张渝
- 作品数：9 被引量：15H指数：2
- 供职机构：广西师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广西教育厅资助项目更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 基于高通量测序的数字基因表达谱技术研究进展被引量：2
- 2015年
- 数字基因表达谱(digital gene expression profiling,DGE)是一种全面、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下基因表达情况的高通量测序技术。通过对基因表达谱的生物信息学搜索、比较和分析,可从中获取基因转录、基因调控、信号转导通路、蛋白质功能等相关信息。该研究主要介绍了数字基因表达谱的原理以及在生物学和医学研究等方面的应用。
- 张渝刘玉洁郭丹妮李惠敏秦新民
- 关键词：高通量测序技术差异表达基因
- 沙田柚F-box蛋白基因的克隆及序列分析被引量：2
- 2016年
- 采用生物信息学方法,对沙田柚[Citrus maxima(Burm.)Merr.cv.Shatian Yu.]F-box蛋白基因编码的蛋白质从序列特征、理化性质、跨膜结构域、高级结构及功能域等方面进行了预测和分析。结果表明,该基因全长为1 427 bp(Gen Bank登录号为KR363148),开放阅读框(ORF)全长为1 101 bp,共编码366个氨基酸,编码蛋白质的分子质量43.09 ku,理论等电点5.15。沙田柚F-box蛋白基因编码蛋白含有一个植物F-box蛋白家族的保守结构域,为亲水性非分泌不稳定蛋白,不跨膜运动,共有30个可能的磷酸化位点。氨基酸序列分析表明,其编码的氨基酸与甜橙(Citrus sinensis,KDO71185)和克莱门柚(Citrus clementina,XP_006425495)F-box蛋白的同源性分别为99%、98%。系统进化树表明,沙田柚F-box蛋白基因与与甜橙(Citrus sinensis,KDO71185)和克莱门柚(Citrus clementina,XP_006425495)亲缘关系很近,属于同一进化分支。
- 郭丹妮刘玉洁张渝顾金燕覃信梅李惠敏秦新民
- 沙田柚S-RNase基因的克隆及序列分析被引量：10
- 2015年
- 利用高通量测序技术对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序。通过差异分析得到沙田柚S-RNase基因序列。该基因全长为1 238bp(GenBank登录号为KP172529),开放阅读框(ORF)全长为834bp,共编码278个氨基酸,编码的蛋白质的相对分子质量为31.402kDa,理论等电点为5.30。S-RNase蛋白为亲水性蛋白,共有17个可能的磷酸化位点。氨基酸序列分析表明,其编码的氨基酸与柚Citrus maxima、沙糖桔Citrus reticulata和甜橙Citrus sinensis的同源性分别为99%、98%和96%。系统进化树显示沙田柚S-RNase基因与柚、沙糖桔和甜橙亲缘关系很近,属于同一进化分支。
- 秦新民张渝刘玉洁郭丹妮李惠敏
- 关键词：沙田柚
- 沙田柚WRKY转录因子的克隆与序列分析
- 2016年
- 利用高通量测序技术对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序,差异分析得到沙田柚WRKY转录因子的序列。该基因的全长序列为1 178bp(GenBank accession No.KU173833),含有993bp的开放阅读框(ORF)可编码330个氨基酸,编码蛋白的相对分子质量为37.00ku,理论等电点为5.79。与未授粉的花柱相比,沙田柚异花授粉1、2、3d花柱中WRKY转录因子基因的表达量(RPKM)分别为5.67、26.04、17.08;而自花授粉1、2、3d花柱中WRKY转录因子基因的表达量(RPKM)分别为15.67、14.96、3.89。氨基酸序列分析表明,该氨基酸序列与甜橙、金桔的同源性分别为98%、97%。系统进化分析发现沙田柚WRKY转录因子与甜橙、金桔的亲缘关系很近,属于一个分支。
- 张渝刘玉洁郭丹妮覃信梅韩愈李惠敏秦新民
- 关键词：沙田柚WRKY转录因子自交不亲和性
- 沙田柚RNase-like基因的克隆及序列分析被引量：1
- 2015年
- 以沙田柚自交和异交花柱为试材,采用高通量测序技术对其进行转录组测序。通过差异分析得到RNase-like贮藏蛋白的基因序列,并研究了其理化性质。结果表明:该基因全长1 048bp(GenBank登录号为KR363153),开放阅读框(ORF)全长为693bp,共编码230个氨基酸,编码的蛋白质的分子量为25.82kDa,理论等电点为5.30,含有核苷酸结合的保守区域,属于RNase-T2超家族成员。该蛋白为疏水性蛋白,可能的磷酸化位点共有15个。氨基酸序列同源性分析表明,该基因编码的氨基酸与甜橙和克莱门柚的同源性均为99%。系统进化树显示沙田柚RNase-like贮藏蛋白基因与甜橙,克莱门柚的亲缘关系较近,属于同一进化分支。
