组尺度代谢网络模型的代谢工程设计预测方法：分别获取目的菌湿实验数据和高质量基因组尺度代谢网络模型；根据湿实验数据进行模拟条件设定；模拟实验菌的生长状态获得代谢通量分布，模拟优化工程菌的生长状态获得代谢通量分布...
- 郝彤赵学明
- 文献传递
- C4S2-265:云计算在生物技术领域的应用
- 基因组测序等生物学技术的发展,海量生物学数据不断产生,生物计算对计算能力和存储量的要求也越来越高.云计算所具有的高速的计算能力、高存储量以及使用方便等特点能够很好地满足生物研究的需求,融合云计算成为生物计算发展的趋势.本...
- 郝彤马红武赵学明
- 关键词：云计算生物技术生物计算
- 一种基于代谢网络分析最小化基因组的方法及其在大肠杆菌中的应用被引量：1
- 2013年
- 最小生命体的合成是合成生物学研究的重要方向。最小化基因组的同时而又不对细胞生长产生影响是代谢工程研究的一个重要目标。文中提出了一种从基因组尺度代谢网络模型出发,通过零通量反应删除及对非必需基因组合删除计算获得基因组最小化代谢网络模型的方法,利用该方法简化了大肠杆菌经典代谢网络模型iAF1260,由起始的1 260个基因简化得到了312个基因,而最优生物质生成速率保持不变。基因组最小化代谢网络模型预测了在细胞正常生长的前提下包含最少基因的代谢途径,为大肠杆菌获得最小基因组的湿实验设计提供了重要参考。
- 汤彬彩郝彤袁倩倩陈涛马红武
- 关键词：大肠杆菌
- 中华绒螯蟹免疫蛋白互作网络提取及分析
- 2017年
- 为了研究中华绒螯蟹的免疫蛋白作用机制,在已构建的中华绒螯蟹蛋白互作网络基础上,采用邻接节点注释方法对其全局网络进行细胞组分注释,为网络的903个未定位蛋白中的830个添加了GO注释,占未定位蛋白的91.9%.从中华绒螯蟹蛋白互作网络中提取了包含142个蛋白和158条蛋白互作关系的免疫互作网络,并且结合GO细胞组分注释信息,得到了其中62个免疫蛋白的细胞组分定位.通过对细胞定位的分析发现,中华绒螯蟹的免疫蛋白多位于膜结构、细胞核和细胞骨架中.
- 王彬宁黔冀王彬宁黔冀郝彤王倩
- 关键词：中华绒螯蟹免疫蛋白
- 凡纳滨对虾营养需求研究被引量：5
- 2021年
- 凡纳滨对虾是目前世界上养殖虾类产量最高的三大品种之一,是水产养殖中非常重要的物种。提高凡纳滨对虾的产量是水产养殖中的重要课题。综合现有关于凡纳滨对虾营养学的研究,从蛋白质、脂类、碳水化合物、微生物和矿物质几个方面出发,分析凡纳滨对虾生长的营养需求。对凡纳滨对虾营养需求的分析能够为改善和控制凡纳滨对虾的生长、提高营养物的消化利用率,从而进一步研究凡纳滨对虾生长所需的最佳营养素配比、构建营养更加均衡的饲料提供重要参考。
- 郜晨晨郝彤杨佳睿孙金生
- 关键词：凡纳滨对虾水产养殖营养需求
- 中国明对虾和中华绒螯蟹EST的Blast2GO注释及其在免疫基因分布研究中的应用被引量：1
- 2014年
- 以dbEST数据库中公布的中国明对虾和中华绒螯蟹的EST序列作为数据源,利用CAP3对其进行聚类拼接,采用Blast2GO软件进行功能注释,并通过查找免疫相关的GO注释和检索免疫关键词的方法寻找免疫相关基因,经与不同物种免疫基因的比较,推测可能的免疫基因序列,并进一步分析免疫基因在不同组织和细胞中的分布.结果表明,通过注释和关键词进行筛选这2种方法具有较好的互补性;预测了位于中国明对虾头胸部的60个可能的免疫基因以及位于中华绒螯蟹血细胞hemocyte、haemocyte、肝胰腺、性腺和精巢中的250个免疫基因,这些基因包括模式识别受体、抗氧化蛋白、抗菌肽、凝集素等,其中部分参与酚氧化酶原激活系统、Toll信号通路等重要免疫过程.中华绒螯蟹血细胞中具有种类丰富的免疫基因,与已有的甲壳动物免疫系统相符合.肝胰腺中发现了模式识别蛋白、蛋白酶以及数量众多的凝集素种类,提示肝胰腺在免疫过程中也发挥了一定作用.
- 曾铮张亦陈刘逸尘郝彤孙金生
- 关键词：中国明对虾中华绒螯蟹免疫基因EST
- 基因组尺度人类代谢网络的亚细胞及组织定位
- 人体代谢系统的实验研究与人体内不同亚细胞结构和组织的功能是密切相关的,因而人体蛋白和代谢反应的亚细胞定位及组织分布是人体生物学研究和药物开发的重要研究对象。为了更好地理解人体代谢网络的复杂性,融合亚细胞和组织信息的人类代...
- 郝彤
- 关键词：亚细胞定位
- 基因组尺度代谢网络自动重构及分析工具研究进展被引量：7
- 2012年
- 高通量数据的产出为基因组尺度代谢网络的构建提供了基础,但同时也对网络构建和分析方法的改进提出了挑战。随着数据量的不断增大,耗时耗力的人工构建及分析已经无法满足模型发展的需要,因而各种自动化的方法应运而生。模型构建和分析的自动化不仅能够大幅度提高模型构建和解析的速度,同时对于模型构建和分析方法的标准化和程序化也有着不可替代的作用。文中结合作者的实际研究经验,对基因组尺度代谢网络构建的自动化进程和主要的代谢网络分析工具进行了较为详细的介绍,总结了代谢网络自动重构的流程,并提出了目前面对的主要问题和未来的研究方向。
- 郝彤马红武赵学明
- 关键词：代谢网络网络分析
- 大尺度代谢网络通量平衡分析的进展与应用被引量：1
- 2013年
- 利用大尺度代谢网络分析生物体内部复杂的生化机制已经研究了很多年,大尺度代谢网络的算法也有很多,在这其中通量平衡分析是一个有效的定量研究基因组尺度代谢网络的方法,并在很多分析中都有应用。总结了通量平衡分析算法的最新进展,包括基本的通量平衡分析以及扩展的通量平衡分析算法,然后介绍了一些应用通量平衡分析算法模拟大型生物网络的单机的和在线的工具,最后还比较了这些工具的优缺点,并讨论了目前代谢网络分析算法与软件存在的难题和未来的研究方向。
- 李慧马红武郝彤
