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高芳銮: 作品数：51 被引量：131H指数：8; 供职机构：福建农林大学植物保护学院植物病毒研究所更多>>; 发文基金：福建省自然科学基金福建出入境检验检疫局科技计划项目福建省教育厅科技项目更多>>; 相关领域：农业科学生物学医药卫生经济管理更多>>

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全基因组序列的系统发育与重组分析鉴定我国马铃薯Y病毒株系被引量：8: 2017年; 为明确我国马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)株系组成及其在不同寄主上的分布特征,文章对31条PVY中国分离物的基因组编码区进行了系统发育及重组分析。系统发育分析结果显示,最大似然法(maximum likelihood,ML)和邻接法(neighbor-joining,NJ)重建的系统发育拓扑结构基本一致,GF_YL20、FZ10、DF、SD1、1116和9703-3等6个分离物均未与已知株系相聚,其他株系来源相同的分离物以较高的自展值相聚成簇,显示出较强的株系特异性。重组分析显示,31个PVY分离物中,共有28个PVY分离物均检测到具有显著的重组信号,这些分离物主要包括PVY^(N-Wi)、PVY^(NTN)和PVY^(NTN-NW)三种株系。进一步分析显示,分离物1104、DF、SD1、1116和9703-3为未报道过的PVY新重组分离物。株系统计结果显示PVY重组株系已上升为优势株系,生产上需要密切注意这些株系,尤其新重组分离物的发展动态。以上结果表明,综合应用PVY全基因组序列的系统发育和重组分析,可以实现PVY株系的准确鉴定。; 蔡伟杨宏凯沈建国邹文超高芳銮; 关键词：马铃薯Y病毒系统发育分析株系鉴定

用于检测水仙花叶病毒和水仙黄条病毒的试剂盒及其检测方法: 本发明涉及一种用于检测水仙花叶病毒和水仙黄条病毒的试剂盒及其检测方法。该试剂盒包括：PCR Buffer、Mgcl<Sub>2</Sub>、dNTPs、反转录酶、RNA酶抑制因子、Taq DNA聚合酶、试剂A、试剂B、阳...; 沈建国高芳銮林双庆蔡伟

马铃薯Y病毒基因组编码区的选择压力分析: 为揭示自然选择对马铃薯Y病毒(Potato Jirus Y,PVY)功能基因进化的影响,本文对采自1938~2012年、涵盖22个国家的190个PVY分离物全基因组编码区进行了选择压力分析,并通过系统发育与性状关联分析(...; 常飞高芳銮邹文超赵爽詹家绥; 关键词：马铃薯Y病毒适应性进化

福建茶树潜隐病毒1的检测及全基因组序列特征: 2023年; 为明确福建茶树潜隐病毒(camellia cryptic virus 1,CCV1)发生情况,探明其全基因组序列特征及其与油茶潜隐病毒1(camellia oleifera cryptic virus 1,CoCV1)的关系,本研究通过RT-PCR方法对采自福建7个茶树种植区疑似感染CCV1的叶片进行检测,并随机选取18个CCV1分离物,经扩增、克隆获得全基因组序列,对其序列特征和系统发育关系进行分析。结果显示,431份样品中共有94份样品检测出CCV1,检出率为21.81%。测定获得的18个CCV1分离物dsRNA1、dsRNA2和dsRNA3的核苷酸序列全长分别为1722-1725 bp、1504-1506 bp和1497-1499 bp。克隆获得的RdRp、CP和mCP的氨基酸序列与CCV1代表分离物Won(GenBank登录号MH898482-MH898484)和CoCV1代表分离物PXCS5(GenBank登录号MH814756-MH814758)的一致性值分别≥91%、≥84%和≥90%,超过了δ-分体病毒属(Deltapartitivirus)中种的界定标准阈值。进一步的系统发育分析结果显示,所有CCV1分离物与CoCV1分离物以高置信值相聚成簇,证实CCV1和CoCV1为Deltapartitivirus属的同一种病毒。; 许瑜婷丁莹沈建国陈细红章淑玲杜振国高芳銮; 关键词：系统发育分析分子特征

