张晶晶
- 作品数：4 被引量：22H指数：2
- 供职机构：国家海洋环境监测中心更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家海洋局近岸海域生态环境重点实验室开放基金国家海洋公益性行业科研专项更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 利用线粒体COI和微卫星标记分析文蛤7个地理群体的遗传变异被引量：15
- 2016年
- 利用线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)和微卫星标记分析了文蛤7个地理群体(朝鲜新义州,辽宁丹东、蛤蜊岗和盘山,山东东营,江苏如东和启东)的遗传多样性和群体分化。PCR扩增获得142条602 bp的COI核苷酸片段,比对到13个变异位点,包括11个转换和2个颠换,定义了22个单倍型,共享单倍型12个,新义州、丹东和启东群体分别拥有特有单倍型。单倍型多样性最高的是如东群体(h=0.900),最低的是东营群体(h=0.600);核苷酸多样性最高的是丹东群体(π=0.00350),最低的是蛤蜊岗群体(π=0.00115)。基于COI数据的Fu's Fs中性检验和核苷酸不配对分析揭示文蛤种群历史上曾经历过群体扩张事件。分子变异分析(AMOVA)表明,群体内遗传变异占71.64%,群体间遗传变异占28.36%,群体间发生显著的遗传分化(P<0.05)。7个微卫星标记扩增280个个体共获得54个等位基因,平均等位基因数为7.7个,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.3878和0.7996。江苏群体具有较高的遗传多样性,但7个群体间遗传多样性不存在显著差异(Kruskal-Wallis检验,P>0.05)。Hardy-Weinberg平衡检验结果显示49个群体-位点组合中有18个偏离平衡(P<0.05),表现为杂合子缺失。单倍型邻接(NJ)树显示聚类未展示地域性特色,但某几个同一或者相近地理群体的单倍型具有聚类现象(如东和启东部分单倍型出现地理聚类)。依据群体间遗传距离以Kimura 2-parameter为模型建立UPGMA系统发育树,显示丹东群体和江苏的如东和启东群体聚为一支,暗示江苏苗种的异地养殖已经污染丹东文蛤的遗传背景。
- 李宏俊张晶晶袁秀堂张安国柳圭泽邵魁双王立俊
- 关键词：文蛤群体遗传变异微卫星增殖放流
- 文蛤C型凝集素基因(Mm-Lec1)的克隆与表达分析被引量：4
- 2016年
- 文蛤（Meretrix meretrix）是我国重要的滩涂养殖贝类,病害严重影响文蛤增养殖业,研究文蛤的免疫机制有助于解决文蛤的病害问题。C型凝集素（C-type lectin）参与先天免疫,在识别病原相关分子模式和激活体液免疫因子等方面发挥重要作用。本研究检索已构建的文蛤全长cDNA文库,经过Blast比对得到了文蛤C型凝集素1（Mm-Lec1）基因的全长cDNA序列。Mm-Lec1序列全长586bp,5和3非翻译区（UTR）的长度分别为21bp和79bp,开放阅读框长度为486bp,编码161个氨基酸,分子量为18.65kD,理论等电点为4.98。预测的氨基酸序列中含有信号肽（Met1-Ser19）、糖识别结构域（CRD）和糖结合位点（QPN）。Mm-Lec1的三级结构是紧凑型,含有β片层结构。同源性分析结果表明,Mm-Lec1与其他物种C型凝集素相似度在20%~32%;邻接法（Neighbor-Joining,NJ）进化树分析结果表明,Mm-Lec1与紫贻贝CTL 6和栉孔扇贝CTL A聚为一支。实时荧光定量分析结果显示,Mm-Lec1在文蛤鳃、肝胰腺、闭壳肌、外套膜、性腺和血细胞中均表达,其中鳃表达量最高,血细胞次之,性腺中表达量最少;在鳗弧菌（Vibrio anguillarum）刺激实验中,6h时Mm-Lec1在血细胞中的表达量最低,48h表达量最高,暗示Mm-Lec1参与文蛤抵御细菌入侵的免疫过程。
- 张晶晶李宏俊秦艳杰刘敏叶晟
- 关键词：文蛤C型凝集素表达序列标签实时荧光定量PCR
- 基于mRNA转录和调控水平研究中国蛤蜊对镉胁迫的响应
- 中国蛤蜊(Mactra chinensis)是一种重要的经济贝类，主要分布于我国的辽宁、山东等省份。近些年来，中国蛤蜊生存环境的不断恶化以及过度捕捞，造成中国蛤蜊野生资源缺乏，种质资源退化。我们利用Illumina平台的...
- 张晶晶
- 关键词：海洋生物中国蛤蜊基因表达
- 基于鳃的microRNA转录组研究中国蛤蜊对重金属镉的响应被引量：2
- 2016年
- 中国蛤蜊(Mactra chinensis)是一种重要的经济贝类,分布于我国的辽宁和山东。近年来,生境恶化和过度捕捞导致我国蛤蜊资源量减少。我们利用Illumina Hiseq-2500平台对中国蛤蜊鳃的microRNA转录组进行测序,运用差异表达寻找对镉刺激有响应的功能microRNA。结果显示对照组获得了14 415 256条clean reads,实验组获得了15 570 111条clean reads。在这些reads中一共存在14 584 077小RNA,包括1 898 035条unique小RNA,其中对照组和实验组共有187 859条unique小RNA。两个组的小RNA文库的片段长度分布是相似的,大部分小RNA长度分布在26~27nt。在对照组文库中最丰富的片段长度是27nt,其次是28nt、26nt和23nt。在实验组文库中,数量最丰富的片段长度是26nt,其次是27nt、28nt和23nt。经过对序列前体以及结构特征的分析,发现这两个组中一共有50个microRNA,其中已知的是38个,新发现的是12个。对照组和实验组microRNA含量最丰富的片段长度是23nt。通过差异表达分析,5个microRNA基因具有显著性差异且从对照组到实验组的表达量是上调的,其余45个没有显著性的差异。把这50个序列与中国蛤蜊转录组进行比对,一共找到了542个靶基因。5个具有表达差异的基因一共比对到11个靶基因。把这11个靶基因与NCBI数据库比对,4个靶基因在COG中得到注释,1个靶基因在GO中得到注释,6个靶基因在KEGG中得到注释,11个靶基因在nr数据库中得到注释,注释到的基因有泛素蛋白连接酶E3,Wnt信号通路,G蛋白信号调控等。
- 张晶晶李宏俊秦艳杰刘敏叶晟
- 关键词：中国蛤蜊镉MICRORNA功能基因
