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库尔勒香梨kfpSPL基因的克隆及表达分析: SPL(squamosa promoter binging protein like)是植物所特有的一类转录因子,参与植物生殖生长与营养生长过程,可能与生长素、赤霉素和乙烯等多种植物生长调节物质的信号转导途径有关,其具体...; 孙晓霞牛建新王博慧裴茂松李陈静曹福军; 关键词：RACE 实时荧光定量PCR 基因表达; 文献传递

库尔勒香梨MYB基因启动子的克隆与序列分析: 启动子序列除含有基本元件TATA-box和CAAT-box外,还存在一些特异性的顺式作用元件,它们可以和转录因子等调节蛋白质协同作用。克隆启动子序列并对其中的转录因子结合位点进行分析是了解基因转录表达模式及其调控机制的关...; 王博慧牛建新孙晓霞裴茂松李陈静曹福军; 关键词：MYB基因启动子调控元件; 文献传递

‘库尔勒香梨’脱萼组与宿萼组样品差异表达基因的筛选被引量：15: 2015年; 【目的】系统研究‘库尔勒香梨’脱萼组和宿萼组花器官的转录组表达情况,筛选2者之间的差异表达基因,为进一步阐明‘库尔勒香梨’萼片脱落与宿存分子机理奠定基础。【方法】采用Illumina高通量测序技术对‘库尔勒香梨’脱萼组和宿萼组代表样品进行测序,利用生物信息学方法筛选2者的差异表达基因和进行功能基因预测。【结果】Trinity法拼接后得到48 894条unigenes序列,从中选取了2组样品中共表达和单独表达的SPL转录因子进行了功能探究,发现3条unigenes可能与萼片发育有关。筛选的差异表达基因获得了Gene Ontology和KEGG数据库的注释,涉及植物激素信号转导、光合代谢、苯丙氨酸代谢、芳香族化合物合成、细胞发育等与萼片发育相关过程。【结论】筛出了2组样品的差异表达基因,获得了与萼片发育相关的基因及其对应的功能注释,为今后进一步研究‘库尔勒香梨’萼片脱落与宿存分子机理奠定了良好基础。; 孙晓霞牛建新王博慧裴茂松李陈静曹福军; 关键词：萼片转录组测序差异表达分析

库尔勒香梨萼片脱落与宿存相关基因筛选及表达分析: 库尔勒香梨果实香味浓郁，皮薄，肉细，多汁，品质优良，是新疆重要的出口创汇果树之一。受遗传因素的影响，库尔勒香梨存在严重的萼片宿存现象，影响了其品质和经济价值。由于缺乏库尔勒香梨转录组信息，其分子机制方面的研究较少，从分子...; 裴茂松牛建新李陈静曹福军全绍文; 关键词：库尔勒香梨转录组测序

库尔勒香梨9个新miRNA克隆鉴定被引量：1: 2016年; 利用在小RNA高通量测序试验中筛选出的脱萼组与宿萼组差异表达新miRNA基因,采用Stem-loop法对总体表达量居前20位、在脱萼组和宿萼组中具有显著性差异表达、在子房和萼片组织中具有显著性差异表达的新miRNA进行成熟体的克隆鉴定、前体序列二级结构分析、qRT-PCR试验以及靶基因预测。结果显示,在不同的样本中有9个新miRNA(novel_miRNA)的成熟体序列以及4个novel_miRNA的表达量与高通量测序结果完全一致,并且预测得到大量具有生物学功能的靶基因。新发现的miRNA可能与‘库尔勒香梨’萼片脱落和宿存有密切关系。; 李陈静牛建新裴茂松曹福军全绍文; 关键词：克隆鉴定 QRT-PCR

‘库尔勒香梨’kfpNAC基因的克隆和表达分析被引量：3: 2016年; 【目的】筛选‘库尔勒香梨’萼片脱落与宿存相关基因,研究其在脱萼组和宿萼组样品中的表达情况。【方法】以‘库尔勒香梨’脱萼和宿萼花器官转录组测序数据为基础,从Unigenes中选出一条转录组和数字表达谱测序结果共有的与萼片脱落相关的具有NAC结构域的差异基因,命名为kfpNAC,对其进行生物信息学分析,并通过实时荧光定量PCR分析其在花期不同阶段不同器官中的表达量。【结果】kfpNAC的序列长度是1 612 bp,包含一个编码308个氨基酸的长度为927 bp的开放阅读框(ORF),一个294 bp的5’端非编码区和一个391 bp的3’端非编码区,并且在3’端非编码区有一个poly A结构。‘库尔勒香梨’kfpNAC核酸和氨基酸序列与其他植物的NAC基因具有高度的同源性。实时荧光定量结果显示其在盛花期脱萼组全花样品中的表达量显著高于宿萼组全花和子房,并且在盛花期子房中的表达量显著高于萼片。【结论】克隆和鉴定了一个新的‘库尔勒香梨’kfpNAC基因,属于NAC基因家族的NAM亚群,该基因与‘库尔勒香梨’萼片脱落密切相关。; 裴茂松牛建新李陈静孙晓霞王博慧曹福军全绍文赵欢; 关键词：NAC 生物信息学实时荧光定量PCR

库尔勒香梨花期小RNA的高通量测序和生物信息学分析: 小分子非编码RNA通过多种独特的调控方式，在物种转录水平上参与指导及影响基因表达，其作为当代植物中新型的研究方向，已获得丰硕的研究成果。由于果树在遗传育种及组培材料研究中面临的难题，小RNA在果树学的研究上还较为稀缺。鉴...; 李陈静牛建新裴茂松曹福军全邵文; 关键词：库尔勒香梨小RNA 高通量测序 MICRORNAS

库尔勒香梨上苹果茎沟病毒全序列的鉴定与分析被引量：2: 2015年; 本研究以新疆库尔勒香梨园随机选取的三棵香梨树花朵为试验材料,采用Illumina Hi Seq/Mi Seq测序技术分离得到1个库尔勒香梨上的苹果茎沟病毒分离物ASGV-kfp的全长序列。序列分析结果显示:该分离物基因全长6 460 bp(ASGV-kfp,KR106996),包含3个完整的ORF,分别编码polyprotein、MP基因(Movement protein gene)、CP基因(Trichovirus coat protein gene)。ASGV-kfp的CP基因和MP基因与国内外已报道的该病毒的CP基因和MP基因序列同源性分别达到了93%~99%和97%~100%。进化树分析显示,ASGV的CP基因分子变异与寄主以及地理区域没有相关性;ASGV的MP基因分子变异与寄主有一定的相关性。研究结果可为进一步研究ASGV株系分化奠定良好基础。; 孙晓霞牛建新王博慧王博慧李陈静曹福军; 关键词：苹果茎沟病毒库尔勒香梨 CP基因

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李陈静