王成爱
- 作品数：7 被引量：4H指数：2
- 供职机构：内蒙古科技大学数理与生物工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金内蒙古自治区自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学轻工技术与工程更多>>
- 酿酒酵母核小体定位理论模型的体外实验验证被引量：3
- 2014年
- 核小体定位对真核生物基因表达调控发挥着重要作用。前期基于核小体核心及连接区域的k-mer频次分布偏好性,构建了位置权重矩阵算法,并在酿酒酵母基因组内较好地预测了核小体占据率。利用该理论模型,以1 bp碱基为步长、147 bp碱基为窗口,用该算法计算了酵母1号、3号、14号染色体上核小体形成能力强、中、弱各3条长度为147 bp的DNA序列,将这些片段克隆到重组质粒中,大量扩增回收9条标记biotin分子的目的序列。同时分别表达纯化了组蛋白H2A、H2B、H3和H4,复性后装配形成组蛋白八聚体结构。利用盐透析方法将9条DNA序列在体外组装形成核小体结构,经biotin标记检测后计算了反应过程的吉布斯自由能,对比了9条目的序列形成核小体的亲和力大小。研究发现,9条序列中有5条序列与理论预测完全符合,4条序列与理论预测不完全一致。实验结果与该算法预测的核小体定位结果基本一致,表明该理论模型能够有效预测酿酒酵母基因组核小体占据水平。
- 王成爱赵宏宇邢永强邵灵利蔡禄
- 关键词：酿酒酵母核小体定位位置权重矩阵体外实验
- 转录起始位点核小体定位的研究进展
- 2014年
- 核小体定位是参与真核生物基因表达调控的一种重要的表观遗传因素,深刻影响基因转录、DNA复制与修复等生物学过程。对于在许多基因位点,比如转录起始位点(TSS)、转录因子结合位点(TFBS)等处的核小体定位已有不少报道。主要介绍了核小体的定位特性,综述了转录起始位点处核小体的定位特征,分别从序列依赖性因素和DNA甲基化、组蛋白变体及修饰、染色质重塑、可变剪接等表观遗传因素较为详细地概括了转录起始位点核小体定位的研究进展。
- 王成爱
- 关键词：表观遗传核小体定位
- 基于位置权重矩阵计算酵母核小体定位的体外实验研究
- 王成爱赵宏宇邢永强蔡禄
- 关键词：位置权重矩阵酿酒酵母核小体定位体外组装
- 人类组成型和可变外显子的密码子偏性及聚类分析
- 2014年
- 通过计算人类组成型外显子和可变外显子的RSCU值,对两种外显子的RSCU值进行了比较。结果表明,除了UAG、UGA、UAA 3个终止密码子外,两种外显子的密码子偏性都是相同的。对30条可变外显子和30条组成型外显子序列的RSCU值进行聚类分析,聚类结果不能把两种外显子区别开,证明两种外显子之间的密码子偏性是相同的。对这60条序列的HI进行了聚类分析,聚类结果没有把两种外显子分开。所以外显子序列中没有组成型剪接和可变剪接的信息。
- 张占军邢永强王成爱
- 关键词：密码子偏性聚类
- 酿酒酵母核小体定位理论模型的体外实验研究
- 核小体作为真核生物中染色质结构的基本构成单位,在基因组上的动态定位能够影响真核生物的基因表达调控。研究表明,DNA序列因素是影响核小体定位的主要因素,体内也受到染色质重塑、DNA甲基化、组蛋白变体与组蛋白修饰、RNA可变...
- 王成爱
- 关键词：酿酒酵母核小体定位染色质结构体外组装
- 文献传递
- 基于位置权重矩阵计算酵母核小体定位的体外实验研究
- 核小体定位对真核生物基因表达调控发挥着重要作用。本课题组前期基于核小体核心及连接区域的k-mer频次分布偏好性,构建了位置权重矩阵算法,并在酿酒酵母基因组内较好的预测了核小体占据率。本研究利用该理论模型,以1bp碱基为步...
- 王成爱赵宏宇邢永强蔡禄
- 关键词：位置权重矩阵酿酒酵母核小体定位体外组装
- 文献传递
- 盐透析体外组装核小体及检测方法被引量：2
- 2014年
- 核小体是构成真核生物染色质的基本结构单位,体内研究核小体及染色质结构受到诸多因素限制,体外重构核小体结构是研究与核小体及染色质结构相关课题的一种重要的方法手段.实验将ES1,CS1以及601DNA序列克隆到载体中,通过PCR大量扩增回收得到目的DNA条带,表达纯化了4种组蛋白且装配成组蛋白八聚体,在盐透析的条件下组装形成核小体结构,利用EB染色以及Biotin标记的方法分析检测了形成核小体的效率.结果显示,在盐透析的条件下,可以有效的组装形成核小体结构,而且随着组蛋白八聚体与DNA的比例增加,核小体的形成效率显著提高.本实验为核小体定位、染色质重塑及组蛋白变体等表观遗传学以及结构生物学领域的研究奠定一定的基础.
- 赵宏宇柴荣王成爱蔡禄
- 关键词：核小体定位组蛋白
