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凡纳滨对虾TCP-1-eta基因的克隆及与耐寒性状的相关性被引量：14: 2011年; 为研究凡纳滨对虾耐寒性状的分子机理,文章克隆了凡纳滨对虾的耐寒相关基因TCP-1-eta并对其与耐寒性状的关系进行了研究。首先,根据电子克隆所得序列设计引物,采用RT-PCR方法克隆得到长1 705 bp的TCP-1-eta基因序列,其中包括1 629 bp的完整开放阅读框,编码542个氨基酸残基。然后,运用荧光定量PCR对TCP-1-eta基因进行时空表达谱的分析:(1)组织表达分析结果显示,该基因在凡纳滨对虾肌肉组织中表达量最高;(2)不同低温处理下的表达结果显示,该基因在15℃开始呈上调表达,13℃时表达量最高;(3)13℃低温处理的表达结果显示,该基因在36 h内呈小幅上调表达,但36 h后表达量显著升高,48 h表达量达到0 h的150倍。进一步采用PCR-RFLP方法对216只凡纳滨对虾TCP-1-eta基因进行了SNP多态性检测,并将其与耐寒性状进行了关联分析。在该基因编码区第731碱基上发现C/T突变,方差分析结果表明该位点的不同基因型与耐寒力指标CDH(Cooling-degree hours)值相关(P<0.05),其中CC基因型的耐寒能力比TT基因型强。; 殷勤彭金霞崔亮谢达祥王志伟李奎陈晓汉; 关键词：凡纳滨对虾 SNP

凡纳滨对虾ANT2基因的克隆及低温表达谱分析被引量：8: 2012年; 为研究凡纳滨对虾适应低温的分子机理,实验对从低温处理凡纳滨对虾抑制性消减文库中筛选出的一个360 bp EST序列进行了研究。首先,同源比对显示该EST片段与其他物种的ANT2基因高度同源,命名为凡纳滨对虾ANT2基因(LVANT2);其次,通过构建凡纳滨对虾肝胰腺全长cDNA文库,PCR扩增获得LVANT2基因的全长cDNA1540 bp,其中包括1011 bp的完整开放阅读框,编码336个氨基酸残基。然后,对基因进行了不同组织和低温处理的表达谱分析:(1)组织表达谱的结果显示,该基因在凡纳滨对虾肌肉组织中表达量最高;(2)在不同低温处理下的表达结果显示,该基因在15℃处理下基因表达量发生显著变化,13℃开始呈下调表达,11℃时表达量又升高;13℃低温处理不同时间发现该基因在12h内表达量发生显著变化,48h后表达量最高。LVANT2基因的低温诱导表达模式说明其可能在凡纳滨对虾低温适应中发挥作用。; 殷勤崔亮彭金霞韦嫔媛谢达祥陈秀荔王志伟李奎陈晓汉; 关键词：表达量抑制性消减文库

凡纳滨对虾BTF3基因的克隆及表达分析被引量：2: 2011年; 通过电子克隆所得序列设计引物,采用RT-PCR方法首次克隆得到长655 bp的凡纳滨对虾通用转录因子3(Basic Tran-scription Factor 3,BTF3)基因序列,其中包括597 bp的完整开放阅读框,共编码198个氨基酸残基,推算分子量约45.79 kDa,理论等电点为4.93。氨基酸序列分析表明,BTF3基因编码的氨基酸序列中具有保守的NAC结构功能域,利用实时荧光定量PCR检测凡纳滨对虾不同组织的表达情况发现,该基因在凡纳滨对虾组织中广泛表达,其中肌肉组织表达量最高,在肠中表达量最低。; 殷勤彭金霞崔亮谢达祥王志伟李奎陈晓汉; 关键词：凡纳滨对虾基因克隆

