钮俊清
- 作品数：10 被引量：14H指数：2
- 供职机构：中国科学技术大学计算机科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划中国科学院知识创新工程重要方向项目安徽省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术自然科学总论生物学更多>>
- 一种缓存管理方法
- 本发明公开了一种缓存管理方法，该方法包括：获取被请求的web文档，更新web文档的属性，利用该web文档的至少3种属性对该web文档进行分类；根据分类结果将该web文档放置到相应的缓存队列中后，调整该队列中的web文档。...
- 郑浩然钮俊清陈宇周昕宇胡永飞
- 文献传递
- VFA:一种可视化代谢网络建模工具被引量：2
- 2008年
- 数学建模是代谢工程研究的关键方法之一。目前的代谢网络建模工具在构建代谢通量分析模型时,不能同时建立通量平衡分析(FBA)模型和13C代谢通量分析(13C-MFA)模型,而且大都采用私有格式描述代谢模型,不利于信息共享。为了解决上述问题,作者基于Cytoscape插件开发了一种可视化代谢通量建模工具VFA,它摆脱了繁琐、易出错的文本建模方式,提供友好的图形化用户界面、方便的可视化建模功能,并能够同时对代谢网络进行FBA和13C-MFA建模。VFA的代谢模型描述格式扩展自系统生物学标记语言(SBML),且与后者完全兼容,有利于平台间的模型交换和共享。
- 李毅郑浩然钮俊清李恒周宏
- 关键词：代谢网络代谢通量可视化建模
- 面向生化网络的计算技术研究
- 随着人类基因组计划的基本完成，生命科学研究进入了“后基因组”时代。在后基因组时代面临的一个重大挑战就是如何从整体层面上揭示生物系统中DNA、RNA、蛋白质和各种生物小分子通过相互作用而产生生命现象。在这一背景下产生了系统...
- 钮俊清
- 关键词：系统生物学数据整合
- 一种基于完全匹配和分词匹配的混合分词匹配算法
- 2008年
- 如何高效准确地进行酶的鉴别是代谢网络重构的难点和关键。由于基因标注文件中与ORF对应的蛋白质和酶信息都是采用自然语言描述的,重构中必须利用基因产物在酶数据库中寻找证据,从而进行与代谢相关的酶鉴别。针对目前通用的酶鉴别算法识别率低、效率低的问题,论文在对生物数据特性分析的基础上,提出了一种完全匹配和分词匹配相结合的混合分词匹配算法对酶信息进行鉴别,实验结果和分析表明,该算法具有更好的鉴别能力和更高的效率。
- 李恒郑浩然钮俊清李毅
- 关键词：酵母菌大肠杆菌
- 一种基于多agent系统的生化系统分布式随机仿真算法被引量：1
- 2007年
- 系统生物学关注于对生化反应网络进行定量的数学建模和计算机仿真,这是理解生化网络的拓扑结构和动态行为的主要手段。Gillespie的随机仿真算法(SSA)是仿真均匀生化反应系统的一种标准的算法,而SSA算法最大的问题在于计算代价过高。基于并行思想提出一种基于多agent系统实现的分布式随机仿真算法(DSSA),利用分布式计算来提高SSA算法的计算性能,为建模与仿真大规模生化反应系统提供了一种有效的方式。实验显示DSSA算法在时间性能上带来显著的提升。
- 钮俊清郑浩然陈久生马猛王煦法
- 关键词：系统生物学
- 从肿瘤基因表达数据挖掘分类规则的研究被引量：1
- 2009年
- 基于肿瘤基因表达数据,利用信息科学的方法和技术建立肿瘤预测分类模型,对肿瘤基因表达模式研究和肿瘤的诊断识别具有重要意义。本研究提出一种从肿瘤基因表达数据中直接挖掘分类规则建立肿瘤预测分类器的方法。该方法首先抽取实验样本集,分别找出标记肿瘤和正常组织样本的分类特征,由此生成可预测样本类别的分类规则,对每个未知类别样本,按照置信度最高原则,选择一个分类规则作为预测结构。本研究的实验数据来自Broad Institute的前列腺癌基因表达数据,实验结果显示该方法的预测精度在90%以上,且同时获得了大量结构透明的分类预测规则,表明本研究的方法是可行的和有效的。
- 马猛汝颖马腾钮俊清李龙澍王煦法
- 关键词：肿瘤基因表达数据挖掘特征选取
- 一种可视化代谢网络建模工具被引量：1
- 2009年
- 针对现有代谢网络建模工具在分析方法和模型描述方面的不足,基于Cytoscape插件开发一种可视化代谢网络建模工具,定义通用的支持FBA和13C-MFA模型的代谢网络描述语言,实现图形用户界面下的代谢网络建模功能。应用结果表明,该工具能较好解决现有建模软件面临的问题。
- 李毅郑浩然钮俊清李恒周宏
- 关键词：代谢网络可视化建模
- 一种基于有限记忆多LRU的Web缓存替换算法被引量：7
- 2008年
- Web缓存的核心是缓存内容的替换算法.在动态不确定的网络环境下,本文提出一种基于有限记忆的多LRU(LH-MLRU)Web缓存替换算法,它是一种低开销、高性能和适应性的算法.LH-MLRU综合考虑各项因素对Web对象使用多个LRU队列进行分类管理,引入Web对象最近被访问的历史作为缓存内容替换的一个关键因素,来预测对象可能再次被访问的概率.通过周期性的训练参数可以适应动态不确定的网络环境.轨迹驱动的仿真实验表明LH-MLRU在各项性能指标上均优于其他算法,可以显著的提高Web缓存的性能.
- 钮俊清郑浩然李恒王煦法
- 关键词：网络缓存
- 聚类和关联规则挖掘在基因表达数据分析中的应用研究
- 2008年
- 随着DNA微阵列技术的广泛应用,产生了海量基因表达数据,如何利用这些数据研究基因间的调控关系成为当前生物信息学的一个研究热点。关联规则挖掘是数据挖掘领域的一个重要技术,然而直接对基因表达数据进行关联规则挖掘存在两个问题:一是时间和空间复杂度过高;二是获得的规则仅定性表示基因间的调控关系,无法提供关于调控关系强度的信息。本文利用聚类实现数据降维,然后将基因表达水平离散化为七个状态,最后关联分析每个聚类中的基因表达数据。实验结果表明本文的分析方法是有效的。
- 马猛钮俊清宁岩郑浩然王煦法
- 关键词：生物信息学基因表达数据聚类关联规则
- 基于多agent系统的细菌趋药性仿真被引量：2
- 2006年
- 细菌(如大肠杆菌)趋药性现象是细胞信号转导研究的典型案例,该文在阐述细菌趋药性现象的生物过程和研究进展的基础上,针对当前计算机仿真方法的不足之处,提出了一种基于多agent技术的计算机仿真方法,包括设计了针对细胞信号转导现象的仿真框架和基于反应式agent结构和多线程技术的实现流程。最后,在仿真框架的基础上设计了细菌趋药性中的趋药性与自适应现象的仿真实验,实验结果表明此方法较现有方法有良好的特性,在生物系统仿真中具有广泛的应用前景。
- 刘俊郑浩然钮俊清
- 关键词：细胞信号转导系统生物学仿真