马铃薯Y病毒pipo基因的分子变异及结构特征分析被引量：11: 2013年; 为揭示马铃薯Y病毒（Potato virus Y,PVY）pipo基因的分子变异和结构特征,文章根据文献报道的马铃薯Y病毒属（Potyvirus）pipo基因保守区序列设计一对简并引物,从感染PVY的马铃薯病叶中克隆获得pipo基因的cDNA全长序列,分析其核苷酸序列和氨基酸序列的特征,并基于氨基酸序列使用贝叶斯法重建了Potyvirus的系统发育树。结果显示：20个PVY分离物成功扩增出预期大小（约235bp）的特异性片段,其核苷酸序列与已报道的其它PVY株系的pipo基因核苷酸序列一致性均在92%以上;5′端均含有典型的G1-2A6-7基序（motif）,无碱基插入/缺失,所有的核苷酸变异都是碱基置换,共发现13个多态性位点,其中4个简约信息位点,9个单一变异位点,表明该基因高度保守,但不同分离物也存在一定的分子变异;PIPO蛋白理论等电点11.26~11.62,无信号肽和跨膜区,是可溶的亲水性蛋白;整个蛋白含有3个保守区,其中位于10~59aa的基序最为保守。该蛋白主要定位于线粒体中,可能是线粒体导肽。系统发育分析结果显示,源于PVY不同株系优先相聚成簇,而向日葵褪绿斑驳病毒（Sunflower chlorotic mottle virus,SuCMoV）与辣椒重花叶病毒（Pepper severe mosaic virus,PepSMV）的亲缘关系较PVY相比更近,与前人的结果相一致,表明PIPO蛋白可以作为研究Potyvirus系统发育关系的新的分子标记。; 高芳銮沈建国史凤阳常飞谢联辉詹家绥; 关键词：马铃薯Y病毒

马铃薯Y病毒基因组编码区的选择压力分析: 为揭示自然选择对马铃薯Y病毒(Potato Jirus Y,PVY)功能基因进化的影响,本文对采自1938012年、涵盖22个国家的190个PVY分离物全基因组编码区进行了选择压力分析,并通过系统发育与性状关联分析(Ph...; 常飞高芳銮邹文超赵爽詹家绥; 关键词：马铃薯Y病毒适应性进化

呼肠孤病毒科的系统发育分析被引量：4: 2008年; 运用邻接法(neibor-joining,NJ)、最大似然法(maximum likehood,ML)对国际病毒分类委员会(Interna-tional Committee on Taxonomy of Viruses,ICTV)第八次报告中所有已报道的呼肠孤病毒科外层衣壳蛋白序列进行了系统发育分析。结果表明:两种方法构建的系统树拓扑结构基本一致,尽管部分分支略有差异,但都能够反映出科内各属的系统发育关系,分析结果支持了该科的分类地位。同时还比较两种建树方法的异同点,并对建树产生的差异原因作了探讨。; 高芳銮范国成谢荔岩黄美英吴祖建; 关键词：呼肠孤病毒科系统发育分析最大似然法最大简约法

番茄褪绿病毒的进化动态与适应性进化特征被引量：3: 2020年; 【目的】番茄褪绿病毒(tomato chlorosis virus,ToCV)是长线形病毒科(Closteroviridae)毛形病毒属(Crinivirus)成员,现已成为我国番茄和其他蔬菜作物上最为常见的病毒之一。研究旨在查明ToCV的进化历史,尤其是该病毒何时何地传入我国,并阐明其适应性进化机制。【方法】根据ToCV外壳蛋白(coat protein,CP)基因两侧保守区设计1对特异性引物,对随机抽取的13个ToCV分离物进行扩增克隆,将测序获得的新序列与GenBank下载的含有采样时间和地理信息的序列合并得到103条ToCV CP基因序列,采用日期随机化检验(date-randomization test,DRT)检测数据集中的时间信号,并应用贝叶斯谱系动力学框架重建该病毒的进化动态。同时,应用系统发育与性状关联分析(phylogeny-trait association analysis)评估地理因素对ToCV适应性进化的影响。【结果】13个ToCV分离物均成功扩增出预期大小(约800 bp)的特异性片段,核苷酸序列与已报道的ToCV不同分离物CP基因序列一致性均在98%以上;基于聚类排列的日期随机化检验结果显示,通过实际采样时间和日期随机化的数据集分别推断获得的替代速率在95%置信区间之间没有存在重叠,表明本研究的数据集具有足够的时间信号,可以用于后续的贝叶斯分子定年(Bayesian molecular dating)分析。贝叶斯系统发育分析显示ToCV的最近共祖时间(the most recent common ancestor)为1920年(95%置信区间:1849-1976),该病毒约于2005年左右从美国引入中国。该病毒的CP基因替代速率约为1.12×10-3替代/位点/年(95%置信区间:6.08×10-4-1.73×10-3),与动物RNA病毒的相当,表明ToCV正处于快速进化之中。此外,系统发育分析与性状关联分析结果显示ToCV分离物与其来源地区的关联系数(association index)、简约分值(parsimony score)和最大单系分支(maximum monophyletic clade)统计检验均呈极显著水平(P<0.01),表明地理因素与ToCV适应性进化之间存; 邹林峰涂丽琴沈建国杜振国蔡伟季英华高芳銮; 关键词：时间信号适应性进化

