张耀刚
- 作品数：8 被引量：22H指数：3
- 供职机构：青海大学医学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金教育部“春晖计划”青海省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 细粒棘球绦虫转酮醇酶生物信息学分析被引量：10
- 2017年
- 目的利用生物信息学技术对EgTK基因编码蛋白的结构和功能进行预测和分析。方法利用ExPASy系统的ProtParam、ProtScale、SignalP、SOMPA程序与SubLoc v1.0、DNAStar、IEDB、SYPEITHI、Phyre2等生物信息学软件分析EgTK的理化性质、抗原表位、跨膜区、二、三级结构等。结果 EgTK基因由7个外显子,6个内含子构成,CDS长度为1 878bp,编码625个氨基酸,分子式为C_(3015)H_(4791)N_(829)O_(900)S_(22),分子质量为67.76ku;为跨膜蛋白,位于细胞质,二级结构主要以α螺旋、无规则卷曲为主。EgTK有16个潜在的B细胞线性表位,11个CTL细胞表位,13个Th细胞表位;EgTK三级结构与人类转酮醇酶相似性为97%;经多重比对,除去两端多余序列,共有473个氨基酸残基参与比对,发现195个变异位点、123简约性信息位点、72单态突变位点。结论生物信息学技术分析EgTK蛋白存在多个B、T细胞表位,具有良好的免疫原性,可为该蛋白的基因克隆、表达等提供理论依据。
- 张耀刚曹得萍李超群樊海宁
- 关键词：细粒棘球绦虫生物信息学抗原表位
- 细粒棘球绦虫延伸因子1生物信息学分析被引量：2
- 2017年
- 目的利用生物信息学技术对细粒棘球绦虫的延伸因子1(EF-1)进行分析,探讨其诊断价值。方法通过Expasy系统预测EF-1的理化性质,使用DNAStar软件分析蛋白亲水性、柔性区域、抗原指数及表面可及性,利用ABCpred与IEDB软件综合预测B细胞线性抗原表位,通过DNAStar软件预测T细胞表位,使用SOPMA软件预测二级结构,SWISS-MODEL网站构建EF-1的三级结构,使用MEGA软件选择neighbor joining法构建EF-1氨基酸序列的系统发育树。结果 EF-1基因序列全长1 412 bp,含有2个内含子;EF-1亲水性得分较高的区域为35~45、52~70、126~140、158~183、301~322、357~380、424~448;柔性区域为26~45、54~71、162~176、300~318、357~381、432~448;抗原性指数得分较高的区域分布与柔性区域一致;表面可及性得分较高的区域较少,主要分布在39~54、62~76、128~132、161~170、220~234、315~329、354~372、424~448;可能的B细胞线性表位的氨基酸序列为120~130、286~295、306~320、365~378;可能的优势性T细胞表位区域为34~48、164~177、222~244、280~290、321~330、396~407;EF-1的二级结构中α螺旋占32.81%、β折叠占22.54%、β转角占10.94%、无规则卷曲占33.71%;系统发育树结果表明多房棘球绦虫为一枝,其余聚于一枝,且内部形成许多梳齿状分枝。结论得到4个可能形成B细胞表位的区域、6个优势性T细胞表位区域,EF-1具有较高的保守性,可作为免疫诊断和药物治疗靶点。
- 李超群樊海宁张耀刚曹得萍
- 关键词：细粒棘球绦虫生物信息学
- 细粒棘球绦虫Eg18抗原表位预测被引量：3
- 2017年
- 目的通过生物信息学技术预测细粒棘球绦虫Eg18抗原B、T细胞表位,为细粒棘球绦虫筛选具有保护性抗原表位的抗原提供理论基础。方法使用Expasy系统预测理化性质;二、三级结构的预测使用在线预测网站Predict Protein;通过在线软件ABCpred、LEPS结合二级结构、亲水性指数、表面可及性指数、柔韧性指数对B细胞表位进行预测;应用SYFPEITHI及IEDB软件预测MHC-Ⅰ类HLA-A0201限制性T细胞表位。结果 Eg18抗原二级结构中α-螺旋结构占氨基酸残基总数的98.1%,无规则卷曲占1.9%,无β-折叠结构;选出具有优势的30~41、55~71、110~126、136~144四个可能为Eg18蛋白B细胞表位的氨基酸序列区域;17~27、32~41、61~72、96~105四个较有可能形成T抗原表位的氨基酸序列区域。结论通过生物信息学预测Eg18抗原可能有4个B细胞表位且为构象表位,有4个T抗原表位,可为进一步了解Eg18抗原提供参考。
- 张耀刚李超群曹得萍
- 关键词：细粒棘球绦虫抗原抗原表位生物信息学
- 青南藏区多房棘球绦虫系统发育学分析被引量：1
- 2015年
- 目的对青南藏区流行的多房棘球绦虫基因多态性及系统发育进行初步分析。方法利用线粒体DNA细胞色素氧化酶亚单位Ⅰ(COXⅠ)行分子标记,以COXⅠ为基因marker设计引物扩增COXⅠ部分基因序列,将得到的11条碱基序列通过Clustal X软件进行多重序列分析比对,与13条来自Gen Bank的棘球绦虫COXⅠ序列共同构建贝叶斯进化树。结果用于分析的标本序列与来源于亚洲的中国(四川,内蒙古)、哈萨克斯坦和欧洲的法国、斯洛伐克的多房棘球绦虫型聚于一枝,位于发育树的冠部,并在这一枝内部形成梳齿状分支。结论流行于青南藏区的多房棘球蚴标本存在基因多态性,其系统发育复杂。
