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数据与计算驱动的蛋白质元件预测和设计被引量：1: 2019年; 为实现特定合成生物系统,需要使用恰当的蛋白质元件,即具有所需的特异性分子识别、酶催化活性等功能的天然蛋白质或工程改造蛋白质。以转录因子所识别的DNA序列的预测以及蛋白质-小分子特异性结合口袋的预测和设计为例,介绍计算方法在蛋白质功能预测和设计中的作用。强调了不同类型计算工具的整合以及它们与生物背景知识整合、计算方法通用性和准确性之间的平衡;讨论了有待解决的问题、计算的潜力和新方法的发展需求。; 刘海燕陈泉龙朋朋黄斌许洋陈耀晞; 关键词：计算方法转录因子

生物体系的多层次计算设计与合成生物学被引量：1: 2015年; 合成生物学的核心思想是将现代工程学的原理与方法引入对生命系统的改造和构建中.生命活动覆盖从分子到细胞再到有机体等不同层次.合成生物学研究同样跨越了多个层次,例如,在分子层次进行生物元件和器件的设计和标准化、通过合成基因线路研究生物网络的设计和调控原理、在途径和网络层次进行细胞内代谢网络和代谢途径的人工设计改造等.本文一方面试图对与此有关的既有计算机模拟与设计方法加以总结和介绍,另一方面探讨这些不同层次的计算模拟与设计工具可应用于哪些方面的合成生物学问题,以及既有方法可能在哪些方向上还有比较大的发展潜力,能更好满足合成生物学研究需求.; 刘海燕黄斌; 关键词：生物信息学方法分子设计

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黄斌