曹兴芹
- 作品数：7 被引量：7H指数：1
- 供职机构：新疆师范大学计算机科学技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金新疆维吾尔自治区自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
- 基于Bioperl的生物二次数据库的设计与实现
- 2014年
- 在分子生物学研究中,建立二次数据库可以更深入的进行特色物种的研究。通过分析了构建生物信息二次数据库的复杂性和必要性,在MySQL数据库的基础上利用Bioperl相关技术提出了可行性方案,并给出了关键的构建步骤,最后建立了一个生物信息研究平台。
- 张宁曹兴芹潘伟民
- 关键词：MYSQL
- 基于BioPerl实现从NCBI中精确下载LEA基因序列被引量：1
- 2014年
- 近年来关于抗逆基因的研究,越来越受研究者们的关注,在新疆尤其重视抗干旱基因的研究。基于这些因素,本文根据LEA基因(late embriogenesis abundant gene, LEA)的保守结构域所在片段(下文简称保守结构片段)和相应的关键词,基于BioPerl设计了从NCBI中精确下载LEA基因序列的程序。此程序不仅解决了LEA基因的精确获取,同时也为不同类型序列的精确下载,提供了一种较好的解决办法。
- 张晓婧曹兴芹潘伟民
- 关键词：保守结构域关键词LEA基因
- 分子生物学二次数据库资源平台的构建
- 2014年
- 在生物信息学中,建立生物二次数据库可以针对特定物种进行更深入的研究。针对分子生物学二次数据库资源平台的构建的迫切需要,利用biosql构建了分子生物学二次数据库,运用tomcat 6.0 + Myeclipse + mysql技术,MVC开发模式,实现了以抗逆基因为例的web资源数据库平台。该平台解决了分子生物二次数据库的构建与抗逆基因数据自动获取,能及时接受研究者数据的上传和抗逆基因的快速检索。该平台同样可以应用到其他类别的分子生物,加快了对某一范围内分子生物学的研究,使研究更具针对性。
- 杨勇杜晶曹兴芹
- 关键词：生物信息学MVC模型
- 一种全局LBF主动轮廓模型被引量：4
- 2012年
- LBF模型的能量函数对于水平集函数是非凸的,从而导致应用LBF模型分割的最终结果对水平集函数的初始化非常敏感。通过凸化LBF模型的能量函数,提出一种全局的LBF模型(GLBF)。该模型针对水平集函数是凸的,从而可以通过任意初始化水平集函数得到全局最优解。此外,该模型不必重新初始化水平集函数为符号距离函数,从而极大地提高运算效率。对灰度不均匀医学图像的分割结果表明,GLBF模型对水平集函数的初始化不敏感,优于传统的LBF模型以及目前具有代表性的LIF模型。
- 任鸽古力米热.阿吾旦曹兴芹
- 关键词：主动轮廓模型水平集LBF模型图像分割
- 基于局部区域拟合模型的磁共振图像分割与偏移估计算法被引量：1
- 2011年
- 磁共振(MR)图像的灰度通常是不均匀的,这种不均匀性是由于成像设备的缺陷导致产生了一种光滑的偏移场。一般的基于灰度统计特性的分割算法都是假设目标区域和背景区域图像的灰度分别是一致的,因此该类算法不能很好地应用于磁共振图像的分割。提出一种基于局部拟合模型的磁共振图像分割与偏移估计算法:利用图像的局部区域的灰度特性建立恢复图像的灰度、偏移量,以及区域指示函数之间的能量函数,然后分别针对恢复图像的灰度、偏移量以及指示函数进行优化。该算法可以同时对磁共振图像进行分割与偏移估计。实验结果表明该算法优于目前比较流行的磁共振图像分割与去偏移算法如变分水平集方法。
- 任鸽曹兴芹杨勇
- 关键词：图像分割水平集磁共振图像
- 基于Bioperl实现远程自动获取抗逆基因序列被引量：1
- 2014年
- BioPerl对于现今大量的生物数据来说,具有很好的获取和处理能力,并且NCBI提供了可以直接访问它下属的Entrez数据库(包括PubMed)的编程接口,即E-Utilities。为了从NCBI中自动获取大量抗逆基因序列,使得生物抗逆基因二次数据库得以搭建,该文基于BioPerl设计了远程自动获取大量抗逆基因序列的程序。此程序灵巧、精悍,Perl语言强大的文本处理功能使程序能实现不同类型基因序列的远程获取。
- 张晓婧潘伟民曹兴芹
- 关键词：抗逆基因
- 基于HMM的算法和功率谱算法的基因预测对比研究
- 2013年
- 基于隐马尔科夫模型的算法和基于傅里叶变换的功率谱算法是常用的基因预测方法且准确度较高.对这两种算法加以论述,并做实验比较.结果表明,基于功率谱的算法在灵敏度和特异性方面都略高于其他基于隐马尔科夫模型的算法.
- 张力丹梁晓佳李丹曹兴芹
- 关键词：基因预测HMM功率谱傅里叶小波变换
