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庞小燕: 作品数：44 被引量：260H指数：9; 供职机构：上海交通大学更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划上海市科学技术委员会资助项目更多>>; 相关领域：医药卫生生物学文化科学轻工技术与工程更多>>

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口腔龈上菌斑5种DNA提取方法的比较被引量：3: 2011年; 目的寻找方便、快捷、经济、获取细菌信息量最多的细菌基因组DNA抽提方法。方法采用洗涤+冻融+BeadBeater+酚氯仿抽提法(X法)、试剂盒法(Y法)、洗涤+冻融+试剂盒法(Z法)、直接煮沸法(U法)和加Chelex-100后煮沸法(V法)5种DNA抽提方法,分别提取3例慢性牙周炎患者龈上菌斑DNA,检测DNA片段大小和浓度;同时运用变性梯度凝胶电泳分析样本微生物多样性和相似度,从多个角度对5种DNA提取方法进行评价。结果 X法DNA片段集中于3 000～20 000bp处;Y法和Z法DNA片段均匀分布于500～20 000 bp处;U法无明显DNA片段出现;V法DNA片段主要分布于500～2 000 bp处。Y法、Z法与V法所提DNA浓度较高,X法与U法所提DNA浓度较低。X法、Y法、Z法和V法反应的龈上菌斑微生物多样性无显著差异。X法、Y法和Z法的相似度较高,而V法与X法、Y法、Z法的相似度较低。结论洗涤+冻融+Bead Beater+酚氯仿抽提法,试剂盒法,洗涤+冻融+试剂盒法,加Chelex-100后煮沸法的DNA提取效果无显著差异;直接煮沸法的DNA提取效果较差。; 刘莹吴明桃陈慧庞小燕赵立平唐子圣; 关键词：DNA提取

应用PCR与温度梯度凝胶电泳分析龈上菌斑微生物群落被引量：3: 2005年; 目的应用PCR与温度梯度凝胶电泳(PCRTGGE)分子技术对成年健康口腔的龈上菌斑中微生物群落组成进行分析。方法8例成年个体包括4男4女,年龄19～29岁,分别采取每例个体上下颌牙周龈上菌斑样品,共18份(个体Subl间隔10天采集2次样品)。提取菌斑DNA,PCR扩增16SrDNAV3可变区,产物经TGGE后进行相似系数分析。结果同一个体的上下颌微生物群落组成相似性系数为81%～95%,而不同个体的龈上菌斑微生物群落组成相似性系数,均在60%以下。结论不同个体具有其独特的牙周微生物群落,而且在一定时期内组成稳定。; 洪纬魏桂芳庞小燕王凌华赵立平; 关键词：菌斑牙周 PCR 成年 TGGE 微生物群落

运用DGGE分析慢性牙周炎患者唾液微生物群落结构被引量：7: 2012年; 目的运用变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)技术,分析慢性牙周炎患者唾液中微生物群落结构。方法采集33名慢性牙周炎志愿者(P组)和15名非慢性牙周炎志愿者(NP组)唾液样本,共计48份。运用DGGE技术分析两组样本微生物群落结构,然后将DGGE凝胶图谱转化成数字信息,进行主成分分析(Principal Component A-nalysis,PCA)、聚类分析(Cluster Analysis)和偏最小二乘法(Partial Least Squares,PLS)分析。结果 PCA显示P组和NP组没有形成两个明显的聚类群;聚类分析显示两组大部分样本没有形成聚类现象,但少数样本形成聚类现象;PLS显示两组大部分样本形成聚类现象,仅少数样本没有形成聚类现象。结论慢性牙周炎组和非慢性牙周炎组的唾液微生物群落结构没有显著差异,但存在产生差异的趋势。; 吴明桃徐晓陈慧庞小燕赵立平唐子圣; 关键词：慢性牙周炎变性梯度凝胶电泳唾液微生物群落

一种快速的酸奶质量跟踪监测检验新方法被引量：1: 2005年; 分析酸奶中的菌种组成是酸奶质量控制的重要指标。本文用PCR-DGGE(denaturinggra-dientgelelectrophoresis,变性梯度凝胶电泳)指纹图谱技术对市售某品牌酸奶在1个月内进行了动态监测,共收集了6个生产批次的18个酸奶样品,通过建立16SrDNAV3区PCR-DGGE分析、DGGE图谱条带割胶回收测序等一套完整的检测评价方法,结合常规分离培养方法,对样品微生物组成及其稳定性进行跟踪监测。结果显示,所有供试样品在整个动态监测期内DGGE指纹图谱都出现2条带,显示其微生物组成比较稳定,割胶回收测序结果表明其微生物组成与厂家标注完全一致,分别为Lacto-bacillusdelbrueckiisubsp.bulgaricus(保加利亚乳杆菌)和Streptococcusthermophilus(嗜热链球菌)。分离计数结果表明前者比后者低3个数量级,二者的DGGE条带亮度也有显著差别。本研究用菌种组成及其稳定性两个指标对酸奶样品质量进行评价,建立了DGGE评价方法,结果表明,该技术可以作为酸奶质量控制和动态监测的快速简便的新方法。; 李武王凌华张晓君庞小燕赵立平赵勇; 关键词：酸奶 LACTOBACILLUS 指纹图谱技术

