陈瑛琪 作品数:10 被引量:19 H指数:3 供职机构: 四川农业大学动物医学院 更多>> 发文基金: “十二五”国家科技计划农村领域 四川省科技支撑计划 国家现代农业产业技术体系建设项目 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 更多>>
四川地区一株猪塞内加谷病毒的分离鉴定及VP1基因的序列分析 2019年 猪塞内加谷病毒(Seneca Valley virus,SVV)是一种新出现的小RNA病毒科病毒,感染该病毒的猪群,尤其是仔猪可能出现严重的病理症状甚至死亡。2015年之前,该病毒主要流行于美国、加拿大及巴西等地区,并于2015年3月传入中国[1],给养猪业带来了严重的经济损失。2018年2月,本实验室检测并收集了阳性病料,采用PK-15细胞对病料进行病毒分离,并通过观察细胞CPE(细胞病变效应)、RT-PCR扩增和VP1基因序列测定进行鉴定。结果显示,成功分离到四川地区第一株SVV并将其命名为CH-MS-2018。对VP1基因的扩增测序及序列分析结果表明,本次分离得到的CH-MS-2018株VP1基因与GenBank上分别于2015年分离的2株和2016年分离的3株美国株的亲缘关系较近,同源性为98.6%。而与最早分离的SVV原始株关系较远,仅为88.0%~89.8%。本研究结果为进一步探索四川地区SVV的生物学性质奠定了基础。 陈瑛琪 蔡瑶 龚双燕 李小璟 李雨濛 李幽幽 徐逸飞 徐志文 朱玲关键词:VP1基因 猪传染性胃肠炎病毒SYBR Green Ⅱ荧光定量PCR检测方法的建立及在初乳检测上的应用 被引量:5 2017年 为了提高初乳中猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TGEV)的检出率,避免初生仔猪受到带毒初乳的危害,建立了一种SYBR GreenⅡ荧光定量PCR(qPCR)检测方法。根据Gen Bank已发表的TGEV的N基因序列,选择保守区域设计、合成了1对特异性引物,扩增TGEV的N基因片段(174 bp),构建含有N基因片段的重组质粒,以重组质粒作为模板建立了特异性检测TGEV的qPCR检测方法。该方法的灵敏性比普通PCR方法高,应用建立的qPCR检测方法,对2016年10月-2017年4月采集自四川省部分地区腹泻猪场的母猪初乳130份进行检测,并与普通PCR检测方法进行比较。结果显示:用qPCR方法检测,130份样本中有13份为TGEV阳性,而普通PCR方法只检测到5份TGEV阳性样本。说明qPCR检测方法的敏感性高于普通PCR方法,更适合用于猪初乳检测。 龚双燕 李小璟 李幽幽 陈瑛琪 蔡瑶 李雨濛 徐逸飞 徐志文 朱玲关键词:猪传染性胃肠炎病毒 荧光定量PCR检测 初乳 猪流行性腹泻病毒与圆环病毒2型复合PCR方法的建立 被引量:2 2017年 为研究猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪圆环病毒2型(PCV2)在腹泻仔猪中的感染状况,建立一种能同时检测PEDV与PCV2混合感染的复合PCR方法。根据Gen Bank已发表的PEDV、PCV2的基因序列,选择保守区域分别设计、合成1对特异性引物,扩增目的片段分别为530和278 bp。经反应条件优化,建立了特异性检测PEDV、PCV2的复合PCR方法。应用本试验所建复合PCR方法,对2016年4—8月采自四川省乐山、宜宾、广元和遂宁等地区的67份腹泻仔猪样品(肠系膜淋巴结、肠道黏膜及其内容物混合)进行检测。结果显示:PEDV、PCV2单一感染阳性率分别为34.33%、73.13%;PEDV+PCV2复合感染率为16.42%。经与特异性检测PCV2的PCR法和PEDV的RT-PCR法检测结果进行比较分析,符合率均为100%。 龚双燕 李小璟 陈瑛琪 蔡瑶 李雨濛 徐逸飞 朱玲 徐志文关键词:流行性腹泻病毒 圆环病毒2型 复合PCR 塞内加谷病毒3C蛋白生物信息学分析及真核质粒构建表达 被引量:3 2019年 3C蛋白是塞内加谷病毒重要的非结构蛋白之一,在病毒入侵机制及影响宿主抗病毒天然免疫方面发挥重要作用。试验应用Oligo 7.0和Primer 6.0软件,用BLAST对比SVV世界参考株,设计一对特异性引物。以SVV-SN株病毒液抽提RNA为模板,将序列连接pMD19-T载体后测序,对正确片段作生物信息学分析可知SVV 3C可编码一个较稳定非分泌型蛋白,具有一个保守“催化三联体”。预测发现该蛋白具有16个磷酸化位点,证明其较高活性,预测其二级结构后得到再次证实。将pMD19-SVV-3C和真核表达载体pcDNA3.1(+)双酶切后连接,重组质粒经鉴定后命名为pcDNA3.1(+)-SVV-3C。将pcDNA3.1(+)-SVV-3C转染到BHK-21细胞24 h后制样作Western blotting,成功验证该重组质粒可在BHK-21中真核表达。相比其他同科病毒,当前SVV 3C蛋白研究存在空白。文章旨在为进一步研究SVV 3C蛋白结构提供理论依据,为后续探索SVV 3C蛋白对于宿主作用机制奠定基础。 