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基于强连通分量的^13C MFA计算模型稳定性判断被引量：1: 2009年; 基于碳同位素标记实验的代谢通量分析，是代谢工程中一种强大的定量分析工具。^13C MFA在进行定量分析时，需要给定代谢网络及其对应的碳原子转移网络，同时为了保证计算的正确性和可靠性，要求所给定的碳原子转移网络中不能含有陷阱（trap）。本文基于有向图中强连通分量的概念，给出了trap的一种形式化定义，并利用一种基于深度优先搜索的图论算法，实现了对trap的自动检测。实验结果表明，该算法能够得到正确可靠的结果。; 周宏郑浩然李毅李恒; 关键词：有向图

一种面向小样本数据的错标记样本识别方法: 2012年; 目的针对小样本数据的错标记问题,本文在CL-stability算法的基础上提出一种加权的错标记样本识别算法(UCL-stability)。方法在UCL-stability算法中,根据样本标记翻转后数据所能选出的差异特征数目,定义了一个投票权值用于衡量翻转不同样本标记对分类的影响。结果两组癌症基因表达数据的实验结果表明,UCL-stability与CL-stability算法均能有效识别数据中的可疑样本。通过人为错标记样本的进一步实验,显示UCL-stability算法相比于无投票权的CL-stability算法可取得较高的precision和recall值。结论本文提出的UCL-stability算法不仅考虑了小样本数据中单个样本的标记错误对分类器设计造成的影响,更进一步考虑了不同样本的标记错误对分类结果影响的差异。通过引入特征信息衡量该差异,UCL-stability取得了较好的结果。; 秦瑞斌郑浩然周宏; 关键词：微阵列

VFA:一种可视化代谢网络建模工具被引量：2: 2008年; 数学建模是代谢工程研究的关键方法之一。目前的代谢网络建模工具在构建代谢通量分析模型时,不能同时建立通量平衡分析(FBA)模型和13C代谢通量分析(13C-MFA)模型,而且大都采用私有格式描述代谢模型,不利于信息共享。为了解决上述问题,作者基于Cytoscape插件开发了一种可视化代谢通量建模工具VFA,它摆脱了繁琐、易出错的文本建模方式,提供友好的图形化用户界面、方便的可视化建模功能,并能够同时对代谢网络进行FBA和13C-MFA建模。VFA的代谢模型描述格式扩展自系统生物学标记语言(SBML),且与后者完全兼容,有利于平台间的模型交换和共享。; 李毅郑浩然钮俊清李恒周宏; 关键词：代谢网络代谢通量可视化建模

一种可视化代谢网络建模工具被引量：1: 2009年; 针对现有代谢网络建模工具在分析方法和模型描述方面的不足,基于Cytoscape插件开发一种可视化代谢网络建模工具,定义通用的支持FBA和13C-MFA模型的代谢网络描述语言,实现图形用户界面下的代谢网络建模功能。应用结果表明,该工具能较好解决现有建模软件面临的问题。; 李毅郑浩然钮俊清李恒周宏; 关键词：代谢网络可视化建模

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周宏