不同寄主来源的马铃薯Y病毒群体遗传结构的比较分析被引量：4: 2015年; 文章以马铃薯Y病毒（Potato virus Y,PVY）P3和pipo基因为分子标记,比较分析烟草和马铃薯两个寄主的PVY遗传多样性和群体分化,并评估突变、选择、基因流等遗传力所起的作用。通过P3和pipo基因计算获得的烟草和马铃薯群体分化指数FST分别为0.116和0.120,且统计检验差异显著,表明烟草和马铃薯寄主的PVY之间中度分化。变异分析结果显示,烟草分离物P3和pipo基因的核苷酸序列一致性分别为85.2%~100%和76.5%~100%,而马铃薯分离物的P3和pipo基因的核苷酸序列一致性分别为95.7%~100%和93.0%~100%,表明烟草PVY变异程度高于马铃薯。同时,P3基因内检测到大量的净化选择位点,表明该基因大部分位点的变异为有害突变,在进化过程中被剔除。此外,P3基因内还检测到两个显著正向选择位点,表明这两个位点的变异为有益突变,有利于病毒的生存竞争。在pipo基因中未检测到显著的选择位点,表明该基因上的变异基本不受自然选择影响。通过P3和pipo基因计算烟草和马铃薯群体间的基因流Nm值分别为1.91和1.83,表明这两个群体间存在较强的基因交流。以上结果表明,来源于烟草和马铃薯寄主的PVY遗传差异显著,突变、自然选择以及基因流都影响两者的遗传多样性及遗传分化程度。; 常飞邹文超高芳銮沈建国詹家绥; 关键词：马铃薯Y病毒

马铃薯Y病毒福建分离物P1基因的分子变异和结构特征被引量：9: 2014年; 为揭示马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)P1基因的分子变异及结构特征,并查明福建分离物P1基因的变异来源。文章设计一对简并引物从感染PVY的马铃薯病叶扩增、克隆获得福建分离物P1基因的cDNA全长序列,分析其核苷酸序列和氨基酸序列的特征,并采用贝叶斯法重建P1基因的系统发育树。结果显示,12个福建分离物均成功扩增出预期大小(约915 bp)的特异性片段,P1基因的核苷酸序列与已报道的PVY不同株系的核苷酸序列一致性为73%～99%;QK44、XT02、XT08、LH05分离物的309 nt位置均检测到一个强烈的重组信号。12个PVY分离物中,P1蛋白有85个变异的氨基酸位点,表明其高度变异;P1蛋白的第41～275位是一个高度保守的结构功能域,含有3个保守的活性位点(H192、D201、V235);系统发育分析显示,福建分离物形聚为3种不同的簇,其对应的卷曲结构(Coiled-coil domain)和空间结构也不相同,表明不同株系型的P1基因在系统发育关系上分化较大。该研究结果表明PVY P1基因在核苷酸序列、氨基酸序列以及空间结构具有高度变异性,但行使P1蛋白功能的活性位点所在的氨基酸(H192、D201和V235)均高度保守;福建分离物P1基因的变异源主要来自碱基突变和基因重组。; 史凤阳高芳銮沈建国常飞詹家绥; 关键词：马铃薯Y病毒 P1基因

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