三种粪便总DNA提取方法的比较被引量：14: 2008年; 目的比较不同粪便总DNA提取方法对肠道菌群多样性研究的影响。方法采用Bead beating法、化学裂解法和QIAamp DNA Stool MiniKit提取同一份人粪便样品的总DNA,对比3种方法的DNA得率和16SrRNA基因V3区的变性梯度凝胶电泳(DGGE)图谱。结果Bead beating法的DNA得率约是其他2种方法的2倍;3种方法得到的DGGE图谱的Dice相似性为60%～70%,2条优势条带只出现在Bead beating法图谱中。在2～5min的Bead beating法击打时间里,DNA得率随击打时间的延长有一定的增加,但DGGE图谱无显著变化。结论不同的DNA提取方法会影响菌群的多样性分析。比较其他2种方法,Bead beating的裂解效率更高,能够检测到更多种类的细菌,更合适肠道菌群组成的分子研究。; 申剑张宝让魏华庞小燕赵立平; 关键词：DNA提取肠道菌群

构建直接发酵淀粉产生酒精的酵母融合菌株的研究被引量：61: 2001年; 以酒精酵母和热带假丝酵母为亲本 ,通过单亲灭活原生质体融合技术 ,获得了既具有糖化酶活性又能高产酒精的稳定的酵母融合株 ,并测定和比较了融合子的细胞大小、DNA含量以及比增长率 μ、淀粉利用能力、乙醇耐受性、α 淀粉酶和糖化酶活力等生产性能。属间原生质体融合率为 9 2× 10 -6。F 1和F 5两株融合子性状较好 ,酒精发酵产量可达 8 8%和 11 5 % ,具有良好的应用前景。; 庞小燕王吉瑛赵凤生; 关键词：酒精酵母热带假丝酵母原生质体融合酒精发酵发酵

健康儿童与轮状病毒感染儿童肠道菌群结构的比较研究被引量：11: 2006年; 目的比较分析轮状病毒感染个体与健康个体肠道菌群结构的差异。方法采集11例轮状病毒感染个体及6例健康个体的粪便样品,提取粪便样品中细菌的混合DNA,先通过ER IC-PCR结合分子杂交的技术分析两组个体之间肠道微生物组成的相似性;再扩增粪便样品中菌群的16S rRNA基因,利用PCR-TGGE技术分析肠道菌群的组成情况。结果轮状病毒感染个体与健康个体相比,肠道菌群中GC含量较低的菌明显减少,同时肠道菌群有宿主专一性。结论轮状病毒感染会导致儿童肠道内菌群结构失调。; 张美玲杜惠敏郭美蕻陈俊仪庞小燕赵立平; 关键词：轮状病毒 ERIC-PCR

基于属特异性PCR基础上的TGGE和克隆文库方法分析人粪便中双歧杆菌的组成: 双歧杆菌是一类严格厌氧的革兰氏阳性菌。作为人胃肠道菌群的优势成员,双歧杆菌与人的健康密切相关,在防止腹泻和肠道感染、缓和便秘、提高机体免疫力和促进维生素代谢等方面起着重要的生理作用。因此,研究如何通过口服特定的双歧杆菌(...; 庞小燕赵立平; 关键词：双歧杆菌 TGGE 克隆文库; 文献传递

膳食诱导肥胖大鼠模型的肠道菌群结构及其特异分子标识物被引量：3: 2009年; 目的通过对膳食诱导肥胖(Diet Induced Obesity,DIO)大鼠与健康对照组大鼠的肠道菌群结构的分析比较,寻找造成2组大鼠菌群结构差异的分子标识物,探讨肠道菌群的组成和结构与宿主肥胖之间的关系。方法ERIC-PCR结合Southern-blot得到肠道菌群基因组指纹图谱,利用Southern-blot与多元统计方法(PCA、PLS等)找出差异条带,回收差异条带进行测序,根据序列设计特异性引物,以定量PCR法对结果进行验证。结果ERIC-PCR图谱表明膳食诱导肥胖大鼠在肠道菌群结构上与正常大鼠存在着较大的区别;根据杂交结果找到一段基因组DNA片段为膳食诱导肥胖大鼠组所特有,定量分析表明该DNA片段在2组大鼠间区别明显。结论膳食诱导肥胖大鼠所特有的一段基因组DNA片段可作为肥胖大鼠肠道的特征分子标识物,该标识物有望用于膳食诱导肥胖的机制研究中。; 张翼张晨虹申剑李后开倪艳张晓君赵立平庞小燕; 关键词：肥胖高脂膳食 ERIC-PCR 肠道菌群

蝗虫肠道微生物总DNA提取方法的比较被引量：3: 2009年; 采用Bead beating法和QIAamp DNA stool mini kit法提取蝗虫肠道微生物总DNA,并对2种方法提取DNA的得率、完整性以及16SrRNA基因扩增产物的变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)图谱等进行综合比较。结果表明,Bead beating法提取DNA的得率显著高于QIAamp DNA stool mini kit法(P=0.042),而QIAamp DNA stool mini kit法提取DNA片段更完整。PCR-DGGE检测微生物多样性结果显示,QIAamp DNA stool mini kit法提取DNA所代表的微生物群落多样性略高于Bead beating法,但Mann-Whitley统计学检验表明用2种方法检测蝗虫肠道微生物多样性无显著差异(P=0.17)。因此在蝗虫肠道微生物群落多样性的检测中QIAamp DNA stool mini kit法具一定的优势,而Bead beating法同样适用。; 龙文敏严二平宣涛魏华庞小燕赵立平马恩波; 关键词：蝗虫肠道微生物 DNA提取 PCR-DGGE

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