徐细建
- 作品数：17 被引量：58H指数：5
- 供职机构：福建农林大学蜂学学院更多>>
- 发文基金：国家现代农业产业技术体系建设项目福建省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 胁迫意大利蜜蜂幼虫肠道的球囊菌的转录组分析被引量：25
- 2017年
- 【目的】本研究旨在通过趋势分析对胁迫意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica(简称意蜂)幼虫肠道的球囊菌Ascosphaera apis的差异表达基因(DEGs)进行转录组分析。【方法】将纯化的球囊菌孢子配制为1×107孢子/m L的饲料饲喂意蜂3日龄幼虫,利用Illumina Hi Seq 2500平台对球囊菌胁迫的意蜂幼虫肠道c DNA进行测序,将过滤得到的有效读段(clean reads)映射(mapping)到核糖体数据库及意蜂参考基因组,最后将未映射上的reads映射到本课题组组装并注释的球囊菌参考转录组。利用STEM软件对DEGs进行趋势分析。利用WEGO软件对显著表达模式中的DEGs进行GO富集分析。利用Blastall对显著表达模式中的DEGs进行KEGG代谢通路富集分析。最后,通过对随机选取的6个DEGs进行RT-q PCR分析,对RNA-seq数据进行验证。【结果】球囊菌胁迫意蜂幼虫肠道样品的Illumina测序共得到球囊菌的25 454 076条原始读段(raw reads),经过滤得到24 909 820条clean reads,Q30均在93.46%以上。趋势分析结果显示,19 893个DEGs聚类为8个表达模式,其中有12 151个DEGs聚类为3个表现为显著上调趋势的表达模式。GO富集分析结果显示,表现上调趋势的DEGs富集在40个GO term,富集基因数最多的为细胞进程(cellular process)(2 601 unigenes),其次为代谢进程(metabolic process)(2 553 unigenes)和细胞(cell)(2 522unigenes)。KEGG代谢通路富集分析结果显示,上调趋势中的DEGs富集在119个代谢通路上,其中富集基因数最多的是核糖体(ribosome)(213 unigenes),其次为氨基酸生物合成(biosynthesis of amino acids)(154 unigenes)和内质网蛋白加工(protein processing in endoplasmic reticulum)(130unigenes)。共有48个DEGs富集在MAPK信号通路上,聚类分析结果显示,这些DEGs随着胁迫时间的延长表达水平逐渐增强。RT-q PCR结果显示,6个DEGs的表达水平变化趋势与RNA-seq数据一致,证明了本研究中的转录组数据真实可靠。【结论】本研�
- 陈大福郭睿熊翠玲梁勤郑燕珍徐细建黄枳腱张曌楠张璐李汶东童新宇席伟军
- 关键词：意大利蜜蜂RNA-SEQ差异表达基因
- 中华蜜蜂幼虫肠道参考转录组的de novo组装及其响应球囊菌胁迫的免疫应答研究
- 蜜蜂易受到多种疾病侵袭,其中,白垩病是最具代表性的真菌病,给养蜂业造成巨大损失.目前,尚无一种杀真菌剂被批准用于治疗白垩病.养蜂生产中,意大利蜜蜂幼虫极易受到蜜蜂球囊菌的侵染而罹患白垩病,而中华蜜蜂幼虫具有较强的球囊菌抗...
- 陈大福郭睿熊翠玲徐细建Dhiraj Kumar骆群郑燕珍张曌南张璐李汶东席伟军李龙杜宇张琦余敏马子韬侯志贤曹雪珂王博梁勤
- 关键词：中华蜜蜂SSR免疫应答
- 蜜蜂球囊菌的参考转录组de novo组装及SSR分子标记开发被引量：25
- 2017年
- 【目的】通过RNA seq技术对纯培养的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis孢子和球囊菌侵染的蜜蜂幼虫肠道组织进行测序,de novo组装球囊菌的参考转录组,并对其进行功能与代谢通路注释,进而基于该转录组数据开发球囊菌的SSR分子标记。【方法】首先通过差速离心获得活化的球囊菌孢子,配制含1×107孢子/m L的饲料饲喂4,5和6日龄的意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica幼虫和中华蜜蜂Apis cerana cerana幼虫,通过Illumina Hi SeqTM2500平台同时对上述蜜蜂幼虫肠道及纯化球囊菌孢子进行深度测序,原始数据过滤后通过Trinity软件组装得到unigenes,进而通过BLASTX比对NCBI Nr,Swiss-Prot,KOG和KEGG数据库对unigenes进行功能与代谢通路注释。利用MISA软件对所有unigenes进行SSR搜索,并利用Primer Premier 5软件设计SSR特异性引物,通过PCR对不同来源的球囊菌SSR位点进行扩增。