李超群
- 作品数：12 被引量：25H指数：3
- 供职机构：青海大学医学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金教育部“春晖计划”青海省科技厅基金更多>>
- 相关领域：医药卫生文化科学更多>>
- 细粒棘球绦虫转酮醇酶生物信息学分析被引量：10
- 2017年
- 目的利用生物信息学技术对EgTK基因编码蛋白的结构和功能进行预测和分析。方法利用ExPASy系统的ProtParam、ProtScale、SignalP、SOMPA程序与SubLoc v1.0、DNAStar、IEDB、SYPEITHI、Phyre2等生物信息学软件分析EgTK的理化性质、抗原表位、跨膜区、二、三级结构等。结果 EgTK基因由7个外显子,6个内含子构成,CDS长度为1 878bp,编码625个氨基酸,分子式为C_(3015)H_(4791)N_(829)O_(900)S_(22),分子质量为67.76ku;为跨膜蛋白,位于细胞质,二级结构主要以α螺旋、无规则卷曲为主。EgTK有16个潜在的B细胞线性表位,11个CTL细胞表位,13个Th细胞表位;EgTK三级结构与人类转酮醇酶相似性为97%;经多重比对,除去两端多余序列,共有473个氨基酸残基参与比对,发现195个变异位点、123简约性信息位点、72单态突变位点。结论生物信息学技术分析EgTK蛋白存在多个B、T细胞表位,具有良好的免疫原性,可为该蛋白的基因克隆、表达等提供理论依据。
- 张耀刚曹得萍李超群樊海宁
- 关键词：细粒棘球绦虫生物信息学抗原表位
- 细粒棘球绦虫延伸因子1生物信息学分析被引量：2
- 2017年
- 目的利用生物信息学技术对细粒棘球绦虫的延伸因子1(EF-1)进行分析,探讨其诊断价值。方法通过Expasy系统预测EF-1的理化性质,使用DNAStar软件分析蛋白亲水性、柔性区域、抗原指数及表面可及性,利用ABCpred与IEDB软件综合预测B细胞线性抗原表位,通过DNAStar软件预测T细胞表位,使用SOPMA软件预测二级结构,SWISS-MODEL网站构建EF-1的三级结构,使用MEGA软件选择neighbor joining法构建EF-1氨基酸序列的系统发育树。结果 EF-1基因序列全长1 412 bp,含有2个内含子;EF-1亲水性得分较高的区域为35~45、52~70、126~140、158~183、301~322、357~380、424~448;柔性区域为26~45、54~71、162~176、300~318、357~381、432~448;抗原性指数得分较高的区域分布与柔性区域一致;表面可及性得分较高的区域较少,主要分布在39~54、62~76、128~132、161~170、220~234、315~329、354~372、424~448;可能的B细胞线性表位的氨基酸序列为120~130、286~295、306~320、365~378;可能的优势性T细胞表位区域为34~48、164~177、222~244、280~290、321~330、396~407;EF-1的二级结构中α螺旋占32.81%、β折叠占22.54%、β转角占10.94%、无规则卷曲占33.71%;系统发育树结果表明多房棘球绦虫为一枝,其余聚于一枝,且内部形成许多梳齿状分枝。结论得到4个可能形成B细胞表位的区域、6个优势性T细胞表位区域,EF-1具有较高的保守性,可作为免疫诊断和药物治疗靶点。
- 李超群樊海宁张耀刚曹得萍
- 关键词：细粒棘球绦虫生物信息学
- 细粒棘球绦虫Eg18抗原表位预测被引量：3
- 2017年
