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裴广倩: 作品数：15 被引量：42H指数：4; 供职机构：军事医学科学院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室更多>>; 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金国家重点实验室开放基金更多>>; 相关领域：生物学医药卫生政治法律环境科学与工程更多>>

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抗生素可替代品--噬菌体和益生菌会议被引量：6: 2013年; 1会议简介近年来，随着抗生素的滥用，细菌对抗生素的耐药性不断增强。据报道，目前有些国家肺炎链球菌耐药发生率达到25％；美国75％的细菌感染会对一种或多种抗生素产生耐药性；日本葡萄球菌分离株半数以上都具有多重耐药性。; 裴广倩韩传银史套兴童贻刚; 关键词：抗生素益生菌噬菌体多重耐药性细菌感染肺炎链球菌

比较不同样本前处理方法对高通量测序检测HBV,HCV,TTV结果的影响: 为了探索不同样品前处理方法对于不同类型病毒检测的效果,我们分别将携带乙肝(双链环状DNA病毒)、丙肝(单正链RNA病毒)、TTV(单链环状DNA病毒)这三种不同病毒的血清等比例混合,模拟混合感染,然后分别采用MDA扩增(...; 王伟安小平裴广倩陈禹保史套兴童贻刚; 关键词：多重置换扩增; 文献传递

宏基因组靶向测序分析皮肤表面微生物群落方法优化被引量：1: 2016年; 通过实验设计和数据分析,筛选出尽可能真实反映含量较低的皮肤微生物群落的高通量测序分析方法。使用多因素多水平完全随机实验设计,分析DNA提取、PCR扩增、样品采集、测序过程中各种实验因素对微生物群落组成特征分析结果的影响。结果显示,在样品采集方面,筛选出了最佳的采集拭子与采集液体;在DNA提取方面,筛选出了最佳的前处理方法及试剂盒种类;在PCR反应方面,筛选出了最佳的模板浓度及退火温度;在测序方面,筛选出了合适的测序深度。通过一系列的实验条件筛选,确定了适合分析低含量细菌群落结构组成特征的方法,并成功地应用于人类手掌面皮肤。; 姚雪刘文丽裴广倩童贻刚罗亚平; 关键词：RRNA基因

粪肠球菌噬菌体vB_E.faecalis_IME196的生物学特性及其全基因组分析被引量：9: 2016年; 【目的】从医院污水中分离一株能裂解多耐药粪肠球菌的噬菌体,分析该噬菌体的生物学特性,并进行全基因组测序和分析,为治疗和控制多耐药粪肠球菌感染提供基础。【方法】以耐药粪肠球菌为宿主,从医院污水分离噬菌体,双层平板法检测噬菌体效价、最佳感染复数(MOI)和一步生长曲线,纯化后负染法电镜观察噬菌体形态;蛋白酶K/SDS法提取噬菌体全基因组,酶切处理后琼脂糖凝胶电泳分析,使用Ion Torrent测序平台进行噬菌体全基因组测序,测序后进行噬菌体全基因组序列组装、注释、进化分析和比较分析。【结果】分离到一株粪肠球菌噬菌体,命名为v B_E.faecalis_IME196(IME196);其最佳感染复数为0.01,一步生长曲线显示IME196的潜伏期为30 min,暴发量为50 PFU,电镜观察该噬菌体为长尾噬菌体,结合BLASTp分析确定其属于尾病毒目长尾噬菌体科,基因测序表明,噬菌体IME196核酸类型为DNA,基因组全长为38 895 bp,G+C含量为33.9%。【结论】分离鉴定一株粪肠球菌噬菌体,进行了全基因组测序和分析,为以后预防和控制粪肠球菌的感染提供了一个新的途径,为噬菌体治疗多重耐药细菌奠定了基础。; 邢少贞张湘莉兰舒鹏孙强裴广倩米志强安小平王景林赵宝华童贻刚; 关键词：噬菌体粪肠球菌生物学特性基因组分析

宏基因组16Sr RNA基因靶向测序技术在手接触印痕检验中的应用被引量：1: 2016年; 随着接触DNA技术的迅猛发展,在刑事案件侦查过程中,从犯罪现场作案人接触的客体上,能够提取并检测出DNA,但是成功率较低。原因是人手接触物品而遗留在客体上的DNA含量多为痕量,使得该技术的应用存在诸多方面的困难。高通量测序技术的兴起,揭示了人类皮肤微生物组多样性极其丰富,使得分析皮肤印痕中微生物群落的DNA成为可能。介绍人类皮肤微生物组的研究进展,初步分析人类手掌面皮肤上、手印中细菌群落结构特征的结果,提出将该技术应用于侦查办案的设想。; 姚雪裴广倩童贻刚罗亚平; 关键词：RRNA基因群落结构分析

我国人群感染指环病毒的高通量测序分析被引量：2: 2016年; 目的分析我国人群感染指环病毒的多样性,为研究指环病毒科的感染与不同疾病发生以及宿主免疫状态之间的关系提供基础资料。方法从33份血液标本中提取病毒核酸,使用多重置换扩增技术富集指环病毒核酸,然后使用Ion Torrent PGM平台进行高通量测序,并进行生物信息学分析。结果共得到226个新的指环病毒序列,包括130条全序和96个ORF1。受检血液标本均检出包括TTV,TTMDV和TTMV等指环病毒;测序显示指环病毒中81.9%为TTV,48.5%的标本感染两个属以上的指环病毒。指环病毒ORF1至少81.13%发生变异,其中TTV属内也存在75.66%的变异,13.27%的序列在NCBI的核酸数据库中同源比对未成功。进化分析显示TTV基因3型又可分为3.1、3.2、3.3等3个亚型,以往命名的基因2型是基因3.3型的一个子分枝。新型TTV中51.9%属于基因3型。结论我国人群普遍感染指环病毒,以基因3型感染居多且基因组多样性高。; 程实范航孙强裴广倩安小平米志强张湘莉兰黄勇童贻刚