【结果】本研究共获得146 135 308条高质量reads,de novo组装得到42 609个unigenes。BLASTX比对结果显示,29 316个unigenes在上述公共数据库中具有功能和代谢通路注释。注释到法夫酵母Xanthophyllomyces dendrorhous上的unigenes最多,达6 050个。KEGG注释结果显示,unigenes可注释到117个代谢通路,其中富集在核糖体(ribosome)上的unigenes数量最多(529)。所有unigenes中共预测到7 968个SSRs,通过PCR开发出5个球囊菌SSR分子标记。【结论】本研究成功组装球囊菌的参考转录组,并进行了功能与代谢通路注释,可为在分子水平深入研究球囊菌提供重要的参考信息。基于该转录组信息开发的5个SSR分子标记可推动菌株鉴定、基因图谱构建及基因定位等研究。
- 张曌楠熊翠玲徐细建黄枳腱郑燕珍骆群刘敏李汶东童新宇张琦梁勤郭睿陈大福
- 关键词：蜜蜂球囊菌RNASSR
- 球囊菌胁迫中华蜜蜂幼虫肠道过程中病原的转录组学研究被引量：18
- 2017年
- 【目的】本研究利用RNA-seq技术对球囊菌胁迫的中华蜜蜂(中蜂)幼虫肠道进行深度测序,经趋势分析得到差异表达基因(DEGs)的显著表达模式,进而对胁迫过程中的球囊菌进行转录组学分析。【方法】利用Illumina HiSeq 2500平台对球囊菌胁迫的中蜂幼虫肠道进行深度测序,并利用相关软件进行了深入分析。最后,通过RT-qPCR对RNA-seq数据进行了验证。【结果】本研究共得到球囊菌的41133932条高质量clean reads。22865个DEGs共聚类为8个基因表达模式,其中,16769个DEGs聚类为2个显著上调趋势与2个显著下调趋势。GO富集分析结果显示,显著上调与显著下调趋势中的DEGs分别富集于40与37个GO term,基因富集数最多的为细胞进程(2486 unigenes)。KEGG代谢通路(pathway)富集分析结果显示,显著上调与显著下调趋势中的DEGs分别富集于119和112个pathway,基因富集数最多的分别是氨基酸生物合成(127 unigenes)与核糖体(98 unigenes)。进一步分析表明球囊菌在胁迫中蜂幼虫肠道的过程中通过提高物质合成促进其增殖,而宿主通过抑制球囊菌的蛋白合成抵御病原入侵。富集在MAPK信号通路的11个DEGs的表达水平随着胁迫时间的延长而逐渐下降,推测中蜂幼虫通过抑制该通路而阻遏球囊菌增殖。【结论】本研究不仅为揭示白垩病过程中的球囊菌-中蜂幼虫互作提供了重要信息,也为阐明不同抗性蜂种的球囊菌抗性差异奠定了基础。
- 郭睿陈大福黄枳腱梁勤熊翠玲徐细建郑燕珍张曌楠解彦玲童新宇侯志贤江亮亮刀晨
- 关键词：中华蜜蜂转录组
- 意大利蜜蜂6日龄幼虫肠道内球囊菌的差异表达基因分析被引量：5
- 2017年
- 为检测蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis)在胁迫意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)幼虫后期的基因表达谱,利用RNA-seq技术对纯培养的球囊菌孢子及球囊菌胁迫的意蜂6日龄幼虫肠道进行深度测序。通过比较处理组和对照组得到21 361个差异表达基因(DEGs),包括15 306个上调基因和6 055个下调基因。GO富集分析结果显示,上调基因富集于39个GO条目(term),基因富集数最多的为细胞进程(2 416unigenes)、细胞(2 408 unigenes)和细胞组件(2 408 unigenes);下调基因富集于38个GO term,基因富集数最多的为代谢进程(1 227 unigenes)、细胞进程(1 185 unigenes)和细胞(1 131 unigenes)。KEGG代谢通路富集分析结果显示,上调基因富集在119个通路,其中基因富集数最多的是核糖体(221 unigenes),其次为内质网中蛋白加工(190 unigenes)和内吞作用(177 unigenes);下调基因富集在113个通路上,基因富集数最多的是核糖体(144 unigenes),其次为RNA转运(113 unigenes)和氨基酸生物合成(108 unigenes)。进一步分析发现,富集在MAPK信号通路上的64个基因上调表达,说明该通路在球囊菌胁迫后期被激活。研究结果不仅为揭示球囊菌在胁迫意蜂幼虫后期的病原-宿主互作提供了重要信息,也为阐明球囊菌致病的分子机制奠定了基础。
- 杜宇熊翠玲史秀丽郑燕珍付中民徐细建陈大福郭睿
- 关键词：意大利蜜蜂差异表达基因RNA-SEQ
- 茶与油茶花蜜糖类物质研究被引量：2
- 2016年