- 李超群张耀刚曹得萍
- 关键词：多房棘球绦虫系统发育
- 青海省汉族PIH患者血浆EPO水平及EPO基因3'端低氧增强子区T3541G单核苷酸多态性观察被引量：3
- 2017年
- 目的观察青海省汉族妊娠高血压(PIH)患者促红细胞生成素(EPO)基因3'端低氧增强子上T3541G单核苷酸多态性。方法 124例PIH患者为观察组,112例正常孕妇为对照组。抽取两组外周静脉血,采用ELISA法检测两组血浆EPO。采用限制性片段长度多态性聚合酶链反应方法对两组EPO SNP/T3541G进行基因型分型并测序验证。结果观察组和对照组血浆EPO水平分别为(454.113±35.097)、(396.316±50.262)pg/mL,二者比较,P<0.05。观察组EPO T3541位点基因型频率野生型(TT)、杂合子型(TG)和突变纯合子型(GG)分别为9.7%、74.2%、16.1%、对照组分别为42.9%、46.4%、10.7%,两组比较,P均<0.05。观察组EPO T3541位点等位基因频率T、G分别为46.8.%、53.2%,对照组分别为66.1%、33.9%,两组比较,P均<0.05)。EPO基因SNP/T3541G多态性与PIH呈正相关(OR为0.451,95%CI:0.311~0.655),T等位基因为PIH的保护基因(OR为0.708,95%CI:0.602~0.833),G等位基因为PIH的危险因素(OR为1.569,95%CI:1.263~1.949)。结论青海省汉族PIH患者血浆EPO水平高于健康孕妇。EPO基因SNP/T3541G多态性与PIH有关。
- 李红荣张耀刚吕彩霞王香林庄文婷李建华
- 关键词：妊娠并发症妊娠高血压单核苷酸基因多态性
- 青南高原多房棘球蚴myophilin基因的克隆和序列分析
- 2016年
- 目的克隆多房棘球绦虫(Em)的myophilin基因并对其序列进行分析与预测。方法提取Em原头节总RNA,采用RT-PCR技术扩增myophilin基因,将PCR产物连接入p GM-T载体,转化入DH 5α感受态细胞,挑选阳性克隆送测序。采用生物信息学软件对测序结果进行序列比对分析,同时预测编码蛋白的理化性质、二级结构、三级结构、翻译后修饰位点、结构域和抗原表位。结果扩增出长度为576 bp的cDNA片段,包含完整开放阅读框(ORF),编码190个氨基酸,与已知细粒棘球绦虫的序列同源性达99%。预测结果显示,编码蛋白分子式为C_(935)H_(1519)N_(255)O_(285)S_(11),理论分子质量为212 876,PI为8.66。α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲在二级结构中所占的比例分别为51.58%、10.00%和38.42%。含有10个翻译后修饰位点,各1个Calponin结构域和CH结构域,8个B细胞抗原表位和6个T细胞抗原表位。结论成功克隆出Em的myophilin基因并对其进行了有效分析和预测。
- 何顺伟张耀刚李超群彭源魏晓星
- 关键词：多房棘球蚴基因克隆
- FGFR4 mRNA及蛋白在乳腺癌组织中的表达及临床意义
- 2017年
- 目的:研究乳腺癌组织与乳腺癌癌旁组织中FGFR4 mRNA及蛋白的表达及其临床意义。方法:分别以实时荧光定量RT-PCR、Western blot的方法检测52例乳腺癌组织和52例癌旁正常组织中FGFR4 mRNA和蛋白的表达,分析FGFR4 mRNA和蛋白的表达与临床病理特征的相关性。结果:在乳腺癌组织中,FGFR4 mRNA及蛋白的表达均高于在乳腺癌癌旁正常组织(P<0.05),并且FGFR4的表达与患者淋巴结转移和Her-2相关,而与患者年龄、肿瘤大小、分化程度、ER和PR无明显相关性(P>0.05)。结论:FGFR4 mRNA及蛋白在乳腺癌组织中表达升高,与淋巴结转移和Her-2有关,有望成为预测乳腺癌的转移和预后的参考指标之一。
- 任美田苏占海张耀刚唐智伟沈国双
- 关键词：乳腺癌淋巴结转移临床病理特征
- 细粒棘球蚴和多房泡球蚴在人体内蛋白质表达谱初步分析被引量：3
- 2016年
- 目的 初步掌握流行于青海省细粒棘球绦虫幼虫棘球蚴（原头节、囊壁、囊液）和多房棘球绦虫幼虫泡球蚴在中间宿主人体内蛋白质表达情况。方法 利用SDS-PAGE和Western-blot分析棘球蚴原头节、囊壁、囊液蛋白质和泡球蚴总蛋白表达谱。结果 细粒棘球蚴原头节的蛋白质浓集在分子量72kDa处,囊壁的蛋白质浓集在72kDa、26kDa和17kDa处,囊液的蛋白浓集在72kDa、43~55kDa、26kDa和17kDa;泡球蚴总蛋白质浓集在分子量72kDa、55~72kDa和26kDa处。结论 不同地区细粒棘球蚴在人体内蛋白的表达存在差异;不同亚种泡球蚴原头节蛋白的表达存在差异。
- 张耀刚李超群毋德芳曹得萍
- 关键词：细粒棘球蚴蛋白质表达谱
