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心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法及应用: 本发明涉及生物信息技术领域，公开一种心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法及应用，本发明通过将心血管疾病相关肠道微生物及其代谢产物进行组合策略研究，构建全面的、精确到种水平的心血管疾病相关代谢基因数据库和心血管疾病...; 朱宝利贾书磊律娜潘元龙张瑞芬

卡介苗美国株全基因组测序缺口修补及序列被引量：1: 2012年; 【目的】对卡介苗(Bacillus Calmette-Guerin,BCG)美国株(BCG Tice)进行基因组补缺口(补洞)工作,以得到它的基因组完整序列。【方法】首先对BCG Tice进行高通量测序,使用SOAPdenovo软件对得到的数据进行拼接。由于在高通量测序的过程中基因组某些区域测序覆盖度低,测序质量差会使测序结果经拼接后形成众多的重叠群(contig),相邻的位置关系确定的contig形成一个scaffold,contig之间未测到的区域为缺口序列(gap),在contig末端设计引物进行PCR扩增,得到连接相邻contig的PCR产物,对PCR产物进行测序。通过优化PCR引物设计策略,尝试不同的聚合酶进行聚合反应,调整PCR反应条件并结合PCR产物构建克隆测序等方法,补齐contig之间的缺口序列。【结果】完成了BCG Tice的全基因组测序,得到了它的基因组完整序列,序列已提交到美国国立生物技术信息中心(NCBI)的GenBank数据库。【结论】BCG属于高GC含量的革兰氏阳性细菌,其基因组GC含量高达65.65%。本文以BCG Tice基因组补洞为例,对高GC含量基因组补缺口过程中遇到的问题与采取的策略给予概述,望给相关高GC含量基因组的物种全基因组测序补缺口工作提供一些借鉴。; 王志明潘元龙吴俊朱宝利; 关键词：卡介苗

心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法及应用: 本发明涉及生物信息技术领域，公开一种心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法及应用，本发明通过将心血管疾病相关肠道微生物及其代谢产物进行组合策略研究，构建全面的、精确到种水平的BMGCD基因数据库和丁酸相关物种数据库...; 朱宝利贾书磊律娜潘元龙张瑞芬

一种肺心病相关基因和物种数据库的构建方法及其应用: 本发明涉及生物信息技术领域，公开一种肺心病相关基因和物种数据库的构建方法及其应用，本发明通过将肺心病相关肠道微生物及其代谢产物进行组合策略研究，构建全面的、精确到种水平的肺心病相关基因数据库和肺心病相关物种数据库，能够辅...; 朱宝利贾书磊律娜潘元龙张瑞芬

结核分枝杆菌耐药相关单碱基突变的计算方法比较: 2021年; 【目的】耐药结核分枝杆菌(drug-resistant Mycobacterium tuberculosis)的产生给结核病(tuberculosis)的治疗带来巨大困难。【方法】使用基于全基因组测序的关联分析探究耐药强相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)突变,主要有GEMMA、phyc、plink。为了阐明其中最优的耐药相关SNP计算方法,本研究下载NCBI上已有的1504株结核分枝杆菌数据,并获取它们对于3种常见的一线抗结核治疗药物(isoniazid、rifampicin、ethambutol)的耐药性检验结果。并使用这3种耐药相关SNP计算方法计算与结核分枝杆菌耐药相关的SNP;并评估计算得到的耐药相关SNP在预测耐药表型的敏感性和特异性。【结果】发现通过phyc可以预测到最多的已知耐药相关SNP和最少的耐药无关SNP,而且phyc预测的耐药相关SNP的敏感性和特异性恒定大于52.49%。【结论】phyc在预测结核分枝杆菌耐药相关SNP中结果最准确,但考虑到运行时间和表型数据的更新,GEMMA和plink的结果也应作为参考。; 李志远刘飞曹德民潘元龙律娜刘东鑫贺文从程城王亚楠赵雁林朱宝利; 关键词：结核分枝杆菌耐药基因比较基因组学

人体肠道微生物组与疾病研究:现状、机遇与挑战被引量：4: 2022年; 微生物组是人体的第二基因组,能够决定人的健康状态。微生物组研究促进了人类对微生物群体与人体、生态环境关系的新认识。对人体肠道微生物组的组成和功能进行系统研究,解析相关核心菌群的互作关系和调控机制,将为解决人类面临的健康问题带来革命性的理论创新,由此产生颠覆性的技术革新,有望为微生物组研究提供更好的解决方案。; 方圆潘元龙朱宝利; 关键词：肠道菌群疾病

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潘元龙