不同样本前处理方法对高通量测序检测HBV、HCV、TTV结果的影响被引量：3: 2015年; 目的:探索不同样品前处理方法对于不同类型病毒检测的效果。方法:分别将携带乙肝病毒(双链环状DNA病毒)、丙肝病毒(单正链RNA病毒)、TTV(Torque teno virus)(单链环状DNA病毒)的血清等比例混合,模拟混合感染,然后分别采用多重置换扩增(MDA)和随机锚定PCR扩增并进行高通量测序,同时以原始样品(未扩增)直接高通量测序作为对照。结果:原始样品(未扩增)直接测序,产出的数据大部分为人类的序列;MDA方法中绝大部分数据为TTV、乙肝病毒;随机锚定PCR扩增方法中绝大部分数据为乙肝病毒。结论:MDA方法适合扩增环状病毒,随机锚定PCR扩增适合含量高的病毒,不做任何处理直接高通量测序检测病毒效果最差。本研究可为指导不同类型病原体如何选择扩增方案提供借鉴。; 王伟安小平裴广倩陈禹保史套兴童贻刚; 关键词：多重置换扩增

粪肠球菌噬菌体vB_EfaP_IME195的生物学特性及其全基因组分析被引量：8: 2017年; 【目的】以粪肠球菌为宿主菌,从医院的污水中筛选出相应的粪肠球菌噬菌体v B_Efa P_IME195,简称IME195,研究其生物学特性;并通过高通量测序得到其全基因组,深入研究其基因组学特征。【方法】以临床的耐药粪肠球菌为宿主菌,利用医院污水筛选噬菌体并纯化;对噬菌体IME195生物学特性进行了深入研究,包括电镜观察噬菌体形态、最佳感染复数、一步生长曲线、噬菌体IME195对紫外线的敏感度、对温度的耐受程度、对p H的耐受程度、对氯仿是否敏感;通过蛋白酶K/SDS法提取噬菌体IME195全基因组;Ion Torrent高通量测序;测序后进行噬菌体全基因组序列组装、注释、进化分析和比较分析。【结果】通过噬菌体梯度稀释,双层培养基平板法得到噬菌斑边缘分明、斑体透明的裂解性噬菌体IME195,最佳感染复数为0.01,一步生长曲线显示IME195的潜伏期为30 min,暴发量为11。该噬菌体对紫外线比较敏感,对5%浓度的氯仿不敏感,噬菌体对高温比较敏感,该噬菌体在p H 6.0-8.0范围内具有良好的裂解活性;电镜观察结果显示该噬菌体属于尾病毒目短尾噬菌体科;全基因组分析表明:噬菌体IME195基因组大小只有18 607 bp(Gen Bank登录号为KT932700),G+C含量仅为33%。BLASTn比对结果表明,该噬菌体和Gen Bank中的噬菌体v B_Efae230P-4只有82%的相似性。对噬菌体IME195进行了全基因组功能注释和进化分析。【结论】分离鉴定了一株粪肠球菌噬菌体,进行了生物学特性、全基因组测序和生物信息学深入分析,为噬菌体治疗多重耐药细菌奠定了基础。; 邢少贞张湘莉兰裴广倩方云程实米志强安小平童贻刚; 关键词：粪肠球菌噬菌体生物学特性全基因组测序基因组分析

利用高通量测序快速检测H7N9禽流感病毒及基因组序列分析被引量：6: 2014年; 目的探索用高通量测序技术检测咽拭子样本中H7N9禽流感病毒的方法。方法分别提取编号为106、089及024 3份样本RNA,反转录,cDNA扩增,用Ion Torrent进行高通量测序,对测序结果进行生物信息学分析。结果 3个咽拭子样本的测序结果中均能检测出禽流感病毒,拼接出的基因组序列可以进行生物信息学分析。结论利用高通量测序技术可以快速地检测H7N9禽流感病毒,并可用生物信息学软件拼接基因组序列及进行序列分析。; 裴广倩范航安小平王伟徐晓蒙史套兴童贻刚; 关键词：高通量测序生物信息学分析

16S核糖体DNA宏基因组测序中细菌核酸提取方法的比较研究被引量：2: 2015年; 目的：探究细菌核酸提取方法对16S核糖体DNA（r DNA）宏基因组测序的影响。方法：分别采用TRIzol提取、试剂盒提取、溶葡酶＋试剂盒提取、超声波＋试剂盒提取、超声波＋溶葡酶＋试剂盒提取、匀浆＋试剂盒提取、匀浆＋溶葡酶＋试剂盒提取共7种方法对模拟样本进行细菌核酸提取,特异性地扩增16S r DNA的V1~V2高变区,测序后分析模拟样本中各种细菌的含量和相对分布。结果：超声波处理结合试剂盒提取方法中不同细菌数据分布及含量都相对均匀,是一种广谱、高效的细菌核酸提取方法。结论：超声波处理结合试剂盒提取方法适用于细菌宏基因组测序中样本核酸的提取。; 王伟王玉琢舒鹏米志强安小平裴广倩刘文丽袁文俊史套兴童贻刚; 关键词：基因组测序

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