李培顺
- 作品数：5 被引量：4H指数：2
- 供职机构：中国科学院天津工业生物技术研究所更多>>
- 发文基金：天津市应用基础与前沿技术研究计划国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学理学更多>>
- 基于代谢网络分析预测菌种基因敲除靶点方法的研究
- 高产特定产品的人工细胞工厂的构建需要对野生菌株进行大量的基因工程改造。近年来随着大量基因组尺度代谢网络模型的构建，人们提出了多种基于代谢网络分析预测基因改造靶点以使某一目标化合物合成最优的菌种优化方法。大多数方法利用基因...
- 李培顺
- 关键词：基因敲除
- 基于代谢网络预测菌种基因改造靶点方法的研究进展被引量：2
- 2016年
- 高产特定产品的人工细胞工厂的构建需要对野生菌株进行大量的基因工程改造,近年来随着大量基因组尺度代谢网络模型的构建,人们提出了多种基于代谢网络分析预测基因改造靶点以使某一目标化合物合成最优的方法。这些方法利用基因组尺度代谢网络模型中的反应计量关系约束和反应不可逆性约束等,通过约束优化的方法预测可使产物合成最大化的改造靶点,避免了传统的通过相关途径的直观分析确定靶点的方法的局限性和主观性,为细胞工厂的理性设计提供了新的思路。以下结合作者的实际研究经验,对这些菌种优化方法的原理、优缺点及适用性等进行详细介绍,并讨论了目前存在的主要问题和未来的研究方向,为人们针对不同目标产品选择合适的方法及预测结果的可靠性评估提供了指导。
- 李培顺马红武赵学明陈涛
- 关键词：代谢网络系统生物学代谢工程
- FVAKnock: a new strain optimization method for predicting genetic manipulation targets
- Background: With the development of genome-scale models of metabolism and phenotype simulation methods, a numb...
- 李培顺马红武
- 关键词：STRAINFLUXVARIABILITYMETABOLIC
- QCFVA:A tool for qualitative classification of reactions based on flux variability analysis
- Background:Flux variability analysis is usually used to determine the minimum and maximum flux values that the...
- 李培顺Hongwu MaTeng Huang
- 文献传递
- 一碳化合物利用新途径的设计和体外构建被引量：2
- 2017年
- 一碳化合物作为糖类的廉价替代底物在工业生物技术中具有广泛的应用前景。传统途径中由一碳化合物或糖类生产乙酰辅酶A衍生产品时会有1/3的碳损失,导致产品得率较低,因此找到没有碳损失的新途径非常重要。基于MetaCyc数据库的代谢反应集和通量平衡分析的途径分析方法,计算得到一条由一碳化合物甲醛生成乙酰辅酶A衍生产品的新途径,该途径不仅无碳损失,并且无能量(ATP)和还原力消耗。为了验证途径的可行性,筛选途径相关酶,纯化后进行体外实验,通过乙酸的产量来间接表征途径的运行情况。结果发现:乙酸的生成浓度会随着体系初始甲醛加入量的增加而增加,在一定条件下,乙酸的总碳摩尔得率可以达到90%,超过了传统路径的最大理论得率67%。
- 陈阳杨雪袁倩倩罗浩李培顺马红武
- 关键词：乙酰辅酶A
