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绥农14全长转录本的获得和注释及Glyma13g21630基因多样性分析: 大豆基因组测序已经完成并发表。全长cDNA文库因其能够提供完整的基因序列信息,有助于准确分析基因的结构和功能,能够促进人豆基因组数据的有效利用和功能基因组学的研究和发展,已成为目前分子生物学领域的一种重要途径。本研究以我...; 张乐; 关键词：密码子基因多样性

大豆基因组和转录组的核基因密码子使用偏好性分析被引量：57: 2011年; 研究大豆核基因密码子的使用模式,探讨影响其密码子组成和编码特点的因素,为运用基因工程技术提高改良大豆提供理论依据。以大豆基因组的46430个高置信编码基因和2071条大豆全长转录本序列为数据来源,应用CodonW软件对大豆全基因组密码子组成、同义密码子使用频率和全长转录组编码区密码子使用各项参数的计算和统计分析发现,基因的表达水平与编码区G+C和GC3s含量均呈极显著正相关,且G+C和GC3s含量越高的基因密码子使用偏好性越高,并确定了UCC和GCC为大豆最优密码子。编码区长度分组分析表明,密码子使用偏好性随编码区长度的增加而降低,编码区较长的基因则趋向于随机使用密码子,且在转录组数据范围内,编码区长度介于400～600bp的基因表达水平最高。大豆叶片和种子中特异表达基因的密码子使用偏好性和基因表达水平较为接近,但种子特异表达基因的G+C和GC3s含量均显著高于叶片特异表达基因,而其芳香族氨基酸含量则极显著低于叶片特异表达基因。; 张乐金龙国罗玲王跃平董志敏孙守红邱丽娟; 关键词：大豆基因组转录组密码子

栽培大豆(G.max)和野生大豆(G.soja)的Glyma13g21630基因多样性被引量：4: 2011年; 利用Sanger方法对49份野生大豆,46份地方品种和38份选育品种的Glyma13g21630进行基因测序,采用DNAStar、Mega、DNAsp和Tassel软件分析Glyma13g21630的单核苷酸多态性(SNP)位点在3种类型大豆群体的分布规律。结果表明,在133份供试种质中检测到29个多态性位点,包括22个SNP和7个InDel,多态性频率分别为1SNP/138bp和1InDel/434bp。Glyma13g21630基因序列中多态性位点的分布不均匀,其中内含子3和5为变异富集区,其他区域变异较小。单倍型分析表明,Glyma13g21630在野生大豆和栽培大豆中的多态性位点数目逐渐减少,分布范围也越来越窄;连锁不平衡分析表明,野生大豆的7个高频SNP位点中有42.86%处于极显著的连锁不平衡状态;Ka/Ks>1,说明野生大豆在向栽培大豆的进化中,某些位点受到正向选择,多态性显著降低。Glyma13g21630基因在大豆由野生向栽培驯化的过程中因正向选择作用而固定了有益变异,表现出瓶颈效应。; 张乐李英慧刘章雄邱丽娟; 关键词：大豆单倍型

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张乐