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徐建成

作品数：1 被引量：1H指数：1
供职机构：浙江大学沃森基因组科学研究院更多>>
相关领域：医药卫生更多>>

合作作者

文献类型

  • 1篇中文期刊文章

领域

  • 1篇医药卫生

主题

  • 1篇多态
  • 1篇多态性
  • 1篇英文
  • 1篇相关冠状病毒
  • 1篇基因
  • 1篇基因组
  • 1篇冠状
  • 1篇冠状病毒
  • 1篇SARS
  • 1篇SARS相关...
  • 1篇病毒
  • 1篇病毒基因
  • 1篇病毒基因组

机构

  • 1篇温州医学院
  • 1篇浙江大学

作者

  • 1篇齐艳
  • 1篇包其郁
  • 1篇田薇
  • 1篇冯明光
  • 1篇商磊
  • 1篇杨焕明
  • 1篇徐建成

传媒

  • 1篇Journa...

年份

  • 1篇2006
共 1 条 记 录，以下是 1-1
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排序方式：
SARS病毒基因组的多态性(英文)被引量：1
2006年
对SARS病人粪便样本直接测序,得到SRAS-CoV BJ202 全基因组序列(AY864806)。应用比较基因组研究方法对GenBank 中公布的 115 株 SARS-CoV 基因组序列以及 BJ202 进行分析。以 GZ02 序列为参照,发现 2 个以上基因组中同时存在单核苷酸多态(SNP)位点共278个。多态位点在SARS-CoV基因组中呈偏态分布,大约一半突变位点(50.4%, 140/278)发生在基因组3′末端1/3区域。编码Orf10-11、Orf3/4、E蛋白、M蛋白和S蛋白区域突变率较高。克隆并测序含有BJ202基因组12个多态位点的11个cDNA以及4个不含已知多态位点的cDNA片段(15个片段总长度为6.0 kb),结果显示:BJ202 特有的 3 个多态位点(13 804、15 031 和 20 792)以及另外 3 个多态位点(26 428、26 477 和 27 243)均检出两种不同核苷酸;位点18 379虽在已公布的115株SARS-CoV基因组中未发现突变,实际上也是多态位点。14个克隆中有8个克隆该位点为A,6个克隆为G。全部116个SARS-CoV基因组中共有18种缺失类型和2种插入类型。大部分缺失发生在编码ORF9和ORF10-11区域(基因组序列27 700-28 000 bp处)。以邻位连接法(Neighbor-Joining)构建了116株SARS-CoV系统发育树,BJ202 与BJ01和LLJ-2004等SARS-CoV的亲缘关系较接近。
商磊齐艳包其郁田薇徐建成冯明光杨焕明
关键词：SARS相关冠状病毒基因组多态性
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