朱小娟
- 作品数：36 被引量：78H指数：5
- 供职机构：江苏省疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：江苏省自然科学基金国家自然科学基金国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学理学更多>>
- 新型冠状病毒N亚基因组荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用
- 2023年
- 目的建立一种快速检测新型冠状病毒N亚基因组(SgN)的方法,探讨其在新型冠状病毒肺炎病例及环境样本中的应用价值。方法根据全球共享流感数据库(GISAID)公布的新型冠状病毒全基因组序列设计SgN特异性引物和探针,优化退火温度、引物与探针浓度等反应条件,建立新型冠状病毒SgN荧光定量PCR检测方法,绘制标准曲线,评价该方法的灵敏性、重复性和特异性。采用建立的病毒SgN荧光定量PCR检测方法检测21份环境和351份临床样本,并选取25份SgN阳性样本进行病毒分离以评估该检测方法的应用效果。结果 SgN的引物和探针对新型冠状病毒具有良好特异性。初步建立的病毒SgN荧光定量PCR检测方法最低检测限为1.5×102copies/ml,变异系数小于1%。372份样本的gRNA阳性率为97.04%(361/372),gRNA阳性样本中阳性环境样本和阳性临床样本的SgN阳性率分别为36.84%(7/19)和49.42%(169/342)。其中野生型毒株样本的SgN阳性率及拷贝数均比德尔塔(Delta)毒株低。在25份SgN阳性样本中,采样时间在5 d内的12份样本均分离到病毒;13份采样时间在12 d以上的样本未发生细胞病变。结论成功建立了一种检测新型冠状病毒SgN的荧光定量PCR方法,该方法的灵敏度、特异性和重复性均较好。
- 朱小娟陈银吴斌葛以跃吴涛乔乔赵康辰崔仑标
- 关键词：新型冠状病毒荧光定量PCR
- 2020年江苏省306例不同特征新冠肺炎病例咽拭子病毒载量分布被引量：1
- 2022年
- 目的分析不同临床严重程度的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)病例咽拭子中的病毒载量,及与患者年龄、性别和发病间隔的关系,为深入了解SARS-CoV-2的传染性和致病性提供依据。方法采用实时荧光定量反转录聚合酶链式反应(RT-qPCR),对2020年江苏省306例入院前未经抗病毒治疗的新冠肺炎(COVID-19)病例咽拭子中SARS-CoV-2病毒载量进行检测,并对不同病情患者的病毒载量进行分析。结果306例新冠肺炎病例中,男性占56.9%,30~59岁占68.0%;普通肺炎型占66.7%,轻症无肺炎型占24.8%,重症肺炎型占8.5%;病例发病和首次SARS-CoV-2核酸阳性的发病间隔为-4~15 d,主要集中在0~8 d(256例,占83.7%)。不同年龄组病情分布差异有统计学意义(P<0.01):轻症以2~29岁组占比高(36.2%),普通肺炎型以30~59岁组占比高(70.2%),重症肺炎型以60~97岁组占比高(21.6%);不同年龄组重症占比、不同发病间隔组病情分布差异均有统计学意义(P值均<0.01)。普通肺炎组、重症肺炎组和轻症非肺炎组病例平均病毒载量对数值分别为(5.93±1.23)、(6.17±1.54)、(6.28±1.28)/ml(log10),差异无统计学意义(t=1.02,P=0.31);部分患者尤其是轻症患者发病时已检出新冠病毒核酸阳性且病毒载量较高(6.43±1.34)/ml(log10);重症肺炎患者的平均病毒载量在发病间隔4~5 d组最高,非重症肺炎患者在发病间隔2~3 d组最高。结论不同特征新冠肺炎病例病毒载量分布存在一定差异;病毒RNA载量与病情有一定关系。
- 江梦圆陈银吴斌刘康崔仑标朱小娟吴涛赵康辰葛以跃朱凤才
- 关键词：病毒载量荧光定量PCR
- 腺病毒55型感染肺炎患者的病原学鉴定及全基因序列分析被引量：5
- 2017年
