陈源源
- 作品数：12 被引量：54H指数：4
- 供职机构：江南大学生物工程学院工业生物技术教育部重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科技资源平台项目国家高技术研究发展计划教育部“新世纪优秀人才支持计划”更多>>
- 相关领域：生物学轻工技术与工程化学工程更多>>
- GenBank数据库中微生物rDNA序列准确性研究被引量：4
- 2012年
- rDNA序列同源性分析是目前常用的一种微生物分子鉴定方法。在该方法中,待鉴定微生物的rDNA序列需要与GenBank数据库中的相关序列进行同源性比对,从而得出该菌株的具体种属。从GenBank数据库中收集了细菌16S rDNA序列、丝状真菌ITS序列以及酵母26S rDNA D1/D2区域序列共88条,通过BLAST比对和构建系统发育树的方法对所收集rDNA序列的准确性进行了验证。结果发现有17条序列(19.3%)的长度过短,无法提供足够的系统发育信息;5条序列(5.6%)存在错误命名或测序不准确问题;58条序列(65.9%)没有相关文章发表;62条序列(70.4%)无法获取对应的微生物保藏物。从而提示了GenBank数据库的有限参考价值,在微生物分子鉴定过程中需要对相关rDNA序列的准确性进行验证。
- 陈源源沈微樊游石贵阳王正祥
- 关键词：微生物鉴定GENBANK数据库RDNA序列
- 嗜热菌来源的生淀粉酶分离纯化及其酶学性质被引量：12
- 2008年
- 从嗜热菌库中分离到两株能水解生淀粉的菌株173和174,通过扩增和测定两株菌的16S rDNA序列并进行比对结果表明,所分离两株菌属于Geobacillus属的细菌。液体摇瓶发酵菌株173、174,其产生的生淀粉酶(简称RSDE173、RSDE174)活力分别达14.5 U/mL和12.9 U/mL。通过生淀粉吸附-熟淀粉洗脱系统和TOYOPEARL HW-55F系统进行分离纯化,得到纯化的RSDE173和RSDE174,纯化倍数分别为50和29,活力回收率分别为34%和41%。有关RSDE173和RSDE174酶学性质研究显示,对熟淀粉水解的最适作用温度均为70℃,而对生淀粉水解则分别在50℃～60℃和40℃～60℃下表现出高水解活力;对不同底物的最适作用pH值均为5.0～5.5;它们对大多数试验离子的敏感性较低,但个别离子如Co^(2+)、Cu^(2+)对RSDE173或Cu^(2+)对RSDE174的酶活力有一定的抑制作用。纯化的这两种生淀粉酶对不同来源生淀粉的底物专一性并不相同。RSDE173底物专一性顺序为红薯淀粉>小麦淀粉>玉米淀粉>木薯淀粉>糯米淀粉;而RSDE174的糯米淀粉>小麦淀粉>红薯淀粉>玉米淀粉>木薯淀粉。RSDE173对生红薯淀粉有很好的降解,其水解糊化淀粉与生红薯淀粉的比值为1.48:而RSDE174优先降解生糯米淀粉,其相应比值为1.69。
- 董永存刘洋陈源源牛丹丹张梁石贵阳王正祥
- 关键词：嗜热菌生淀粉酶分离纯化
- 一种快速、高效大规模鉴定真菌的新方法
- 王正祥陈源源沈微陈献忠石贵阳
- 一种快速鉴定细菌的方法被引量：8
- 2007年
- 16S rDNA基因同源性分析是一种常用的细菌分子鉴定方法,16S rDNA基因的扩增需要细菌染色体DNA作为模板。传统的细菌染色体DNA提取方法费时费力,限制了细菌分子鉴定的规模化。文中建立了1种新的快速高效的细菌染色体DNA提取方法,整个提取过程仅耗时20min,从而使得细菌的快速鉴定成为可能。用该方法制备的染色体DNA无需任何处理即可作为模板用于PCR扩增细菌的16S rDNA基因,并获得了良好的扩增结果以及扩增产物的测序结果。
- 陈源源牛丹丹王正祥
- 关键词：细菌DNA扩增
- 16S rDNA序列在大批量细菌分离物分子鉴定中的应用研究被引量：3
- 2013年
- 利用16S rDNA序列同源性分析法对保藏于中国高校工业微生物资源与信息中心(CICIMCU)的3 726株细菌分离物进行了分子鉴定。实验结果显示:其中3 073株细菌分离物可被成功鉴定至种一级水平,分属于210个种,45个属,占整个细菌分离物的82.5%;其余653株细菌分离物可鉴定到属一级,占整个细菌分离物的17.5%。研究中也发现,16S rDNA序列在芽孢杆菌属(Bacillus)和土芽孢杆菌属(Geobacillus)等少数菌属中的部分种间鉴定的敏感性不高。上述结果表明16S rDNA序列在大多数细菌种属鉴定中具有较高的特异性和敏感性,可以作为第一轮分子标识用于大批量细菌分离物的鉴定。
