陈久生
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
- 供职机构：中国科学技术大学计算机科学与技术学院更多>>
- 发文基金：中国科学院知识创新工程重要方向项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 面向微生物平衡代谢流分析的计算技术研究
- 代谢流量分析是代谢工程中的重要工具，主要包括计量和碳标记实验两大方法，目的是对稳态情况下的生物体体内代谢途径中的物质流量进行定量分析，获得生物系统的代谢通量、代谢能力极限等信息。这些信息对刻画生物系统的生理特性、评估遗传...
- 陈久生
- 关键词：微生物平衡代谢工程
- 文献传递
- 一种基于多agent系统的生化系统分布式随机仿真算法被引量：1
- 2007年
- 系统生物学关注于对生化反应网络进行定量的数学建模和计算机仿真,这是理解生化网络的拓扑结构和动态行为的主要手段。Gillespie的随机仿真算法(SSA)是仿真均匀生化反应系统的一种标准的算法,而SSA算法最大的问题在于计算代价过高。基于并行思想提出一种基于多agent系统实现的分布式随机仿真算法(DSSA),利用分布式计算来提高SSA算法的计算性能,为建模与仿真大规模生化反应系统提供了一种有效的方式。实验显示DSSA算法在时间性能上带来显著的提升。
- 钮俊清郑浩然陈久生马猛王煦法
- 关键词：系统生物学
- 一个基于同位素标记实验的代谢通量估计高效率算法被引量：2
- 2007年
- 基于碳同位素标记实验的代谢通量分析(13CMFA)是代谢工程中的重要方法,它可以对微生物中心代谢网络中的所有代谢通量进行精确量化分析。13CMFA通过逐步拟合同位素标记状态测量数据对胞内的代谢通量进行估计,这对应于一个测量结果和计算结果之间误差平方和极小化的优化问题,该优化问题具有非线性、带有众多约束条件和存在多个局部极小点等特点,如何高效地求解是13CMFA中的难点,也是实现通量精确估计的关键。论文在对目标问题解空间的特性分析基础上,将空间知识引入到搜索过程中,针对通量估计问题提出了一个进化优化算法。实验结果和分析表明,该算法较普通进化算法具有更快的收敛速度和更好的全局寻优能力。
- 陈久生郑浩然娄慧
- 关键词：代谢通量分析进化优化凸集大肠杆菌