- 目的对1例不明原因肺炎患者进行病原学诊断,分析其病原学特征及重组特点,为其防治提供参考。方法采集患者的咽拭子标本,提取DNA,采用Real-time荧光定量PCR法检测病原体特异性片段;采用Hep-2细胞培养分离病毒;通过Sanger测序hexon基因进行型别鉴定,通过高通量测序技术对病毒进行全基因组测序,采用MEGA6.0软件进行序列比对,通过邻近归并法(Neighbor-Joining)构建种系发生进化树分析基因特征,运用Simplot软件进行序列重组分析。结果从患者咽拭子标本中检测并分离到腺病毒,hexon基因测序后进行比对分析,其与腺病毒B组55型及11型同源性较高;全基因测序显示该病毒与HAdV-55QS-DLL及Shanxi/QZ01/2011株同源性较高,在E1B、DNA-Polymerase、100Ka Hexon和Fiber编码区存在氨基酸变异;种系发生进化树显示该毒株与腺病毒14型同属一支,与腺病毒11型进化分支较近;相似性曲线及BootScan分析显示该病毒株于hexon编码区存在HAdV-11与HAdV-14型间重组。结论本例患者不明原因肺炎由腺病毒B组55型感染引起,该病毒由HAdV-11与HAdV-14重组产生,其生物学特性有待进一步研究。
- 朱小娟郭喜玲赵康辰葛以跃吴涛戚宇华陈银史智扬朱凤才周明浩崔仑标
- 关键词：不明原因肺炎分子特征
- 一种扩增甲型流感病毒全基因组试剂盒及制备方法和应用
- 本发明属于生物技术领域，具体涉及一种扩增甲型流感病毒全基因组试剂盒及使用方法。本发明试剂盒包含反转录引物混合物、反转录缓冲液、反转录酶、PCR扩增缓冲液及DNA聚合酶。本发明根据甲型流感病毒设计一条反转录引物和一对通用型...
- 崔仑标葛以跃祁贤赵康辰郭喜玲朱小娟陈银焦永军史智扬周明浩
- 文献传递
- 南京市乙型流感病毒老年肺炎患者的临床特点及病毒分子特征被引量：5
- 2019年
- 目的了解感染乙型流感病毒的老年肺炎患者的临床特点及所感染病毒的分子特征,为临床诊治和疾病防控提供依据。方法采集2017年12月至2018年3月南京市第一医院住院的老年肺炎患者呼吸道标本,通过荧光定量PCR进行核酸检测,筛选乙型流感病毒感染病例。收集病例临床信息。采用高通量测序技术对乙型流感病毒进行全基因组测序,通过生物信息学方法对HA、NA分子特征进行分析。结果20例患者的中85%患者至少合并1种基础性疾病,70%的患者影像学检查存在双肺病变。患者的病死率为25%。死亡患者与存活者相比,外周血淋巴细胞百分数、血清总胆红素等方面存在显著性差异(P<0.05)。17株乙型流感毒株经序列分析显示,16株属于Yamagata系,1株属于Victoria系。Victoria系毒株的NA基因来源于Yamagata系病毒,发生了基因重配。结论乙型流感病毒老年肺炎患者多合并基础疾病,出现外周血淋巴细胞百分数下降等情况提示患者预后不良,所感染的病毒Yamagata系和Victoria系毒株同时存在,以Yamagata系为主。
- 朱小娟陈晨谷伟葛以跃吴涛赵康辰王丽崔仑标谭焰
- 关键词：老年乙型流感病毒肺炎分子特征
- 新型冠状病毒非结构蛋白1重要变异对其与病毒5’UTR结合能力的影响
- 2023年
- 目的探讨新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)非结构蛋白1(NSP1)重要变异对其与病毒5’UTR结合能力的影响,为抗病毒药物和疫苗的研发提供线索。方法对2019-nCoV基因组数据库进行生物信息分析,选取可能影响NSP1结构及与5’UTR的结合能力的氨基酸变异位点(T12A、R124L、N128I、K141A、GHVMV82-86DEL及KSF141-143DEL),PSIPRED在线工具分析变异体的二级结构,mCSM-NA预测其与RNA的结合能力,DynaMut webserver分析变异对蛋白稳定性的影响;构建变异体质粒,转染HEK-293T细胞,利用双荧光素酶报告基因实验和RNA结合蛋白免疫沉淀(RNA binding protein immunoprecipitation,RIP)实验检测NSP1变异体与病毒5’UTR的结合能力。结果生物信息分析预测除了R124L突变外,其他5种变异体均可改变蛋白二级结构,T12A、R124L、N128I和K141A突变均可以降低与RNA的结合能力,而T12A、R124L、N128I突变降低了蛋白质的稳定性,实验表明R124L、N128I、GHVMV82-86DEL及KSF141-143DEL显著减弱了NSP1与5’UTR的结合能力。结论部分NSP1氨基酸突变或缺失可改变其二级结构,并能够显著减弱NSP1与5’UTR的结合能力,提示可能改变病毒的致病能力,为抗病毒药物和疫苗的研发提供了理论依据。
- 乔乔朱小娟吴斌吴涛赵康辰葛以跃崔仑标
- 关键词：新型冠状病毒变异体生物信息分析
- 一种大肠杆菌H血清型分型检测试剂盒及检测方法
- 本发明涉及一种大肠杆菌H血清型分型检测试剂盒，其包括扩增大肠杆菌H血清型H1～H12、H14～H21、H23～H49、H51～H56的PCR引物，引物序列见SEQ ID NO.1‑106，还包括H血清型分型标准物。本发明...
