胡松年
- 作品数：3 被引量：30H指数：2
- 供职机构：中国科学院北京基因组研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划中国科学院知识创新工程重要方向项目更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 条斑紫菜低覆盖度基因组草图分析被引量：4
- 2011年
- 对条斑紫菜(Porphyra yezoensis)进行Solexa高通量测序,获得低覆盖度全基因组草图。该基因组草图大小约220 Mbp,GC质量分数53.08%;包含26 629个预测基因,其中16 409个基因具有内含子,平均每个基因含2.22个内含子;基因结构分析表明具有内含子的基因平均长度为2 214 bp,内含子平均大小319 bp;代谢通路分析表明嘌呤代谢是含有蛋白数量最多的代谢途径。本研究所得条斑紫菜低覆盖度全基因组草图快速获取了基因组大小和蛋白编码基因结构等基本信息,证明了使用Solexa高通量测序技术对条斑紫菜进行全基因组测序的可行性。
- 牛建峰高胜寒骆迎峰袁野王广策胡松年
- 关键词：代谢通路
- 藻类基因组研究进展与EST技术的应用
- 2007年
- 方永军范晓蕾王广策胡松年
- 关键词：藻类基因组先锋植物土壤表面光合作用
- 坛紫菜(Porphyra haitanensis)丝状孢子体EST的获取及其生物信息学分析被引量：26
- 2005年
- 采用改进的一步法提取坛紫菜丝状孢子体的总RNA,构建了坛紫菜丝状孢子体的cDNA文库,对测序得到的EST进行分析并与条斑紫菜的EST相比较。结果表明,cDNA文库共包含2.5×105个克隆,测序得到490个EST,其中275个与已知功能基因同源,占56.1%,260个EST与已知的条斑紫菜EST同源,占53.0%。使用GO(Gene Ontology)分类方法对275个EST进行分类,其中226个可归属于细胞组分(Cellular component)、分子功能(Molecular function)和生物学过程(Biological process)三个大类,而其余49个则为未知功能的EST。挑选出与条斑紫菜同源性高的28个EST,这些EST所包括的密码子数为3221个,发现密码子第三位的平均GC含量远高于第一位的平均GC含量和第二位的平均GC含量。统计坛紫菜丝状孢子体3221个密码子的使用频率,发现同义密码子第三位碱基偏好使用G或C。
- 庞国兴王广策胡松年曾呈奎
- 关键词：坛紫菜ESTGC含量密码子
