赵文辉
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
- 供职机构：重庆邮电大学计算机科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术更多>>
- 分子动力学模拟中Cache访问的分析与优化被引量：1
- 2014年
- 为了提高分子动力学模拟计算在当前具有多级缓存(Cache)结构的处理器上的计算性能,对分子动力学模拟过程中缓存(Cache)的访问特征进行了分析与优化.通过对影响Cache命中率和模拟计算效率的因素进行测试与分析,提出一种Atomreorder算法.该方法通过重新调整粒子的顺序,使同一个或者相邻晶格的粒子在主存中的位置接近来增强程序的局部性,进而减少Cache的丢失.测试结果表明该方法对大体系模拟的Cache丢失有明显的优化,计算效率也相应提高了.
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- 关键词：分子动力学CACHE命中率
- 分子动力学模拟中Cache访问的优化研究
- 随着高性能计算的发展，多核处理器逐渐成为微处理器的主流。在微处理器体系结构迈进多核时代的过程中，大部分多核心微处理器采用层次化多级缓存结构来缓解CPU和主存储器之间速度不匹配的矛盾。分子动力学(Molecular Dyn...
- 赵文辉
- 关键词：计算机仿真并行计算数据存储程序设计
- MPI+TBB混合并行编程模型在分子动力学中的应用被引量：2
- 2012年
- 为了提高分子动力学模拟在对称多处理(SMP)集群上的计算速度,在分子动力学并行方法中引入MPI+TBB的混合并行编程模型。基于该模型,在分子动力学软件LAMMPS中设计并实现混合并行算法,在节点间采用MPI及空间分解技术实施进程级并行,节点内采用TBB及临界区技术实施线程级并行。在SMP集群中的测试表明,该方法在体系较大以及节点数较多时可以明显减少通信时间,使加速比在纯MPI模型上提高45%。结果表明,MPI+TBB混合并行编程模型可促进分子动力学并行模拟且效率明显提升。
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- 关键词：分子动力学SMP集群MPI