- 目的通过生物信息学技术预测细粒棘球绦虫Eg18抗原B、T细胞表位,为细粒棘球绦虫筛选具有保护性抗原表位的抗原提供理论基础。方法使用Expasy系统预测理化性质;二、三级结构的预测使用在线预测网站Predict Protein;通过在线软件ABCpred、LEPS结合二级结构、亲水性指数、表面可及性指数、柔韧性指数对B细胞表位进行预测;应用SYFPEITHI及IEDB软件预测MHC-Ⅰ类HLA-A0201限制性T细胞表位。结果 Eg18抗原二级结构中α-螺旋结构占氨基酸残基总数的98.1%,无规则卷曲占1.9%,无β-折叠结构;选出具有优势的30~41、55~71、110~126、136~144四个可能为Eg18蛋白B细胞表位的氨基酸序列区域;17~27、32~41、61~72、96~105四个较有可能形成T抗原表位的氨基酸序列区域。结论通过生物信息学预测Eg18抗原可能有4个B细胞表位且为构象表位,有4个T抗原表位,可为进一步了解Eg18抗原提供参考。
- 张耀刚李超群曹得萍
- 关键词：细粒棘球绦虫抗原抗原表位生物信息学
- 青南藏区多房棘球绦虫系统发育学分析被引量：1
- 2015年
- 目的对青南藏区流行的多房棘球绦虫基因多态性及系统发育进行初步分析。方法利用线粒体DNA细胞色素氧化酶亚单位Ⅰ(COXⅠ)行分子标记,以COXⅠ为基因marker设计引物扩增COXⅠ部分基因序列,将得到的11条碱基序列通过Clustal X软件进行多重序列分析比对,与13条来自Gen Bank的棘球绦虫COXⅠ序列共同构建贝叶斯进化树。结果用于分析的标本序列与来源于亚洲的中国(四川,内蒙古)、哈萨克斯坦和欧洲的法国、斯洛伐克的多房棘球绦虫型聚于一枝,位于发育树的冠部,并在这一枝内部形成梳齿状分支。结论流行于青南藏区的多房棘球蚴标本存在基因多态性,其系统发育复杂。
- 李超群张耀刚曹得萍
- 关键词：多房棘球绦虫系统发育
- “一带一路”倡议下留学生《医学微生物学》全英语教学体会被引量：1
- 2020年
- 医学院顺应国家"一带一路"倡议从2017年秋季学期招收也门、索马里和巴基斯坦国家医学硕士研究生留学生,这为本院的全英语教学提出了巨大挑战。病原生物学教研室针对留学生教学的特殊性,结合《医学微生物学》学科特点,就如何制定针对留学生的教学大纲、教学目标及教学方法等方面进行了尝试和探索,为我院其它课程开展留学生全英语教学提供了参考和借鉴。
- 曹得萍李超群李超群唐超群双杰
- 关键词：留学生
- 细粒棘球绦虫转酮醇酶克隆表达及免疫性分析被引量：1
- 2018年
- 目的通过原核表达获得细粒棘球绦虫转酮醇酶(TK)表达产物,分析其作为棘球蚴病诊断抗原分子的价值。方法 PCR扩增TK基因,克隆至原核载体p MD19-Eg TK,随后亚克隆至表达载体p ET-28a,构建目的基因TK原核表达质粒p ET-28a(+)-Eg TK,转入大肠埃希菌BL21,分离纯化蛋白,经SDS-PAGE、Western blotting鉴定后,收集细粒棘球蚴病(CE组)、多房棘球蚴病(AE组)患者及健康人(健康组)血清,以酶联免疫吸附试验(ELISA)检测重组蛋白作为诊断抗原的价值。结果成功构建p ET-28a(+)-Eg TK质粒,经SDS-PAGE和Western blotting分析,Eg TK蛋白在70 k Da处出现条带,与理论值一致。ELISA显示,CE组、AE组和健康组血清反应吸光度A450值间差异有统计学意义(F=44.47,P<0.01),CE组(1.46±0.41)、AE组A450值(1.28±0.29)高于健康组(0.66±0.23)(P<0.05),但CE组和AE组间A450值差异无统计学意义(P>0.05)。结论重组TK分子可较好地区分棘球蚴病患者和非棘球蚴病患者,但无法区分细粒棘球蚴病和多房棘球蚴病患者。
- 曹得萍张耀刚李超群李超群姜博璠
- 关键词：细粒棘球绦虫棘球蚴病重组质粒诊断抗原
- 基于认证背景下《临床寄生虫学检验》教学改革与探索被引量：2
- 2018年