- 陈源源沈微樊游陈献忠Suren Singh石贵阳王正祥
- 关键词：RDNA序列
- ITS序列在酵母批量分子鉴定中的适用性被引量：6
- 2012年
- 内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列是目前最常用的酵母分子鉴定标识之一。该文利用ITS序列同源性分析法对保藏于中国高校工业微生物资源与信息中心的623株酵母分离物进行了鉴定。实验结果显示:581株酵母分离物(93.3%)可通过ITS序列直接鉴定到种一级,40株分离物(6.4%)可鉴定至属一级,仅有2株酵母分离物无法通过ITS序列获得有效鉴定。上述结果表明,ITS序列在大多数酵母种属鉴定中具有很高的敏感性和特异性,可以作为第一分子标识用于大批量酵母分离物的分子鉴定。
- 陈源源陈浩石贵阳王正祥
- 关键词：酵母ITS序列分子鉴定
- 传统发酵豆制品中原核微生物多样性的研究被引量：14
- 2011年
- 通过构建16SrDNA基因文库的方法,对2份不同种类的豆酱样品中原核微生物的多样性进行了分析。另外动态监测了一份酱油酱醅样品发酵过程中3个不同阶段原核微生物的变化情况。研究表明,发酵样品中的优势乳酸菌为魏斯氏菌(Weissella cibaria,Weissella confusa,Weissella paramesenteroides)和嗜盐四联球菌(Tetragenococcus halophilus)。另外还检测到芽孢杆菌、葡萄球菌、肠杆菌、柠檬酸杆菌、泛菌、不动杆菌、库特氏菌等细菌种群的存在。
- 陈浩樊游陈源源左志锐王正祥
- 关键词：微生物多样性
- 两种分子标识在酵母分子鉴定中的比较被引量：2
- 2011年
- rDNA序列同源性分析是一种通用的酵母分子鉴定方法,26S rDNA D1/D2区域和rDNA内部转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)是rDNA序列同源性分析中最为常用的两种分子标识。同时使用这两种分子标识对20株分离自水果表面的酵母菌株进行分子鉴定,结果显示19株酵母分离物的鉴定结果相一致,两种分子标识序列在认定酵母种内和种间关系时都拥有足够的差异,能将大部分酵母菌株直接鉴定到种一级水平。
- 陈源源沈微石贵阳王正祥
- 关键词：RDNAITS序列
- 一种快速、高效大规模鉴定真菌的新方法
- ＜正＞传统的真菌分类主要依靠形态学特征以及生理生化特征进行,这些方法在微生物分类鉴定中发挥过重要作用,但由于真菌的多样性,也存在着鉴定准确性差、繁琐、耗时等缺点。利用微生物在长期进化过程中保留下来的保守基因组序列及其细微...
- 王正祥陈源源沈微陈献忠石贵阳
- 文献传递
- 脱枝酶产生菌的分离鉴定及酶学性质研究
- 2009年
- 目的：从中国高校工业微生物资源与信息中心（CICIM-CU）细菌库中分离具有产脱枝酶酶活的细菌并鉴定,进行酶学性质的研究。方法：通过碘显色平板法筛选产酶菌株,利用16S rDNA确定其属种。对每一株产脱枝酶的细菌进行初步的酶学性质研究。结果：从4005株细菌中筛选出45株产脱枝酶的细菌,建立了产脱枝酶细菌的细菌库。酶学性质表明CICIM B272、CICIMB1-30两株菌产生的脱枝酶,酶反应的最适温度分别为70℃6、0℃,最适pH分别为6.0、5.5,来源于上述两种不同属种的脱枝酶在30-70℃反应条件下,酶在pH 4.5-8.5范围内活性稳定,Li＋、Na＋、K＋、Mg2＋、Mn2＋对两者酶活均有显著的激活作用,而Cu2＋、Fe3＋及EDTA对两者均有显著的抑制作用,Mn2＋、Ca2＋分别对两者的热稳定性具有很好的提升作用。以支链淀粉为底物的动力学常数Km分别为352.883mg/mL、4.5814mg/mL,Vmax分别为30.03mg/min.mL、0.4575mg/min.mL。结论：不同属种的脱枝酶酶学性质差别显著。
- 赵献春陈源源王正祥
- 关键词：酶学性质
