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徐海鹏

作品数：3 被引量：2H指数：1
供职机构：湖南农业大学农学院油料作物研究所更多>>
发文基金：国家自然科学基金更多>>
相关领域：农业科学生物学更多>>

合作作者

文献类型

  • 3篇中文期刊文章

领域

  • 3篇农业科学
  • 1篇生物学

主题

  • 3篇油菜
  • 3篇染色
  • 3篇染色体
  • 3篇芥菜
  • 3篇芥菜型
  • 3篇芥菜型油菜
  • 2篇重叠群
  • 2篇BAC
  • 1篇物理图
  • 1篇物理图谱
  • 1篇黄籽
  • 1篇基因
  • 1篇基因组
  • 1篇比较基因组
  • 1篇A9

机构

  • 3篇湖南农业大学

作者

  • 3篇刘显军
  • 3篇刘忠松
  • 3篇陆赢
  • 3篇徐海鹏
  • 2篇胡学芳
  • 2篇刘旭东
  • 1篇王卓
  • 1篇马鹏

传媒

  • 3篇作物研究

年份

  • 2篇2016
  • 1篇2014
共 3 条 记 录，以下是 1-3
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排序方式：
芥菜型油菜A9染色体BAC物理图谱构建及比较基因组分析被引量：1
2016年
为获得高精确度的芥菜型油菜A 9染色体物理图,本研究利用定位在A 9染色体上的标记对芥菜型油菜BAC文库进行三维混合PCR筛选,共得到阳性BAC 3200个;构建了由1 6 个重叠群、5 个单拷贝组成的芥菜型油菜A 9染色体物理图谱.根据最小路径原则挑选代表整个物理图的种子BAC 4 3 5 个,并进行双末端测序,得到质量良好的序列862条;按照BAC平均插人片段为126 k b ,可知所有重叠群累积达52. 08 M,覆盖A 9染色体的1. 37倍.利用BLAST软件（ 按参数值E 〈 1e - 10）将种子BAC末端序列比对到白菜和甘蓝型油菜A 9 染色体假分子上,结果显示该物理图谱分别覆盖了 36. 4 、31. 0 M b的物理距离,相当于全基因组组装长度的93. 9 % 、91. 8% ;在862条BESs中,分别有702条（81. 40% ） 定位在白菜A 9染色体上,6 4 6 条（74. 9% ） 定位在甘蓝型油菜A 9染色体上,表明芥菜型油菜A 9染色体同白菜A 9染色体同源性高于甘蓝型油菜A 9染色体;芥菜型油菜A 9染色体同甘蓝型油菜A 9染色体,相对白菜A 9染色体6413031-7827177、14856710 - 18458808的位置发生了两处相同的分别长为1 .4 、3. 6 M b的倒位,白菜和芥菜型油菜A 9 染色体相对于甘蓝型油菜15676847 - 16064302的区域存在长为0.98 M b的插人片段,该区域位于前述的倒位区域,而且与预测但未组装出的甘蓝型油菜着丝粒位置一致.
刘芳瑛陆赢王卓刘显军胡学芳刘旭东徐海鹏刘忠松
关键词：芥菜型油菜物理图谱比较基因组
芥菜型油菜B03染色体黄籽基因区域BAC重叠群的构建及分析被引量：1
2016年
在前人研究中,芥菜型黄籽基因被定位到B03连锁群的1.5 c M区域内。本试验利用与B03染色体控制黄籽基因区域紧密连锁的unigene(通过RNA_seq技术获得的芥菜型油菜种皮的非冗余基因)和BESs开发标记,并对芥菜型油菜作图群体亲本紫叶芥BAC文库(ZBju H BAC文库)进行筛选,由开发的320对引物共筛到BAC920个,对其中483个BACs进行了末端测序,返回序列860条。构建了6段芥菜型油菜B03染色体黄籽区域BAC重叠群,共计长约3.3 Mb;通过BES blast分析表明,在B03染色体黄籽区域与A03、A09染色体存在高度的重复序列。
徐海鹏刘显军陆赢马鹏胡庆一刘忠松
关键词：芥菜型油菜
芥菜型油菜A09染色体BAC重叠群的构建及分析
2014年
利用定位在芥菜型油菜A09染色体上的分子标记对芥菜型油菜(Brassica juncea)ZBjuH BAC文库进行PCR步移筛选。共筛选出725个BAC,测定了315个BAC的末端序列,获得564条BAC末端序列,BLAST分析表明这些末端序列对应白菜(Brassica rapa)基因组序列支架45、支架81、支架40,支架134、支架145和支架59的同源区域,构建了芥菜型油菜A09染色体大约6.3 Mb的BAC重叠群,为芥菜型油菜A09染色体物理图谱构建奠定了基础。
刘旭东陆赢刘显军胡学芳徐海鹏刘芳瑛刘忠松
关键词：芥菜型油菜染色体
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