刘德忠
- 作品数：5 被引量：6H指数：1
- 供职机构：中国人民解放军第一军医大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- TIMP-1特异性核酶的计算机设计被引量：1
- 2001年
- 目的 :设计特异性切割 TIMP- 1m RNA的核酶 ,并嵌入 U6sn RNA中以提高其稳定性。方法 :根据 Sym ons的“锤头结构”,计算机辅助确定最佳切点。 结果 :针对第 12 3、2 99和 35 3位设计了 3个核酶 ,嵌入 U6sn RNA后 ,结合能量变化不大。结论 :计算机辅助设计是研究核酶过程中不可或缺的重要步骤 ;嵌入 U6sn
- 郭静刘德忠吴建明林子豪金由辛
- 关键词：TIMP-1核糖核酸酶
- 抗HPV11/E2基因Ribozyme对靶RNA的体外剪切研究
- 2001年
- 为了寻找HPV11型引起的生殖系统感染的治疗途径和探讨HPV的致病机理 ,本实验以HPV11病毒质粒为模板 ,扩增出HPVll型E2区 6 44bp片段 ,采用pGEM T EasyVector为载体 ,构建 pTV 6 44克隆载体 ,经筛选得到克隆株 ,提取质粒测序鉴定。采用上海生化所陈农安教授编制的锤头状Ribozyme设计软件进行计算机分析 ,选择Ribozyme对靶基因的最佳剪切位点 ,及进行基因同源性分析和生物学功能分析 ,选择出针对HPVllE2靶基因的RZ2 777,在最适条件下进行体外剪切反应 ,发现人工合成和体外转录得到的Ribozyme分子均能在相应位点准确切割靶RNA分子 ,选择合适的反应条件切割效率达到 6 0 %以上 ,Km和Kcat值分别为 0 .6 3μmol/L、0 .12 μmol/L ,RibozymeL两端的 5′ cis ribozyme和 3′ cis ribozyme自我剪切释放并未影响切割活性 ,但靶RNA侧翼序列影响了Ribozyme的剪切活性。实验研究表明 ,Ribozyme可能成为治疗HPVll型引起的尖锐湿疣的有效手段 ,并有望在分子水平上开辟出基因治疗HPVll病毒感染的另一新天地。
- 侯化刘德忠杨光彩
- 关键词：人乳头瘤病毒11型E2基因核酶HPV11
- 乳头瘤病毒E1蛋白研究进展被引量：1
- 2000年
- 乳头瘤病毒E1蛋白是该病毒起始DNA复制的关键蛋白,其活性部分主要位于C端2/3序列,作用的发挥是通过与Ori中的E1BS结合后而行使DNA解旋酶功能。在乳头瘤病毒DNA复制中,E1蛋白(E1)发挥作用尚需E2蛋白(E2)的参与,同时,E1对E2介导的转录也有调节作用。研究E1的结构和功能有助于揭开乳头瘤病毒的生活史及其致病的分子机制,为控制该病毒所致的疾病提供依据。
- 刘德忠
- 关键词：乳头瘤病毒DNA复制
- 抗HPV11 E2核酶的计算机设计被引量：3
- 2001年
- 借助计算机软件分析 ,设计出能特异性切割HPV11型 6 4 4ntE2mRNA的核酶 (ribozyme) .遵循Symon′s锤头状核酶结构和GUX剪切位点原则 ,靶序列存在 32个这样的剪切位点 .通过计算机软件分析出核酶的最佳剪切位点 ,并对底物及核酶的二级结构进行预测及进行相应基因生物学功能和基因同源性分析 ,筛选出 2个锤头结构核酶 .针对这两位点设计的核酶分别命名为RZ2 777和RZ32 81.计算机分析显示 ,两核酶与底物切点两翼碱基形成锤头状结构 ,切点所在基因序列具有相对松弛的二级结构 ,位于该基因重要生物功能区内 ,是核酶的理想攻击区域 .通过基因库检索 ,在已知人类基因排除了与上述两核酶切点两翼碱基有基因同源性序列的可能性 .将两核酶用于体外剪切实验取得了良好的实验结果 。
- 侯化杨光彩王曙黄扬中刘德忠
- 关键词：核酶计算机设计HPV11E2尖锐湿疣
- 切割HPV-6bE1和HPV-11E1通用核酶Rz 1282的体外活性鉴定被引量：1
- 2000年
- 利用计算机分析 HPV- 6b E1和 HPV- 1 1 E1 m RNA的同源序列 ,设计出通用于两者的锤头状核酶—— Rz1 2 82 (HPV- 6b基因 1 2 82位 ) ,通过体外转录建立了体外大量制备 Rz1 2 82的方法 .体外的切割实验表明 ,Rz1 2 82可在体外准确和有效地切割 HPV- 6b/1 1 E1靶 RNA,形成 2 68nt/52nt和 2 31 nt/52 nt大小的切割产物 .对于 HPV- 6b,Km和 kcat值分别为 1 3.8nmol/L和 0 .0 7min-1;对于 HPV- 1 1 ,Km 和 kcat值分别为 2 3.0 nmol/L和 0 .2 4 min-1.结果表明 ,体外制备的 Rz1 2 82具有较好的特异催化切割活性 ,并通用于 HPV- 6b及 HPV- 1 1 .它有望发展成为在细胞内有效抑制HPV- 6b/1 1 DNA复制的核酸药物 .
- 刘德忠黄扬中金由辛杨光彩徐钤
- 关键词：核酶人乳头瘤病毒体外转录活性鉴定尖锐湿疣