陈瑛琪 蔡瑶 李雨濛 徐逸飞 徐志文 朱玲关键词:生物信息学分析 真核表达 藏猪IFN-λ3成熟肽基因克隆及原核表达、抗病毒效价测定 2018年 为探究藏猪Ⅲ型干扰素抗病毒作用,以藏猪肠道和肺脏核酸为模板,采用RT-PCR扩增克隆IFN-λ3基因(ZPoIFN-λ3),经测序鉴定后构建原核表达载体pET-32a(+)-mZPoIFN-λ3,并于大肠杆菌BL21(DE3)中表达。通过优化诱导时间、IPTG浓度,利用镍柱亲和层析纯化表达蛋白,并采用SDS-PAGE验证。纯化蛋白经透析复性浓缩,以此为免疫原制备鼠抗ZPoIFN-λ3多克隆抗体,采用Western Blot鉴定。通过细胞病变抑制法测定表达蛋白在MDBK/VSV系统的抗病毒活性。结果表明,成功克隆藏猪IFN-λ3成熟肽基因,经分析发现藏猪IFN-λ3核酸序列与野猪核酸同源性为100%。成功构建藏猪IFN-λ3原核重组表达质粒,并成功表达大小为34 ku蛋白,蛋白纯化后SDS-PAGE显示为单一条带,Western Blot鉴定结果显示鼠抗ZPoIFN-λ3多克隆抗体具有良好免疫原性。p ET-32a(+)-mPoIFN-λ3表达蛋白在MDBK/VSV系统抗病毒效价为10×24.5U·0.1 mL-1,比活力为2×103U·mg-1。研究首次克隆藏猪IFN-λ3基因并原核表达,通过研究其抗病毒作用,为进一步研究藏猪IFN-λ3生物学特性和相关基因重组药物生物学功能奠定基础,为临床新药物研发提供新方向。 李原野 殷玥 陈瑛琪 张继宗 杨晓宇 王佳煜 朱玲 徐志文关键词:藏猪 原核表达 抗病毒 一例猪轮状病毒和圆环病毒2型混合感染的案例报道 2017年 2017年6月,四川省绵阳市某猪场仔猪出现渐进性消瘦、严重腹泻、呕吐、部分病猪死亡等临床症状,采集发病猪的肠道、淋巴结等样品,应用PCR、RT-PCR方法进行实验室检测。结果表明,该猪场为猪轮状病毒(Po RV)和猪圆环病毒2型(PCV2)混合感染。通过采取综合防控措施,病情得到有效控制,减少了该猪场的经济损失。 龚双燕 李小璟 李幽幽 陈瑛琪 蔡瑶 李雨濛 徐逸飞 徐志文 朱玲关键词:猪轮状病毒 猪圆环病毒2型 塞内加谷病毒四川株的分离鉴定、全基因序列分析及其3C蛋白的真核表达 猪塞内加谷病毒(Seneca Valley virus,SVV)可引起猪鼻镜及蹄冠处出现水疱、溃烂创面从而导致跛足甚至死亡,并具有传染性,对猪群危害重大。近几年来,SVV在世界各地频繁暴发,但由于其临床症与口蹄疫等病毒相... 陈瑛琪关键词:病毒分离 真核表达 文献传递 猪繁殖与呼吸综合征病毒与猪流行性腹泻病毒双重RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量:6 2017年 为快速简便地检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)与猪流行性腹泻病毒(PEDV),根据GenBank中已发布的基因序列,选择PRRSV的ORF7基因和PEDV的S基因,分别设计1对特异性引物,通过对反应体系中各成分的优化,建立了可同时检测PRRSV和PEDV的双重RT-PCR方法。本方法能从PRRSV和PEDV的混合基因组中分别扩增出300 bp和578 bp的特异性片段,且对猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒、乙型脑炎病毒、轮状病毒、大肠杆菌的扩增结果均为阴性;应用该方法对采自成都周边的79份临床样品进行检测,结果与单一RT-PCR的检测结果一致,具有良好的重复性;本方法检出的最小拷贝数为1.49×10~5copies/μL,敏感性也较好。本研究建立的双重RT-PCR方法具有较好实用性,可用于临床样品的检测。 李小璟 龚双燕 陈瑛琪 李雨濛 蔡瑶 徐逸飞 朱玲 徐志文关键词:猪繁殖与呼吸综合征病毒 猪流行性腹泻病毒 ORF7基因 S基因 双重RT-PCR 四川省腹泻病猪的猪萨佩罗病毒检测及1B基因序列比较分析 被引量:3 2016年 为了解猪萨佩罗病毒(porcine sapelovirus,PSV)的流行及变异情况,采集2015-2016年四川地区12个县市34个猪场共计428份腹泻病料,采用QRT-PCR方法对PSV进行检测。结果显示:在428份病料中,共有114份为PSV阳性,阳性率为26.6%;所检测的34个猪场中,共有20个猪场显示PSV阳性,猪场阳性率为58.8%,表明PSV在四川地区普遍存在。此外,对来自不同县市共14份PSV阳性病料1B全基因进行PCR扩增,通过分子克隆,测序,再利用序列分析软件对四川部分地区猪萨佩罗病毒1B基因进行序列分析。结果表明,14条猪萨佩罗病毒1B基因核苷酸序列及推导出的氨基酸序列相似性分别为90.6%~100%和97.1%~100%。遗传进化分析显示,该研究获得的四川株与已知中国株分属于一个大的分支,说明我国猪萨佩罗病毒1B基因序列较为保守,没有发生大的基因变异。所有中国分离株与韩国株、德国株、英国株处在不同分支,又说明我国PSV的流行毒株可能存在独立进化。 李雨濛 郭博 徐逸飞 陈瑛琪 蔡瑶 李小璟 龚双燕 徐志文 朱玲关键词:流行病学调查 遗传进化分析