凡纳滨对虾TCP-1-Beta基因的克隆及其与耐寒性状的相关性被引量：5: 2011年; 为研究凡纳滨对虾耐寒性状的分子机理,研究克隆了凡纳滨对虾耐寒相关基因TCP-1-Beta并对其与耐寒性状的关系进行了研究。根据电子克隆所得序列设计引物,采用RT-PCR方法克隆得到长1691 bp的凡纳滨对虾TCP-1-Beta基因序列,其中包括1608 bp的完整开放阅读框,编码535个氨基酸残基。然后,运用荧光定量PCR对TCP-1-Beta基因进行时空表达谱的分析：组织表达谱的结果显示,该基因在凡纳滨对虾肝胰腺组织中表达量最高;不同低温处理下的表达结果显示,在28℃和15℃处理下基因表达量无显著变化,13℃开始呈上调表达,11℃时表达量升高;13℃低温处理发现该基因在24h内表达量无显著变化,但36h后表达量显著升高。采用PCR-RFLP方法对216尾凡纳滨对虾TCP-1-Beta基因进行了SNP多态性检测,并将其与耐寒性状进行了关联分析。在该基因编码区第420碱基上发现G/A突变,方差分析结果表明该位点的不同基因型与耐寒力指标CDH值相关（P〈0.05）,其中GG基因型的耐寒能力比AA基因型强。; 彭金霞殷勤崔亮王志伟李奎陈晓汉; 关键词：凡纳滨对虾 SNP PCR-RFLP

凡纳滨对虾HSP10基因序列与低温表达分析被引量：2: 2013年; 【目的】克隆分析凡纳滨对虾HSP10基因,为研究其在寒冷耐受过程中发挥调控功能提供参考依据。【方法】搜索EST库获得凡纳滨对虾HSP10基因序列,再通过RACE-PCR扩增获得凡纳滨对虾HSP10基因cDNA全长序列,对其进行生物信息学分析,并通过荧光定量PCR分析HSP10基因的组织表达及低温胁迫下表达量的变化。【结果】凡纳滨对虾HSP10基因cDNA全长720bp,包含306bp的开放阅读框,编码102个氨基酸。以各物种的HSP10蛋白序列构建系统进化树,能较好反映各物种间的进化关系。荧光定量PCR分析结果显示,凡纳滨对虾HSP10 mRNA在各组织中呈遍在表达,其中以肌肉中的表达量最高。低温表达谱分析结果显示,凡纳滨对虾HSP10 mRNA在低温处理凡纳滨对虾的各组织中均呈下调表达,当处理温度降至13℃,其在肝胰腺中表达量降至最低。【结论】凡纳滨对虾HSP10在结构和进化上较保守,其mRNA表达量在低温胁迫下呈下降趋势,可能在寒冷耐受过程中发挥负调控作用。; 彭金霞韦嫔媛殷勤蒋小珍黎铭陈晓汉; 关键词：凡纳滨对虾热休克蛋白荧光定量PCR

凡纳滨对虾Arf6基因的克隆及表达分析被引量：2: 2011年; 通过电子克隆所得序列设计引物,采用PCR扩增方法首次克隆得到长695bp的凡纳滨对虾Arf6基因序列,其中包括96bp的5′非翻译区(Untranslated region,UTR)、71bp的3′非翻译区和528bp的开放阅读框。编码175个氨基酸残基,推算分子量约为20kDa,理论等电点为8.82,分子式为C896H1426N252O255S8。氨基酸序列分析表明,Arf6基因编码的氨基酸序列中具有保守的GTP结合区域,总的带负电荷的残基(Asp+Glu)为21,总的带正电荷的残基(Arg+Lys)为25。与其他物种的Arf6基因进行同源比对发现,该基因的氨基酸序列具有较高的保守性,基于氨基酸序列的聚类分析表明,凡纳滨对虾与果蝇属种类亲缘关系最近。半定量RT-PCR的结果显示,该基因在组织中广泛表达且在肝胰腺中表达量最高,在眼柄中表达最低;其在经桃拉综合征病毒(TSV)感染后的凡纳滨对虾肝胰腺中的表达量显著高于在无特定病原(SPF)凡纳滨对虾;加之ProtFun在线预测蛋白质的功能分类,表明Arf6基因可能是一免疫应答因子参与凡纳滨对虾免疫防御反应。; 崔亮殷勤陈晓汉彭金霞王志伟李奎; 关键词：凡纳滨对虾 RT-PCR 基因克隆

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殷勤