李毅
- 作品数：6 被引量：29H指数：2
- 供职机构：中国科学技术大学计算机科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划中国科学院知识创新工程重要方向项目国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术医药卫生自然科学总论更多>>
- VFA:一种可视化代谢网络建模工具被引量：2
- 2008年
- 数学建模是代谢工程研究的关键方法之一。目前的代谢网络建模工具在构建代谢通量分析模型时,不能同时建立通量平衡分析(FBA)模型和13C代谢通量分析(13C-MFA)模型,而且大都采用私有格式描述代谢模型,不利于信息共享。为了解决上述问题,作者基于Cytoscape插件开发了一种可视化代谢通量建模工具VFA,它摆脱了繁琐、易出错的文本建模方式,提供友好的图形化用户界面、方便的可视化建模功能,并能够同时对代谢网络进行FBA和13C-MFA建模。VFA的代谢模型描述格式扩展自系统生物学标记语言(SBML),且与后者完全兼容,有利于平台间的模型交换和共享。
- 李毅郑浩然钮俊清李恒周宏
- 关键词：代谢网络代谢通量可视化建模
- 基于强连通分量的^13C MFA计算模型稳定性判断被引量：1
- 2009年
- 基于碳同位素标记实验的代谢通量分析，是代谢工程中一种强大的定量分析工具。^13C MFA在进行定量分析时，需要给定代谢网络及其对应的碳原子转移网络，同时为了保证计算的正确性和可靠性，要求所给定的碳原子转移网络中不能含有陷阱（trap）。本文基于有向图中强连通分量的概念，给出了trap的一种形式化定义，并利用一种基于深度优先搜索的图论算法，实现了对trap的自动检测。实验结果表明，该算法能够得到正确可靠的结果。
- 周宏郑浩然李毅李恒
- 关键词：有向图
- 多核龙芯3A上二级BLAS库的优化被引量：9
- 2011年
- 针对龙芯3A体系结构以及二级BLAS库函数的特点,在指令级、存储级和线程级抽取并行方案,总结了一些合适的优化方法,并对其进行了定量的分析。实验表明,这些优化可以将二级BLAS函数单线程的性能提升20%以上,多线程下也可以得到2.5倍左右的加速比,这对今后多核龙芯上的系统软件优化工作有着一定的帮助。
- 李毅何颂颂李恺
- 关键词：龙芯3ABLASGER多线程
- 一种基于完全匹配和分词匹配的混合分词匹配算法
- 2008年
- 如何高效准确地进行酶的鉴别是代谢网络重构的难点和关键。由于基因标注文件中与ORF对应的蛋白质和酶信息都是采用自然语言描述的,重构中必须利用基因产物在酶数据库中寻找证据,从而进行与代谢相关的酶鉴别。针对目前通用的酶鉴别算法识别率低、效率低的问题,论文在对生物数据特性分析的基础上,提出了一种完全匹配和分词匹配相结合的混合分词匹配算法对酶信息进行鉴别,实验结果和分析表明,该算法具有更好的鉴别能力和更高的效率。
- 李恒郑浩然钮俊清李毅
- 关键词：酵母菌大肠杆菌
- 一种可视化代谢网络建模工具被引量：1
- 2009年
- 针对现有代谢网络建模工具在分析方法和模型描述方面的不足,基于Cytoscape插件开发一种可视化代谢网络建模工具,定义通用的支持FBA和13C-MFA模型的代谢网络描述语言,实现图形用户界面下的代谢网络建模功能。应用结果表明,该工具能较好解决现有建模软件面临的问题。
- 李毅郑浩然钮俊清李恒周宏
- 关键词：代谢网络可视化建模
- 基于支持向量机的遥感图像舰船目标识别方法被引量：16
- 2006年
- 针对高分辨率遥感图像舰船目标识别问题,提出了一种基于支持向量机的舰船目标分类方法。支持向量机(SVM)是一类新型机器学习方法,基于结构风险最小化归纳原则,具有出色的学习能力。与传统的方法相比,支持向量机不但结构简单,而且技术性能特别是泛化能力明显提高。该文简要介绍了有关统计学习理论和支持向量机算法,将支持向量机应用于遥感图像舰船目标识别,并同传统的舰船识别方法进行了相关的对比实验,实验结果说明本文提出的分类器在识别性能上明显优于其它传统分类器,具有更高的识别性能率。
- 李毅徐守时
- 关键词：支持向量机统计学习理论
