姚新秋
- 作品数：3 被引量：1H指数：1
- 供职机构：北京大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：理学生物学更多>>
- 基于多元熵距离法的微生物基因预测方法
- 本发明涉及微生物基因组序列分析、微生物基因识别、微生物物种识别等生物信息技术，包括以下步骤：a.设置部分已知编码的ORF和非编码的ORF，作为初始状态的聚类中心点；b.读取微生物DNA序列；c.从上述序列中找出所有最长的...
- 佘振苏朱怀球欧阳正清姚新秋
- 文献传递
- 蛋白质分子结构的复杂系统研究——二级结构预测和蛋白质折叠动力学研究
- 生命系统的复杂性在分子水平、细胞水平、以及宏观生物个体水平等各个尺度上都有十分充分的表现。在研究与生命系统相关科学问题的时候，有意识地运用一些复杂系统研究的思想来指导工作，对于人们分析问题、建立数学模型、进行计算模拟、以...
- 姚新秋
- 关键词：分子结构折叠动力学分子生物学
- 蛋白折叠中的暂态结构与表面水分子慢尺度动力学被引量：1
- 2010年
- 蛋白表面水的慢尺度动力学行为往往被认为与蛋白的结构稳定性、功能以及折叠过程有关,但在分子水平上,还不清楚水分子的慢尺度动力学如何参与蛋白折叠过程.以Trp-cage蛋白作为个案,本文利用40条100ns(总长4μs)的全原子分子动力学轨迹,分析了蛋白折叠过程中蛋白表面水分子的停留行为,并探究影响蛋白表面水分子慢尺度行为的微观因素.结果发现,即使在蛋白折叠过程中蛋白拓扑结构变化很大,残基之间也会形成稳定的局部暂态结构.这些结构为水分子提供饱和、稳定的氢键,通过与水分子之间的极性相互作用,以及凹形的几何结构,约束水分子长时停留,我们称之为"停留中心".停留中心的形成是引起水分子慢尺度行为的重要因素.另外,停留中心的分布与蛋白折叠的进程有密切关系,特别地,在折叠轨迹中,疏水核周围的残基组成了一个主要的停留中心.研究结果不但有助于解释水分子慢尺度特征行为的来源,还可以为实验中通过研究水分子在蛋白附近的慢尺度行为,揭示蛋白折叠过程中的关键步骤提供一些启发.
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- 关键词：蛋白质折叠TRP-CAGE