- 刘玉洁郭丹妮张渝覃信梅李惠敏秦新民
- 关键词：沙田柚
- 沙田柚GDSL酯酶/脂肪酶基因的鉴定及序列分析被引量：1
- 2017年
- 利用高通量测序技术对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序。通过差异分析得到GDSL酯酶/脂肪酶的基因序列,该基因全长1 306 bp(Gen Bank登录号:KU159279),开放阅读框(简称ORF)全长1 104 bp,共编码367个氨基酸,编码的蛋白质分子量为40.09 ku,理论等电点为6.44,含有1个与SGNH蛋白相同的保守结构域(conserved active sites,简称CAS);GDSL基因在沙田柚自交1 d花柱中的表达量(简称RPKM)为4.68,2 d为2.41,3 d则迅速下降到0.27;在异交1 d花柱中该基因的表达量为4.48,2 d迅速升高至7.43,3 d仍维持较高水平为4.37;系统进化树显示,沙田柚GDSL酯酶/脂肪酶基因与甜橙(Citrus sinensis)亲缘关系很近,属于同一进化分支。
- 刘玉洁郭丹妮张渝覃信梅李惠敏秦新民
- 关键词：沙田柚
- 沙田柚无机焦磷酸酶基因的cDNA克隆及序列分析被引量：1
- 2015年
- 植物自交不亲和性是植物生殖过程中普遍存在的一种现象,是植物特异性识别并拒绝自身花粉或亲缘关系很相近的花粉的一种遗传机制。无机焦磷酸酶(inorganic pyrophosphatase,IPPase)在植物生长发育方面起重要作用。该研究根据沙田柚花柱消减文库中EST序列(无机焦磷酸酶基因内部片段),设计了2对特异引物5'-GSP1,5'-n GSP1,3'-GSP2 and 3'-n GSP2,通过SMART-RACE PCR技术从所构建的沙田柚花柱抑制性消减文库中克隆了沙田柚无机焦磷酸酶基因的c DNA全长序列,利用Blastn、DNAman和Expasy软件对所克隆的基因进行同源性分析,以及基因编码的氨基酸的分子量、等电点、疏水性等理化性质分析。结果表明:IPPase基因c DNA全长为1 136 bp(Gen Bank登录号为KF990474),开放阅读框(ORF)全长为654 bp,共编码217个氨基酸,包括170 bp 5'UTR和312 bp的3'UTR;编码的蛋白质的分子量为24.4 k Da,等电点为5.96;蛋白结构域分析显示沙田柚IPPase与焦磷酸酶具有相同的保守结构域;对沙田柚IPPase蛋白质序列进行疏水性分析,结果表明沙田柚IPPase基因编码的肽链中疏水性最大值约为3.21,最小值约为-2.98,属于亲水性蛋白,无跨膜区域;Blastn搜索的结果显示,沙田柚IPPase基因序列与多种植物的IPP基因高度同源;序列分析表明,沙田柚IPPase基因核苷酸的同源性与毛果杨(Populus trichocarpa)和橡胶树(Hevea brasiliensis)IPPase基因均为87%;氨基酸序列与克莱门柚(Citrus clementina)无机焦磷酸酶完全一致。该研究结果可为深入研究无机焦磷酸酶在沙田柚自交不亲和中的作用机理提供基础。
- 秦新民万珊李惠敏覃屏生张渝
- 关键词：沙田柚无机焦磷酸酶基因克隆
- 沙田柚配子体自交不亲和花柱基因数字表达谱的分析
- 沙田柚(Citrus grandis var.shatinyu)属芸香科、柑橘属植物,是广西的名优水果。因其味美多汁和营养价值高,深受消费者的喜爱。但是沙田柚属严格的配子体自交不亲和性果树,自交坐果率仅为0.3%,所以沙...
- 张渝
- 关键词：沙田柚荧光定量PCR
- 文献传递
- 沙田柚自交不亲和花柱数字基因表达谱及相关基因分析
- 2020年
- 为探索沙田柚自交不亲和的分子机理,以沙田柚自交与异交1~3天的花柱为材料,利用数字基因表达谱技术对样品cDNA文库进行差异基因表达谱分析。结果表明:异交1 d/自交1 d花柱中,上调表达的基因有244个,下调表达的基因有27个;异交2 d/自交2 d花柱中,上调表达基因有265个,下调表达基因有244个;异交3 d/自交3 d花柱,上调表达的基因有193个,下调表达的基因有685个。在SY1/SZ1、SY2/SZ2和SY3/SZ3中共有的差异表达的基因为30个。差异表达基因的GO功能显著性富集分析结果表明,这些差异表达的基因主要参与应对各种化学物质、植物激素、内源和外源物质的刺激及信号转导过程。通过本研究,挖掘出了一些与沙田柚自交不亲和相关的基因,可为今后阐明沙田柚配子体自交不亲和的分子机理提供依据。
- 张渝李惠敏刘玉洁郭丹妮刘华英秦新民
- 关键词：沙田柚配子体自交不亲和花柱差异表达基因