- 吴斌陈银朱小娟崔仑标吴涛葛以跃赵康辰朱凤才周明浩
- SARS-CoV-2棘突蛋白H146Y突变的逆转录重组酶介导的等温扩增方法建立
- 2022年
- 目的基于逆转录重组酶介导的恒温扩增(reverse transcriptional recombinase aided amplification,RT-RAA)技术,建立一种快速,灵敏,简便的SARS-CoV-2棘突蛋白(S)H146Y突变检测方法。方法针对SARS-CoV-2棘突蛋白H146Y突变区域设计RT-RAA特异性引物和荧光探针,使用优化的RT-RAA方法进行恒温扩增检测,评价方法的灵敏度和特异性,并与二代测序技术进行比较。结果基于荧光信号的RT-RAA方法能在39℃,30 min完成检测,SARS-CoV-2 S蛋白H146(S-H146)野生株和Y146(S-Y146)突变株检测限均为10 copies/μL,能够依据荧光值明显区分S-H146毒株与S-Y146毒株的重组质粒或临床样本,且和五种常见呼吸道感染病毒无交叉反应,与二代测序技术方法一致性高。结论建立的RT-RAA荧光检测方法具有灵敏度高,特异性强,适用于SARS-CoV-2 S蛋白H146Y突变株的快速检测,为基层医疗机构提供了新的鉴定方法。
- 郭悦安柏霖刘丹丹罗君红赵康辰朱小娟葛以跃吴宏斌崔仑标
- 关键词：突变分子检测
- 利用CRISPR/Cas9基因编辑技术抑制EV71复制被引量：3
- 2016年
- 目的：利用CRISPR/Cas9基因编辑技术对肠道病毒71型（EV71）的特定基因进行编辑，评价其抑制EV71复制的效应。方法针对EV71的VP4区设计CRISPR/Cas9表达质粒pCas-Guide-GFP-G1及含PAM序列的DNA片段并转染Vero细胞株。采用噻唑蓝（ MTT）法测定细胞毒性，转染后接种病毒观察细胞病变作用（ CPE），荧光定量RT-PCR法检测EV71含量，免疫共沉淀结合荧光定量RT-PCR法测定 Cas9-gRNA 在细胞内与 EV71 RNA 特异性结合的能力。结果成功构建pCas-Guide-GFP-G1表达质粒；转染细胞后未见明显细胞毒性效应；细胞转染后接种病毒发现pCas-Guide-GFP-G1＋PAM1组细胞病变明显少于其他对照组；培养上清中 EV71含量较对照组降低了40.4%（P=0.056），细胞中 EV71含量较对照组降低了52.8%（P=0.014）；pCas-Guide-GFP-G1＋PAM1组在细胞内与 EV71 RNA 特异性结合能力最高。结论针对 EV71的 VP4基因设计的CRISPR/Cas9表达质粒在特定PAM存在下能通过对EV71基因组的剪切实现抑制EV71病毒复制的作用，可以为EV71治疗提供新的途径。
- 吴涛朱小娟樊欢葛以跃陈银郭喜玲赵康辰史智扬朱凤才崔仑标
- 关键词：肠道病毒71型病毒复制
- 一种大肠杆菌H血清型分型检测试剂盒及检测方法
- 本发明涉及一种大肠杆菌H血清型分型检测试剂盒，其包括扩增大肠杆菌H血清型H1～H12、H14～H21、H23～H49、H51～H56的PCR引物，引物序列见SEQ ID NO.1‑106，还包括H血清型分型标准物。本发明...
- 吴斌陈银朱小娟崔仑标吴涛葛以跃赵康辰朱凤才周明浩