- 目的为改变传统的教学模式,课题组在2018年春季学期对本学院2015级临床检验本科班的《临床寄生虫学检验》课程从优化教材内容、完善教学方法、改善考核体系三方面进行改革和探索。方法本研究对医学院2015级临床检验本科班《临床寄生虫学检验》课程的讲授方法、课堂作业、实验课学习方法、期末考试试题的类型及学生最终成绩的评定方法进行了改革。结果通过与学生座谈认为这种学习方法可以让学生全面掌握整个课程内容,培养了学生的自学意识和思考问题能力,同时也锻炼了专业英语能力。结论这种混合式教学方法值得在其它专业寄生虫学教学中推广和应用。
- 曹得萍白海燕双杰唐超群李超群
- 关键词：教学改革
- 细粒棘球绦虫肌动蛋白抗原表位预测被引量：1
- 2020年
- 目的对细粒棘球绦虫肌动蛋白(Echinococcus granulosus actin EgACT)的结构和抗原表位进行分析,为筛选疫苗候选抗原提供依据.方法采用生物信息学技术分析EgACT的理化性质和亲/疏水性、柔性区域、抗原指数、表面可及性、可能的信号肽序列、跨膜结构区域、二级结构及优势抗原表位.结果细粒棘球绦虫肌动蛋白由376个氨基酸组成,相对分子质量为41.95 kDa,等电点理论值为5.38,不稳定系数为39.28(稳定蛋白);亲水区域明显;柔性区域呈散在分布,较明显的分布区域位于12-30、37-42、57-63、79-85、107-118、195-208、232-240、282-293、312-319、360-368氨基酸区段;表面可及性得分较高的区域主要位于58-63、78-86、109-119、231-244、286-294、312-318、359-365氨基酸区段;抗原性指数得分较高区域与柔性区域的分布一致;无信号肽序列;无跨膜区;二级结构中的β转角占6.65%、α螺旋占37.5%、延伸链占21.28%、无规则卷曲占34.57%,优势B细胞表位位于14-29、52-61、77-82、233-242、285-290氨基酸区段,优势T细胞表位位于75-78、85-88、185-193、208-211、274-277、309-312氨基酸区段.结论成功预测出细粒棘球绦虫的肌动蛋白抗原表位,可为筛选疫苗候选抗原提供依据.
- 李超群张发斌赵婧李凤辉高瑞雪樊海宁
- 关键词：细粒棘球绦虫肌动蛋白B细胞表位T细胞表位
- 细粒棘球绦虫肌动蛋白基因的克隆表达
- 2020年
- 目的克隆表达细粒棘球绦虫肌动蛋白(EgACT)基因,并获得EgACT纯化蛋白.方法将经全序列合成、密码子优化合成的目的基因EgACT克隆入PET28a-SUMO表达载体中、转化入Rosetta(DE3)中,诱导表达采用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG),经镍琼脂糖凝胶亲和层析法获得纯化蛋白.结果重组质粒PET28a-SUMO-EgACT构建成功.SDS-PAGE结果显示,目的蛋白在Rosetta(DE3)中获得高效表达,相对分子量约为60 kDa.结论完成细粒棘球绦虫肌动蛋白基因的克隆及其在Rosetta(DE3)中的表达,并获得纯化蛋白.
- 高瑞雪李超群张耀刚李凤辉赵婧姜博璠张发斌
- 关键词：细粒棘球绦虫肌动蛋白基因克隆原核表达
- 细粒棘球蚴和多房泡球蚴在人体内蛋白质表达谱初步分析被引量：3
- 2016年
- 目的 初步掌握流行于青海省细粒棘球绦虫幼虫棘球蚴（原头节、囊壁、囊液）和多房棘球绦虫幼虫泡球蚴在中间宿主人体内蛋白质表达情况。方法 利用SDS-PAGE和Western-blot分析棘球蚴原头节、囊壁、囊液蛋白质和泡球蚴总蛋白表达谱。结果 细粒棘球蚴原头节的蛋白质浓集在分子量72kDa处,囊壁的蛋白质浓集在72kDa、26kDa和17kDa处,囊液的蛋白浓集在72kDa、43~55kDa、26kDa和17kDa;泡球蚴总蛋白质浓集在分子量72kDa、55~72kDa和26kDa处。结论 不同地区细粒棘球蚴在人体内蛋白的表达存在差异;不同亚种泡球蚴原头节蛋白的表达存在差异。
- 张耀刚李超群毋德芳曹得萍
- 关键词：细粒棘球蚴蛋白质表达谱
