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李东海

作品数:2 被引量:11H指数:2
供职机构:浙江理工大学生命科学学院更多>>
发文基金:国家自然科学基金更多>>
相关领域:生物学更多>>

文献类型

  • 2篇中文期刊文章

领域

  • 2篇生物学

主题

  • 1篇特异
  • 1篇特异性
  • 1篇特异性结合
  • 1篇同源建模
  • 1篇珠芽
  • 1篇转录
  • 1篇转录组
  • 1篇激素
  • 1篇甘露糖
  • 1篇高通量
  • 1篇高通量测序
  • 1篇半夏
  • 1篇测序

机构

  • 2篇浙江理工大学

作者

  • 2篇徐涛
  • 2篇李东海
  • 1篇高永
  • 1篇叶德

传媒

  • 2篇浙江理工大学...

年份

  • 1篇2017
  • 1篇2015
2 条 记 录,以下是 1-2
排序方式:
基于高通量测序半夏珠芽转录组研究被引量:5
2017年
利用高通量测序技术,对半夏珠芽和茎进行测序分析,共获得6.5Gb原始数据,122 282 962条有效reads,平均长度为103.84bp。经Denovo组装,获得90 175条unigenes,平均长度为751bp。对长度分布、GC含量、表达水平等方面的评价显示,测序数据质量好且可信度高。将unigenes比对到NR、KOG和GO数据库,分别获得了55 197、46 237和31 622条注释信息。通过分析半夏珠芽和茎的基因表达量,共筛选出19个与玉米素、吲哚乙酸、茉莉酸、脱落酸和赤霉素代谢相关的差异表达基因。基因差异表达分析结果表明:玉米素、生长素、茉莉酸、脱落酸4种激素合成代谢相关基因在半夏珠芽中的表达水平高于茎中,而赤霉素则相反。
叶德杨支力李东海徐涛
关键词:半夏珠芽转录组激素
半夏凝集素结构预测分析被引量:6
2015年
为进一步深入了解半夏凝集素(Pinellia ternata agglutinin)已知蛋白序列的性质,采用生物信息学预测方法,对其结构进行了系统性分析。从NCBI数据库中调取半夏凝集素蛋白序列信息,利用Expasy、SMART、CBS、SWISS-MODEL、DNAman6.0等生物软件对凝集素蛋白的一级结构、高级结构性质进行全面分析。半夏凝集素的基本结构信息表明其属于稳定的亲水性蛋白,人工神经网络法预测其二级结构含有16个α螺旋,91个β折叠和150个随机卷曲,同源建模分析显示半夏凝集素蛋白序列与模板岩芋凝集素蛋白A链和B链的同源相似度分别达76.15%和84.55%。高级结构信息显示半夏凝集素N端存在跨膜区域和信号肽区域,并且整个蛋白序列中存在多个N-糖基化位点和蛋白激酶磷酸化位点,功能域预测表明半夏凝集素含有两个B型凝集素功能域,每个功能域均含有保守的甘露糖结合位点,并且这些结合位点多位于半夏凝集素蛋白空间构象的外部。通过对半夏凝集素结构性质的预测为进一步实验验证其生物功能和药用机理提供了有益参考。
高永杨支力李东海徐涛
关键词:同源建模
共1页<1>
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