- 采用薄层层析法、液相色谱示差折光检测法对茶花蜜和油茶花蜜中的糖类物质进行定性定量的测定,对比分析薄层色谱图谱,了解茶和油茶花蜜中糖类物质的组分、含量。研究结果表明:茶花蜜与油茶花蜜含有较多的寡聚糖,有蔗糖、葡萄糖、果糖、还原糖等。两种花蜜中所含糖类物质成分相似,但油茶花蜜中含有的寡糖的含量要比茶花蜜中的多。
- 徐细建卢晓欣梁勤陈大福
- 关键词：油茶花蜜糖类物质
- 一种囊状幼虫病毒分子标记的克隆
- 2016年
- 蜜蜂囊状幼虫病是由囊状幼虫病毒(Sacbrood virus,SBV)侵染蜜蜂幼虫而导致的一种致死性病毒病。本研究根据Gene Bank上SBV多个毒株的基因组信息设计合成一对特异性引物,从出现囊状幼虫病典型症状的中蜂幼虫中扩增出一个大小约为106 bp的特异性SBV106片段,进而将其克隆进p GEM-T载体,经蓝白斑筛选出阳性质粒,Eco RⅠ酶切可得约106 bp大小的目的片段,阳性质粒原菌液测序结果显示该片段与SBV全序列(收录号:AF092924)的相似度达100%,证明该序列为SBV特有序列。上述结果表明SBV106片段可作为检测蜜蜂囊状幼虫病的分子标记,应用于养蜂生产。
- 熊翠玲林跃文梁勤郑燕珍徐细建张曌南黄枳腱郭睿陈大福
- 关键词：分子标记PCR克隆
- 意大利蜜蜂幼虫肠道内球囊菌及其纯培养的高表达基因差异分析被引量：3
- 2018年
- 【背景】球囊菌是一种典型的蜜蜂真菌性病原,特异性地侵染蜜蜂幼虫。目前,有关球囊菌在侵染过程中的基因表达规律的信息极为有限。【目的】通过深入分析胁迫意大利蜜蜂(意蜂)幼虫肠道的球囊菌及其纯培养的高表达基因(HEGs)差异,探索球囊菌在胁迫意蜂幼虫肠道后期与胁迫前的基因表达规律。【方法】利用RNA-Seq技术对球囊菌胁迫的意蜂6日龄幼虫肠道(Aam T)及球囊菌纯培养(AaCK)进行深度测序,根据FPKM值筛选得到球囊菌的HEGs,进而通过GO(Gene ontology)及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析、Venn分析对上述HEGs进行功能预测和生物学意义挖掘。【结果】AaCK与Aam T的转录组测序共得到105 447 578条原始读段(Raw reads),经过滤得到88 466 344条有效读段(Clean reads),两端平均Q20为97.50%,平均Q30为93.81%。GO富集分析结果显示,AaCK的HEGs富集于26个GO terms,基因富集数最多的是细胞(22 Unigenes),其次是细胞组件(22 Unigenes)和代谢过程(21 Unigenes);Aam T的HEGs富集于22个GO terms,基因富集数最多的是催化活性(23 Unigenes),其次是细胞进程(18 Unigenes)和代谢过程(18 Unigenes)。KEGG代谢通路(Pathway)富集分析显示,AaCK的HEGs富集在109个Pathways上,基因富集数最多的是核糖体(179 Unigenes),其次是氨基酸生物合成(70Unigenes)和碳代谢(62 Unigenes);Aam T的HEGs富集在114个Pathways上,基因富集数量最多的是核糖体(178 Unigenes),其次是碳代谢(116 Unigenes)和氧化磷酸化(112 Unigenes)。Venn分析结果显示,AaCK与Aam T共有的HEGs有260个,二者特有的HEGs分别为2 161个和4 445个。【结论】提供了胁迫意蜂6日龄幼虫肠道的球囊菌及其纯培养的HEGs表达谱,揭示了球囊菌在胁迫前和胁迫后期的基因表达规律,也为阐明球囊菌致病的分子机理提供了有益的信息和线索。
- 郭睿李汶东陈大福熊翠玲郑燕珍付中民徐细建黄枳腱骆群
- 关键词：意大利蜜蜂高表达基因
- 基于RNA seq的意大利蜜蜂幼虫肠道响应球囊菌侵染的免疫应答研究
- 蜜蜂易受到多种疾病的侵害,代表性真菌病为白垩病,使蜜蜂数量和生产力严重下降而对养蜂业造成巨大损失.国内养蜂生产中使用的蜂种主要是意大利蜜蜂和中华蜜蜂,意蜂幼虫极易受到球囊菌侵袭而罹患白垩病,而中蜂幼虫具有较强的球囊菌抗性...
- 陈大福熊翠玲徐细建梁勤Dhiraj Kumar郑燕珍骆群张曌南席伟军邹璇刘敏李汶东解彦玲王鸿权郭睿
- 关键词：意大利蜜蜂RNA免疫应答
- 中华蜜蜂幼虫肠道参考转录组的de novo组装及SSR分子标记鉴定
- [目的]利用RNA seq技术对中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫肠道进行测序,de novo组装参考转录组并进行SSR分子标记开发。[方法]建立中蜂幼虫的人工饲养模型,剖取4、5和6日龄幼虫...
- 徐细建郭睿骆群熊翠玲梁勤张串联郑燕珍张曌楠黄枳腱张璐李汶东陈大福
- 关键词：中华蜜蜂UNIGENESSR
- 文献传递
